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- EMDB-14928: Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14928
タイトルYeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B)
マップデータcryo-EM map of yeast PIC in complex with the 1 nucleosome
試料
  • 複合体: Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination ...: / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription factor TFIIK complex / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / transcription factor TFIIF complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / 5'-3' DNA helicase activity / transcription factor TFIIA complex / : / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 3'-5' DNA helicase activity / 転写開始前複合体 / poly(A)+ mRNA export from nucleus / DNA binding, bending / RNA Polymerase I Transcription Initiation / DNA duplex unwinding / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / ATPase activator activity / protein phosphatase activator activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / DNA修復 / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / ATP-dependent activity, acting on DNA / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / DNA helicase activity / TBP-class protein binding / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nucleotide-excision repair / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / cytoplasmic stress granule
類似検索 - 分子機能
Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal ...Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / Helical and beta-bridge domain / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helical and beta-bridge domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA結合タンパク質 / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / TBP domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...Histone H2B 1.1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIB / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / Transcription initiation factor IIE subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / Transcription initiation factor IIF subunit beta / ヒストンH4 / Histone H3.2 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 / ヒストンH2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Wang H / Cramer P
資金援助European Union, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)882357European Union
German Research Foundation (DFG)SFB860, EXC 2067/1-3907 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structures of transcription preinitiation complex engaged with the +1 nucleosome.
著者: Haibo Wang / Sandra Schilbach / Momchil Ninov / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: The preinitiation complex (PIC) assembles on promoters of protein-coding genes to position RNA polymerase II (Pol II) for transcription initiation. Previous structural studies revealed the PIC on ...The preinitiation complex (PIC) assembles on promoters of protein-coding genes to position RNA polymerase II (Pol II) for transcription initiation. Previous structural studies revealed the PIC on different promoters, but did not address how the PIC assembles within chromatin. In the yeast Saccharomyces cerevisiae, PIC assembly occurs adjacent to the +1 nucleosome that is located downstream of the core promoter. Here we present cryo-EM structures of the yeast PIC bound to promoter DNA and the +1 nucleosome located at three different positions. The general transcription factor TFIIH engages with the incoming downstream nucleosome and its translocase subunit Ssl2 (XPB in human TFIIH) drives the rotation of the +1 nucleosome leading to partial detachment of nucleosomal DNA and intimate interactions between TFIIH and the nucleosome. The structures provide insights into how transcription initiation can be influenced by the +1 nucleosome and may explain why the transcription start site is often located roughly 60 base pairs upstream of the dyad of the +1 nucleosome in yeast.
履歴
登録2022年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14928.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map of yeast PIC in complex with the 1 nucleosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378. Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378. Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.16584367 - 0.27399123
平均 (標準偏差)0.0014654463 (±0.005927038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 377.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: core PIC map without post-processing shows better density...

ファイルemd_14928_additional_1.map
注釈core PIC map without post-processing shows better density for Rpb6 NTT.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_14928_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_14928_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with...

全体名称: Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP
要素
  • 複合体: Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIB
    • DNA: Non-template DNA (209-MER)
    • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit beta
    • DNA: Template DNA (209-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIE subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIE subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2AヒストンH2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター

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超分子 #1: Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with...

超分子名称: Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#34
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 191.821578 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG ...文字列:
MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG NTQPTIRKDG LKLVGSWKKD RATGDADEPE LRVLSTEEIL NIFKHISVKD FTSLGFNEVF SRPEWMILTC LP VPPPPVR PSISFNESQR GEDDLTFKLA DILKANISLE TLEHNGAPHH AIEEAESLLQ FHVATYMDND IAGQPQALQK SGR PVKSIR ARLKGKEGRI RGNLMGKRVD FSARTVISGD PNLELDQVGV PKSIAKTLTY PEVVTPYNID RLTQLVRNGP NEHP GAKYV IRDSGDRIDL RYSKRAGDIQ LQYGWKVERH IMDNDPVLFN RQPSLHKMSM MAHRVKVIPY STFRLNLSVT SPYNA DFDG DEMNLHVPQS EETRAELSQL CAVPLQIVSP QSNKPCMGIV QDTLCGIRKL TLRDTFIELD QVLNMLYWVP DWDGVI PTP AIIKPKPLWS GKQILSVAIP NGIHLQRFDE GTTLLSPKDN GMLIIDGQII FGVVEKKTVG SSNGGLIHVV TREKGPQ VC AKLFGNIQKV VNFWLLHNGF STGIGDTIAD GPTMREITET IAEAKKKVLD VTKEAQANLL TAKHGMTLRE SFEDNVVR F LNEARDKAGR LAEVNLKDLN NVKQMVMAGS KGSFINIAQM SACVGQQSVE GKRIAFGFVD RTLPHFSKDD YSPESKGFV ENSYLRGLTP QEFFFHAMGG REGLIDTAVK TAETGYIQRR LVKALEDIMV HYDNTTRNSL GNVIQFIYGE DGMDAAHIEK QSLDTIGGS DAAFEKRYRV DLLNTDHTLD PSLLESGSEI LGDLKLQVLL DEEYKQLVKD RKFLREVFVD GEANWPLPVN I RRIIQNAQ QTFHIDHTKP SDLTIKDIVL GVKDLQENLL VLRGKNEIIQ NAQRDAVTLF CCLLRSRLAT RRVLQEYRLT KQ AFDWVLS NIEAQFLRSV VHPGEMVGVL AAQSIGEPAT QMTLNTFHFA GVASKKVTSG VPRLKEILNV AKNMKTPSLT VYL EPGHAA DQEQAKLIRS AIEHTTLKSV TIASEIYYDP DPRSTVIPED EEIIQLHFSL LDEEAEQSFD QQSPWLLRLE LDRA AMNDK DLTMGQVGER IKQTFKNDLF VIWSEDNDEK LIIRCRVVRP KSLDAETEAE EDHMLKKIEN TMLENITLRG VENIE RVVM MKYDRKVPSP TGEYVKEPEW VLETDGVNLS EVMTVPGIDP TRIYTNSFID IMEVLGIEAG RAALYKEVYN VIASDG SYV NYRHMALLVD VMTTQGGLTS VTRHGFNRSN TGALMRCSFE ETVEILFEAG ASAELDDCRG VSENVILGQM APIGTGA FD VMIDEESLVK YMPEQKITEI EDGQDGGVTP YSNESGLVNA DLDVKDELMF SPLVDSGSND AMAGGFTAYG GADYGEAT S PFGAYGEAPT SPGFGVSSPG FSPTSPTYSP TSPAYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPA YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSY SPTSPNYSPT SPSYSPTSPG YSPGSPAYSP KQDEQKHNEN ENSR

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 138.937297 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG ...文字列:
MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG RLPIMLRSKN CYLSEATESD LYKLKECPFD MGGYFIINGS EKVLIAQERS AGNIVQVFKK AAPSPISHVA EI RSALEKG SRFISTLQVK LYGREGSSAR TIKATLPYIK QDIPIVIIFR ALGIIPDGEI LEHICYDVND WQMLEMLKPC VED GFVIQD RETALDFIGR RGTALGIKKE KRIQYAKDIL QKEFLPHITQ LEGFESRKAF FLGYMINRLL LCALDRKDQD DRDH FGKKR LDLAGPLLAQ LFKTLFKKLT KDIFRYMQRT VEEAHDFNMK LAINAKTITS GLKYALATGN WGEQKKAMSS RAGVS QVLN RYTYSSTLSH LRRTNTPIGR DGKLAKPRQL HNTHWGLVCP AETPEGQACG LVKNLSLMSC ISVGTDPMPI ITFLSE WGM EPLEDYVPHQ SPDATRVFVN GVWHGVHRNP ARLMETLRTL RRKGDINPEV SMIRDIREKE LKIFTDAGRV YRPLFIV ED DESLGHKELK VRKGHIAKLM ATEYQDIEGG FEDVEEYTWS SLLNEGLVEY IDAEEEESIL IAMQPEDLEP AEANEEND L DVDPAKRIRV SHHATTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLGTTRAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKKYGMSI TETFEKPQRT NTLRMKHGT YDKLDDDGLI APGVRVSGED VIIGKTTPIS PDEEELGQRT AYHSKRDAST PLRSTENGIV DQVLVTTNQD G LKFVKVRV RTTKIPQIGD KFASRHGQKG TIGITYRRED MPFTAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVAALS GN EGDASPF TDITVEGISK LLREHGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQIFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPMQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAASF LKERLMEASD AFRVHICGIC GLMTVIAKLN HNQFECKGCD NKIDIYQIHI PYAA KLLFQ ELMAMNITPR LYTDRSRDF

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 38.635883 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGSHHHHHHS NSGLNDIFEA QKIEWHEDTG SSEGPQVKIR EASKDNVDFI LSNVDLAMAN SLRRVMIAEI PTLAIDSVEV ETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCED HCDKCSVVLT LQAFGESEST TNVYSKDLVI VSNLMGRNIG H PIIQDKEG ...文字列:
MGSHHHHHHS NSGLNDIFEA QKIEWHEDTG SSEGPQVKIR EASKDNVDFI LSNVDLAMAN SLRRVMIAEI PTLAIDSVEV ETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCED HCDKCSVVLT LQAFGESEST TNVYSKDLVI VSNLMGRNIG H PIIQDKEG NGVLICKLRK GQELKLTCVA KKGIAKEHAK WGPAAAIEFE YDPWNKLKHT DYWYEQDSAK EWPQSKNCEY ED PPNEGDP FDYKAQADTF YMNVESVGSI PVDQVVVRGI DTLQKKVASI LLALTQMDQD KVNFASGDNN TASNMLGSNE DVM MTGAEQ DPYSNASQMG NTGSGGYDNA W

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 25.451191 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK ...文字列:
MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK STGLHPFEVA QLGSLACDTA DEAKTLIPSL NNKISDDELE RILKELSNLE TLY

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 25.117094 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY ...文字列:
MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY RLKESQLPRI QRADPVALYL GLKRGEVVKI IRKSETSGRY ASYRICM

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 17.931834 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR IAMKELAEKK IPLVIRRYLP DGSFEDWSVE ELIVDL

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.909934 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MFFIKDLSLN ITLHPSFFGP RMKQYLKTKL LEEVEGSCTG KFGYILCVLD YDNIDIQRGR ILPTDGSAEF NVKYRAVVFK PFKGEVVDG TVVSCSQHGF EVQVGPMKVF VTKHLMPQDL TFNAGSNPPS YQSSEDVITI KSRIRVKIEG CISQVSSIHA I GSIKEDYL GAIHHHHHH

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 16.525363 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTPA NDSSATRSWR PPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG GLLMRLEGNY RNLNNLKQEN AYLLIRR

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 14.308161 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MTTFRFCRDC NNMLYPREDK ENNRLLFECR TCSYVEEAGS PLVYRHELIT NIGETAGVVQ DIGSDPTLPR SDRECPKCHS RENVFFQSQ QRRKDTSMVL FFVCLSCSHI FTSDQKNKRT QFS

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 8.290732 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKRD

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 13.633493 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MNAPDRFELF LLGEGESKLK IDPDTKAPNA VVITFEKEDH TLGNLIRAEL LNDRKVLFAA YKVEHPFFAR FKLRIQTTEG YDPKDALKN ACNSIINKLG ALKTNFETEW NLQTLAADDA F

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 7.729969 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEAR

+
分子 #13: Transcription initiation factor IIB

分子名称: Transcription initiation factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 39.215391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMTRESIDKR AGRRGPNLNI VLTCPECKVY PPKIVERFSE GDVVCALCGL VLSDKLVDTR SEWRTFSNDD HNGDDPSRVG EASNPLLDG NNLSTRIGKG ETTDMRFTKE LNKAQGKNVM DKKDNEVQAA FAKITMLCDA AELPKIVKDC AKEAYKLCHD E KTLKGKSM ...文字列:
MMTRESIDKR AGRRGPNLNI VLTCPECKVY PPKIVERFSE GDVVCALCGL VLSDKLVDTR SEWRTFSNDD HNGDDPSRVG EASNPLLDG NNLSTRIGKG ETTDMRFTKE LNKAQGKNVM DKKDNEVQAA FAKITMLCDA AELPKIVKDC AKEAYKLCHD E KTLKGKSM ESIMAASILI GCRRAEVART FKEIQSLIHV KTKEFGKTLN IMKNILRGKS EDGFLKIDTD NMSGAQNLTY IP RFCSHLG LPMQVTTSAE YTAKKCKEIK EIAGKSPITI AVVSIYLNIL LFQIPITAAK VGQTLQVTEG TIKSGYKILY EHR DKLVDP QLIANGVVSL DNLPGVEKKK HHHHHH

+
分子 #15: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.000338 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADEERLKEF KEANKIVFDP NTRQVWENQN RDGTKPATTF QSEEDIKRAA PESEKDTSAT SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHA RNAEYNPKRF AAVIMRIREP KTTALIFASG KMVVTGAKSE DDSKLASRKY ARIIQKIGFA AKFTDFKIQN I VGSCDVKF ...文字列:
MADEERLKEF KEANKIVFDP NTRQVWENQN RDGTKPATTF QSEEDIKRAA PESEKDTSAT SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHA RNAEYNPKRF AAVIMRIREP KTTALIFASG KMVVTGAKSE DDSKLASRKY ARIIQKIGFA AKFTDFKIQN I VGSCDVKF PIRLEGLAFS HGTFSSYEPE LFPGLIYRMV KPKIVLLIFV SGKIVLTGAK QREEIYQAFE AIYPVLSEFR KM KHHHHHH

+
分子 #16: Transcription initiation factor IIF subunit alpha

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 82.531789 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGMSRRNPP GSRNGGGPTN ASPFIKRDRM RRNFLRMRMG QNGSNSSSPG VPNGDNSRGS LVKKDDPEYA EEREKMLLQI GVEADAGRS NVKVKDEDPN EYNEFPLRAI PKEDLENMRT HLLKFQSKKK INPVTDFHLP VRLHRKDTRN LQFQLTRAEI V QRQKEISE ...文字列:
GPGMSRRNPP GSRNGGGPTN ASPFIKRDRM RRNFLRMRMG QNGSNSSSPG VPNGDNSRGS LVKKDDPEYA EEREKMLLQI GVEADAGRS NVKVKDEDPN EYNEFPLRAI PKEDLENMRT HLLKFQSKKK INPVTDFHLP VRLHRKDTRN LQFQLTRAEI V QRQKEISE YKKKAEQERS TPNSGGMNKS GTVSLNNTVK DGSQTPTVDS VTKDNTANGV NSSIPTVTGS SVPPASPTTV SA VESNGLS NGSTSAANGL DGNASTANLA NGRPLVTKLE DAGPAEDPTK VGMVKYDGKE VTNEPEFEEG TMDPLADVAP DGG GRAKRG NLRRKTRQLK VLDENAKKLR FEEFYPWVME DFDGYNTWVG SYEAGNSDSY VLLSVEDDGS FTMIPADKVY KFTA RNKYA TLTIDEAEKR MDKKSGEVPR WLMKHLDNIG TTTTRYDRTR RKLKAVADQQ AMDEDDRDDN SEVELDYDEE FADDE EAPI IDGNEQENKE SEQRIKKEML QANAMGLRDE EAPSENEEDE LFGEKKIDED GERIKKALQK TELAALYSSD ENEINP YLS ESDIENKENE SPVKKEEDSD TLSKSKRSSP KKQQKKATNA HVHKEPTLRV KSIKNCVIIL KGDKKILKSF PEGEWNP QT TKAVDSSNNA SNTVPSPIKQ EEGLNSTVAE REETPAPTIT EKDIIEAIGD GKVNIKEFGK FIRRKYPGAE NKKLMFAI V KKLCRKVGND HMELKKE

+
分子 #17: Transcription initiation factor IIF subunit beta

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 46.684492 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSGSAGAPA LSNNSTNSVA KEKSGNISGD EYLSQEEEVF DGNDIENNET KVYEESLDLD LERSNRQVWL VRLPMFLAEK WRDRNNLHG QELGKIRINK DGSKITLLLN ENDNDSIPHE YDLELTKKVV ENEYVFTEQN LKKYQQRKKE LEADPEKQRQ A YLKKQERE ...文字列:
MSSGSAGAPA LSNNSTNSVA KEKSGNISGD EYLSQEEEVF DGNDIENNET KVYEESLDLD LERSNRQVWL VRLPMFLAEK WRDRNNLHG QELGKIRINK DGSKITLLLN ENDNDSIPHE YDLELTKKVV ENEYVFTEQN LKKYQQRKKE LEADPEKQRQ A YLKKQERE EELKKKQQQQ KRRNNRKKFN HRVMTDRDGR DRYIPYVKTI PKKTAIVGTV CHECQVMPSM NDPNYHKIVE QR RNIVKLN NKERITTLDE TVGVTMSHTG MSMRSDNSNF LKVGREKAKS NIKSIRMPKK EILDYLFKLF DEYDYWSLKG LKE RTRQPE AHLKECLDKV ATLVKKGPYA FKYTLRPEYK KLKEEERKAT LGELADEQTG SAGDNAQGDA EADLEDEIEM EDVV

+
分子 #19: Transcription initiation factor IIA large subunit

分子名称: Transcription initiation factor IIA large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 19.432029 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSNAEASRVY EIIVESVVNE VREDFENAGI DEQTLQDLKN IWQKKLTETK VTTFSWDNQF NEGNINGVQN DLNFNLATPG VNSSEFNIK EENTGSALLD TDEVGSELDD SDDDYLISEG EEDGPDENLM LCLYDKVTRT KARWKCSLKD GVVTINRNDY T FQKAQVEA EWV

+
分子 #20: Transcription initiation factor IIA subunit 2

分子名称: Transcription initiation factor IIA subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.431131 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAVPGYYELY RRSTIGNSLV DALDTLISDG RIEASLAMRV LETFDKVVAE TLKDNTQSKL TVKGNLDTYG FCDDVWTFIV KNCQVTVED SHRDASQNGS GDSQSVISVD KLRIVACNSK KSEKHHHHHH

+
分子 #21: Transcription initiation factor IIE subunit alpha

分子名称: Transcription initiation factor IIE subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 55.951039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDRPIDDIVK NLLKFVVRGF YGGSFVLVLD AILFHSVLAE DDLKQLLSIN KTELGPLIAR LRSDRLISIH KQREYPPNSK SVERVYYYV KYPHAIDAIK WKVHQVVQRL KDDLDKNSEP NGYMCPICLT KYTQLEAVQL LNFDRTEFLC SLCDEPLVED D SGKKNKEK ...文字列:
MDRPIDDIVK NLLKFVVRGF YGGSFVLVLD AILFHSVLAE DDLKQLLSIN KTELGPLIAR LRSDRLISIH KQREYPPNSK SVERVYYYV KYPHAIDAIK WKVHQVVQRL KDDLDKNSEP NGYMCPICLT KYTQLEAVQL LNFDRTEFLC SLCDEPLVED D SGKKNKEK QDKLNRLMDQ IQPIIDSLKK IDDSRIEENT FEIALARLIP PQNQSHAAYT YNPKKGSTMF RPGDSAPLPN LM GTALGND SSRRAGANSQ ATLHINITTA SDEVAQRELQ ERQAEEKRKQ NAVPEWHKQS TIGKTALGRL DNEEEFDPVV TAS AMDSIN PDNEPAQETS YQNNRTLTEQ EMEERENEKT LNDYYAALAK KQAKLNKEEE EEEEEEEDEE EEEEEEMEDV MDDN DETAR ENALEDEFED VTDTAGTAKT ESNTSNDVKQ ESINDKTEDA VNATATASGP SANAKPNDGD DDDDDDDDEM DIEFE DVAA ALEHHHHH

+
分子 #22: Transcription initiation factor IIE subunit beta

分子名称: Transcription initiation factor IIE subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 37.050434 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKNRDPLLA NLNAFKSKVK SAPVIAPAKV GQKKTNDTVI TIDGNTRKRT ASERAQENTL NSAKNPVLVD IKKEAGSNSS NAISLDDDD DDEDFGSSPS KKVRPGSIAA AALQANQTDI SKSHDSSKLL WATEYIQKKG KPVLVNELLD YLSMKKDDKV I ELLKKLDR ...文字列:
MSKNRDPLLA NLNAFKSKVK SAPVIAPAKV GQKKTNDTVI TIDGNTRKRT ASERAQENTL NSAKNPVLVD IKKEAGSNSS NAISLDDDD DDEDFGSSPS KKVRPGSIAA AALQANQTDI SKSHDSSKLL WATEYIQKKG KPVLVNELLD YLSMKKDDKV I ELLKKLDR IEFDPKKGTF KYLSTYDVHS PSELLKLLRS QVTFKGISCK DLKDGWPQCD ETINQLEEDS KILVLRTKKD KT PRYVWYN SGGNLKCIDE EFVKMWENVQ LPQFAELPRK LQDLGLKPAS VDPATIKRQT KRVEVKKKRQ RKGKITNTHM TGI LKDYSH RV

+
分子 #23: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 89.899047 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKFYIDDLPV LFPYPKIYPE QYNYMCDIKK TLDVGGNSIL EMPSGTGKTV SLLSLTIAYQ MHYPEHRKII YCSRTMSEIE KALVELENL MDYRTKELGY QEDFRGLGLT SRKNLCLHPE VSKERKGTVV DEKCRRMTNG QAKRKLEEDP EANVELCEYH E NLYNIEVE ...文字列:
MKFYIDDLPV LFPYPKIYPE QYNYMCDIKK TLDVGGNSIL EMPSGTGKTV SLLSLTIAYQ MHYPEHRKII YCSRTMSEIE KALVELENL MDYRTKELGY QEDFRGLGLT SRKNLCLHPE VSKERKGTVV DEKCRRMTNG QAKRKLEEDP EANVELCEYH E NLYNIEVE DYLPKGVFSF EKLLKYCEEK TLCPYFIVRR MISLCNIIIY SYHYLLDPKI AERVSNEVSK DSIVIFDEAH NI DNVCIES LSLDLTTDAL RRATRGANAL DERISEVRKV DSQKLQDEYE KLVQGLHSAD ILTDQEEPFV ETPVLPQDLL TEA IPGNIR RAEHFVSFLK RLIEYLKTRM KVLHVISETP KSFLQHLKQL TFIERKPLRF CSERLSLLVR TLEVTEVEDF TALK DIATF ATLISTYEEG FLLIIEPYEI ENAAVPNPIM RFTCLDASIA IKPVFERFSS VIITSGTISP LDMYPRMLNF KTVLQ KSYA MTLAKKSFLP MIITKGSDQV AISSRFEIRN DPSIVRNYGS MLVEFAKITP DGMVVFFPSY LYMESIVSMW QTMGIL DEV WKHKLILVET PDAQETSLAL ETYRKACSNG RGAILLSVAR GKVSEGIDFD HQYGRTVLMI GIPFQYTESR ILKARLE FM RENYRIREND FLSFDAMRHA AQCLGRVLRG KDDYGVMVLA DRRFSRKRSQ LPKWIAQGLS DADLNLSTDM AISNTKQF L RTMAQPTDPK DQEGVSVWSY EDLIKHQNSR KDQGGFIENE NKEGEQDEDE DEDIEMQ

+
分子 #24: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 73.194516 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGSMSHSGAA IFEKVSGIIA INEDVSPAEL TWRSTDGDKV HTVVLSTIDK LQATPASSEK MMLRLIGKVD ESKKRKDNEG NEVVPKPQR HMFSFNNRTV MDNIKMTLQQ IISRYKDADI YEEKRRREES AQHTETPMSS SSVTAGTPTP HLDTPQLNNG A PLINTAKL ...文字列:
GGSMSHSGAA IFEKVSGIIA INEDVSPAEL TWRSTDGDKV HTVVLSTIDK LQATPASSEK MMLRLIGKVD ESKKRKDNEG NEVVPKPQR HMFSFNNRTV MDNIKMTLQQ IISRYKDADI YEEKRRREES AQHTETPMSS SSVTAGTPTP HLDTPQLNNG A PLINTAKL DDSLSKEKLL TNLKLQQSLL KGNKVLMKVF QETVINAGLP PSEFWSTRIP LLRAFALSTS QKVGPYNVLS TI KPVASSE NKVNVNLSRE KILNIFENYP IVKKAYTDNV PKNFKEPEFW ARFFSSKLFR KLRGEKIMQN DRGDVIIDRY LTL DQEFDR KDDDMLLHPV KKIIDLDGNI QDDPVVRGNR PDFTMQPGVD INGNSDGTVD ILKGMNRLSE KMIMALKNEY SRTN LQNKS NITNDEEDED NDERNELKID DLNESYKTNY AIIHLKRNAH EKTTDNDAKS SADSIKNADL KVSNQQMLQQ LSLVM DNLI NKLDLNQVVP NNEVSNKINK RVITAIKINA KQAKHNNVNS ALGSFVDNTS QANELEVKST LPIDLLESCR MLHTTC CEF LKHFYIHFQS GEQKQASTVK KLYNHLKDCI EKLNELFQDV LNGDGESMSN TCTAYLKPVL NSITLATHKY DEYFNEY NN NSN

+
分子 #25: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 58.900602 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPGSMSDYSL KHSVTQYLEE IPQQVQNRLY TSPATCLAIY RILPPLAKFF IMAMVFNENE VPLLDLDKWV NSNGKLQFQN AIKSMKSLH LLIPNKSSGT LMINLNPTFK ISLRNALTGG EVQNSFGVVV EENVVSLDLL DEYSANKWET ILHFMVGTPL A KIPSEKVL ...文字列:
GPGSMSDYSL KHSVTQYLEE IPQQVQNRLY TSPATCLAIY RILPPLAKFF IMAMVFNENE VPLLDLDKWV NSNGKLQFQN AIKSMKSLH LLIPNKSSGT LMINLNPTFK ISLRNALTGG EVQNSFGVVV EENVVSLDLL DEYSANKWET ILHFMVGTPL A KIPSEKVL NLLKHSKLME EVNSTGEFKI TNEGFQFLLQ EINSQLWTLL LQYLKMIETS KMDLVDVLHF IFMLGALEVG KA YKIDALS ETQRIMLQDM RDYGLVFQKH SNDSIFYPTK LALMLTSDTK TIRSASNAMD SVLRQNREEP SVNEDGANGK STT DITTSD DLNKAGLKNQ DIPDGSLIVE TNFKIYSYSN SPLQIAVLSL FVHLKARFVN MVLGQITRES IRRALTNGIT ADQI IAYLE THAHPQMRRL AEEKLEKKLE LDPNCKEPLQ VLPPTVVDQI RLWQLELDRV ITYEGSLYSD FETSQEYNLL SKYAQ DIGV LLWKDDKKKK FFISKEGNSQ VLDFAKRKLK KKQ

+
分子 #26: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

分子名称: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 38.480746 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPHMLMDEYE ENKDMCPICK TDRYLSPDVK FLVNPECYHR ICESCVDRIF SLGPAQCPYK GCDKILRKNK FKTQIFDDVE VEKEVDIRK RVFNVFNKTI DDFNGDLVEY NKYLEEVEDI IYKLDHGIDV AKTEEKLRTY EELNKQLIMN NLERSRTEIE S FEQRQKFE ...文字列:
GPHMLMDEYE ENKDMCPICK TDRYLSPDVK FLVNPECYHR ICESCVDRIF SLGPAQCPYK GCDKILRKNK FKTQIFDDVE VEKEVDIRK RVFNVFNKTI DDFNGDLVEY NKYLEEVEDI IYKLDHGIDV AKTEEKLRTY EELNKQLIMN NLERSRTEIE S FEQRQKFE KEMKLKKRLL ERQIEEEERM NKEWTKKEIV NRLSTTTQDI NETIEGVKNT VKLKKSSARR KLEELNRVLK NN PYFNSNV NVQNSRLKDA VPFTPFNGDR EAHPRFTLKG SVYNDPFIKD LEHRKEFIAS GFNTNYAYER VLTEAFMGLG CVI SEEL

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分子 #27: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 37.778676 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMDAISDP TFKHARSRKQ VTEESPSLLT VIIEIAPKLW TTFDEEGNEK GSIIKVLEAL IVFLNAHLAF NSANKVAVIA AYSQGIKYL YPESTSALKA SESENKTRSD LKIINSDMYR RFRNVDETLV EEIYKLFELE KKQIEQNSQR STLAGAMSAG L TYVNRISK ...文字列:
SNAMDAISDP TFKHARSRKQ VTEESPSLLT VIIEIAPKLW TTFDEEGNEK GSIIKVLEAL IVFLNAHLAF NSANKVAVIA AYSQGIKYL YPESTSALKA SESENKTRSD LKIINSDMYR RFRNVDETLV EEIYKLFELE KKQIEQNSQR STLAGAMSAG L TYVNRISK ESVTTSLKSR LLVLTCGSGS SKDEIFQYIP IMNCIFSATK MKCPIDVVKI GGSKESTFLQ QTTDATNGVY LH VESTEGL IQYLATAMFI DPSLRPIIVK PNHGSVDFRT SCYLTGRVVA VGFICSVCLC VLSIIPPGNK CPACDSQFDE HVI AKLKRK PVVPRLKAKK KVTKP

+
分子 #28: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.541787 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
GPGSMARARK GALVQCDPSI KALILQIDAK MSDIVLEELD DTHLLVNPSK VEFVKHELNR LLSKNIYNPM DEEENQ

+
分子 #29: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 52.571215 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGSMAPVVIS ESEEDEDRVA ITRRTKRQVH FDGEGDDRVD QQQQQHSSSH RDRDKHVQRK KKKRLSNRNL QGSNGGYAWE DEIKRSWDL VKVDDEGDMA SLVASIVEAR KKRTAKKNIT PYQRGIIRSL ILTLDCSEAM LEKDLRPNRH AMIIQYAIDF V HEFFDQNP ...文字列:
GGSMAPVVIS ESEEDEDRVA ITRRTKRQVH FDGEGDDRVD QQQQQHSSSH RDRDKHVQRK KKKRLSNRNL QGSNGGYAWE DEIKRSWDL VKVDDEGDMA SLVASIVEAR KKRTAKKNIT PYQRGIIRSL ILTLDCSEAM LEKDLRPNRH AMIIQYAIDF V HEFFDQNP ISQMGIIIMR NGLAQLVSQV SGNPQDHIDA LKSIRKQEPK GNPSLQNALE MARGLLLPVP AHCTREVLIV FG SLSTTDP GDIHQTIDSL VSEKIRVKVL GLSAQVAICK ELCKATNYGD ESFYKILLDE THLKELFNEA VTPLPVNKIN KGF TLVKMG FPTRIFEDTP TFCSCHSKLV YGGYFCPNCH SKVCSLPTVC PCCDLMLILS THLARSYHHL MPLKTFAEVP TTEK FRSED CFSCQSRFPI LKNHKNGKLL TSSRYRCEDC KQEFCVDCDV FIHEILHNCP GCESKPVIT

+
分子 #30: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 95.461664 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTDVEGYQPK SKGKIFPDMG ESFFSSDEDS PATDAEIDEN YDDNRETSEG RGERDTGAMV TGLKKPRKKT KSSRHTAADS SMNQMDAKD KALLQDTNSD IPADFVPDSV SGMFRSHDFS YLRLRPDHAS RPLWISPSDG RIILESFSPL AEQAQDFLVT I AEPISRPS ...文字列:
MTDVEGYQPK SKGKIFPDMG ESFFSSDEDS PATDAEIDEN YDDNRETSEG RGERDTGAMV TGLKKPRKKT KSSRHTAADS SMNQMDAKD KALLQDTNSD IPADFVPDSV SGMFRSHDFS YLRLRPDHAS RPLWISPSDG RIILESFSPL AEQAQDFLVT I AEPISRPS HIHEYKITAY SLYAAVSVGL ETDDIISVLD RLSKVPVAES IINFIKGATI SYGKVKLVIK HNRYFVETTQ AD ILQMLLN DSVIGPLRID SDHQVQPPED VLQQQLQQTA GKPATNVNPN DVEAVFSAVI GGDNEREEED DDIDAVHSFE IAN ESVEVV KKRCQEIDYP VLEEYDFRND HRNPDLDIDL KPSTQIRPYQ EKSLSKMFGN GRARSGIIVL PCGAGKTLVG ITAA CTIKK SVIVLCTSSV SVMQWRQQFL QWCTLQPENC AVFTSDNKEM FQTESGLVVS TYSMVANTRN RSHDSQKVMD FLTGR EWGF IILDEVHVVP AAMFRRVVST IAAHAKLGLT ATLVREDDKI GDLNFLIGPK LYEANWMELS QKGHIANVQC AEVWCP MTA EFYQEYLRET ARKRMLLYIM NPTKFQACQF LIQYHERRGD KIIVFSDNVY ALQEYALKMG KPFIYGSTPQ QERMNIL QN FQYNDQINTI FLSKVGDTSI DLPEATCLIQ ISSHYGSRRQ EAQRLGRILR AKRRNDEGFN AFFYSLVSKD TQEMYYST K RQAFLVDQGY AFKVITHLHG MENIPNLAYA SPRERRELLQ EVLLKNEEAA GIEVGDDADN SVGRGSNGHK RFKSKAVRG EGSLSGLAGG EDMAYMEYST NKNKELKEHH PLIRKMYYKN LKK

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分子 #31: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.271863 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL AAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

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分子 #32: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

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分子 #33: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.978241 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSAKSK

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分子 #34: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.848097 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK TQKKDGKKRR KTRKESYAIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDVF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

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分子 #14: Non-template DNA (209-MER)

分子名称: Non-template DNA (209-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 64.290992 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC) ...文字列:
(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)

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分子 #18: Template DNA (209-MER)

分子名称: Template DNA (209-MER) / タイプ: dna / ID: 18 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 64.754344 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA) (DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG) (DT) (DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)

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分子 #35: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 17 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #37: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 41.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142136
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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