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- EMDB-15646: Wild type hexamer oxalyl-CoA synthetase (OCS) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15646
タイトルWild type hexamer oxalyl-CoA synthetase (OCS)
マップデータ
試料
  • 複合体: Hexameric complex of the oxalyl-CoA synthetase Pcs60p
    • タンパク質・ペプチド: Oxalate--CoA ligase
キーワードPeroxisome (ペルオキシソーム) / Oxalyl-CoA ligase / Oligomer (オリゴマー) / Yeast (酵母) / LIGASE (リガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate-CoA ligase / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / oxalate-CoA ligase activity / oxalate catabolic process / peroxisomal membrane / peroxisomal matrix / fatty acid metabolic process / mRNA binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Oxalate--CoA ligase Pcs60-like / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxalate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lill P / Burgi J / Raunser S / Wilmanns M / Gatsogiannis C
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)MW 1058/9-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)MW 1058/9-2 ドイツ
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GA 2519/1-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RA 1781/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Asymmetric horseshoe-like assembly of peroxisomal yeast oxalyl-CoA synthetase.
著者: Jérôme Bürgi / Pascal Lill / Evdokia-Anastasia Giannopoulou / Cy M Jeffries / Grzegorz Chojnowski / Stefan Raunser / Christos Gatsogiannis / Matthias Wilmanns /
要旨: Oxalyl-CoA synthetase from is one of the most abundant peroxisomal proteins in yeast and hence has become a model to study peroxisomal translocation. It contains a C-terminal Peroxisome Targeting ...Oxalyl-CoA synthetase from is one of the most abundant peroxisomal proteins in yeast and hence has become a model to study peroxisomal translocation. It contains a C-terminal Peroxisome Targeting Signal 1, which however is partly dispensable, suggesting additional receptor bindings sites. To unravel any additional features that may contribute to its capacity to be recognized as peroxisomal target, we determined its assembly and overall architecture by an integrated structural biology approach, including X-ray crystallography, single particle cryo-electron microscopy and small angle X-ray scattering. Surprisingly, it assembles into mixture of concentration-dependent dimers, tetramers and hexamers by dimer self-association. Hexameric particles form an unprecedented asymmetric horseshoe-like arrangement, which considerably differs from symmetric hexameric assembly found in many other protein structures. A single mutation within the self-association interface is sufficient to abolish any higher-level oligomerization, resulting in a homogenous dimeric assembly. The small C-terminal domain of yeast Oxalyl-CoA synthetase is connected by a partly flexible hinge with the large N-terminal domain, which provides the sole basis for oligomeric assembly. Our data provide a basis to mechanistically study peroxisomal translocation of this target.
履歴
登録2022年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15646.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 182 pix.
= 198.38 Å		1.09 Å/pix.
x 182 pix.
= 198.38 Å		1.09 Å/pix.
x 182 pix.
= 198.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.027
最小 - 最大-0.12420904 - 0.2280988
平均 (標準偏差)0.00044296868 (±0.008846786)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ182182182
Spacing182182182
セルA=B=C: 198.38 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15646_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_15646_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_15646_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15646_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15646_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric complex of the oxalyl-CoA synthetase Pcs60p

全体名称: Hexameric complex of the oxalyl-CoA synthetase Pcs60p
要素
  • 複合体: Hexameric complex of the oxalyl-CoA synthetase Pcs60p
    • タンパク質・ペプチド: Oxalate--CoA ligase

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超分子 #1: Hexameric complex of the oxalyl-CoA synthetase Pcs60p

超分子名称: Hexameric complex of the oxalyl-CoA synthetase Pcs60p
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: Oxalate--CoA ligase

分子名称: Oxalate--CoA ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: oxalate-CoA ligase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 48.135832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TVTASFNDTF SVSDNVAVIV PETDTQVTYR DLSHMVGHFQ TMFTNPNSPL YGAVFRQDTV AISMRNGLEF IVAFLGATMD AKIGAPLNP NYKEKEFNFY LNDLKSKAIC VPKGTTKLQS SEILKSASTF GCFIVELAFD ATRFRVEYDI YSPEDNYKRV I YRSLNNAK ...文字列:
TVTASFNDTF SVSDNVAVIV PETDTQVTYR DLSHMVGHFQ TMFTNPNSPL YGAVFRQDTV AISMRNGLEF IVAFLGATMD AKIGAPLNP NYKEKEFNFY LNDLKSKAIC VPKGTTKLQS SEILKSASTF GCFIVELAFD ATRFRVEYDI YSPEDNYKRV I YRSLNNAK FVNTNPVKFP GFARSSDVAL ILHTSGTTST PKTVPLLHLN IVRSTLNIAN TYKLTPLDRS YVVMPLFHVH GL IGVLLST FRTQGSVVVP DGFHPKLFWD QFVKYNCNWF SCVPTISMIM LNMPKPNPFP HIRFIRSCSS ALAPATFHKL EKE FNAPVL EAYAMTEASH QMTSNNLPPG KRKPGTVGQP QGVTVVILDD NDNVLPPGKV GEVSIRGENV TLGYANNPKA NKEN FTKRE NYFRTGDQGY FDPEGFLVLT GRIKEL

UniProtKB: Oxalate--CoA ligase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHepes
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
0.5 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細: 90% humidity in the sample chamber. Gentle Blot function, 2.5 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.7000000000000001 µm
倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-60 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 5594 / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4000000 / 詳細: Picking was performed using cryOLO
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model was computed from 2D classes using VIPER (SPHIRE Package)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.2) / ソフトウェア - 詳細: VIPER
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3) / ソフトウェア - 詳細: Meridien
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3) / ソフトウェア - 詳細: Post Refinement / 使用した粒子像数: 819000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8aff


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8atd:
Wild type hexamer oxalyl-CoA synthetase (OCS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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