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- EMDB-14439: S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14439
タイトルS. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting
マップデータConsensus map of CMGE dimer model generated from EMD EMD-13978
試料
  • 複合体: S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / 遺伝子変換 / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / nuclear DNA replication / MCM complex binding ...DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / 遺伝子変換 / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / nuclear DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / SUMO binding / mitotic DNA replication / DNA replication proofreading / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replication fork protection complex / mitotic DNA replication initiation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA strand elongation involved in DNA replication / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear chromosome / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / DNA helicase activity / DNA複製 / helicase activity / デオキシリボ核酸 / 塩基除去修復 / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / ヘリカーゼ / DNA複製 / chromosome, telomeric region / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / 細胞周期 / nucleotide binding / mRNA binding / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, subunit B / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 ...DNA polymerase epsilon, subunit B / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein / MCM4, winged helix domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM6 ...DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / DNA molecule (デオキシリボ核酸)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lewis JS / Sousa JS / Costa A
資金援助European Union, フランス, 英国, 10件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)211-2020European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionEuropean Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)1177-2020European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000834/2020-L フランス
European Molecular Biology Organization (EMBO)962-2019European Union
The Francis Crick InstituteFC001065 英国
The Francis Crick InstituteFC001066 英国
Wellcome Trust106252/Z/14/Z 英国
European Research Council (ERC)669424-CHROMOREPEuropean Union
European Research Council (ERC)820102European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Mechanism of replication origin melting nucleated by CMG helicase assembly.
著者: Jacob S Lewis / Marta H Gross / Joana Sousa / Sarah S Henrikus / Julia F Greiwe / Andrea Nans / John F X Diffley / Alessandro Costa /
要旨: The activation of eukaryotic origins of replication occurs in temporally separated steps to ensure that chromosomes are copied only once per cell cycle. First, the MCM helicase is loaded onto duplex ...The activation of eukaryotic origins of replication occurs in temporally separated steps to ensure that chromosomes are copied only once per cell cycle. First, the MCM helicase is loaded onto duplex DNA as an inactive double hexamer. Activation occurs after the recruitment of a set of firing factors that assemble two Cdc45-MCM-GINS (CMG) holo-helicases. CMG formation leads to the underwinding of DNA on the path to the establishment of the replication fork, but whether DNA becomes melted at this stage is unknown. Here we use cryo-electron microscopy to image ATP-dependent CMG assembly on a chromatinized origin, reconstituted in vitro with purified yeast proteins. We find that CMG formation disrupts the double hexamer interface and thereby exposes duplex DNA in between the two CMGs. The two helicases remain tethered, which gives rise to a splayed dimer, with implications for origin activation and replisome integrity. Inside each MCM ring, the double helix becomes untwisted and base pairing is broken. This comes as the result of ATP-triggered conformational changes in MCM that involve DNA stretching and protein-mediated stabilization of three orphan bases. Mcm2 pore-loop residues that engage DNA in our structure are dispensable for double hexamer loading and CMG formation, but are essential to untwist the DNA and promote replication. Our results explain how ATP binding nucleates origin DNA melting by the CMG and maintains replisome stability at initiation.
履歴
登録2022年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2022年7月6日-
現状2022年7月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14439.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 60.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map of CMGE dimer model generated from EMD EMD-13978
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 171 pix.
= 184.68 Å		1.08 Å/pix.
x 359 pix.
= 387.72 Å		1.08 Å/pix.
x 257 pix.
= 277.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.92619747 - 1.9131813
平均 (標準偏差)3.349757e-05 (±0.0806704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ359257171
Spacing257359171
セルA: 277.56 Å / B: 387.72 Å / C: 184.68001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting

全体名称: S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting
要素
  • 複合体: S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicaseヘリカーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • DNA: DNA (53-MER)
    • DNA: DNA (53-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting

超分子名称: S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
詳細: Dimeric model reconstituted from symmetry expanded monomer (PDB entry 7QHS).
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 98.911539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL ...文字列:
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分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 111.720242 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMEGST GFDGDATTFF APDAVFGDRV RRFQEFLDTF TSYRDSVRSI QVYNSNNAA NYNDDQDDAD ERDLLGDDDG DDLEKEKKAA SSTSLNILPH RIIISLDDLR EFDRSFWSGI LVEPAYFIPP A EKALTDLA ...文字列:
MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMEGST GFDGDATTFF APDAVFGDRV RRFQEFLDTF TSYRDSVRSI QVYNSNNAA NYNDDQDDAD ERDLLGDDDG DDLEKEKKAA SSTSLNILPH RIIISLDDLR EFDRSFWSGI LVEPAYFIPP A EKALTDLA DSMDDVPHPN ASAVSSRHPW KLSFKGSFGA HALSPRTLTA QHLNKLVSVE GIVTKTSLVR PKLIRSVHYA AK TGRFHYR DYTDATTTLT TRIPTPAIYP TEDTEGNKLT TEYGYSTFID HQRITVQEMP EMAPAGQLPR SIDVILDDDL VDK TKPGDR VNVVGVFKSL GAGGMNQSNS NTLIGFKTLI LGNTVYPLHA RSTGVAARQM LTDFDIRNIN KLSKKKDIFD ILSQ SLAPS IYGHDHIKKA ILLMLMGGVE KNLENGSHLR GDINILMVGD PSTAKSQLLR FVLNTASLAI ATTGRGSSGV GLTAA VTTD RETGERRLEA GAMVLADRGV VCIDEFDKMT DVDRVAIHEV MEQQTVTIAK AGIHTTLNAR CSVIAAANPV FGQYDV NRD PHQNIALPDS LLSRFDLLFV VTDDINEIRD RSISEHVLRT HRYLPPGYLE GEPVRERLNL SLAVGEDADI NPEEHSN SG AGVENEGEDD EDHVFEKFNP LLQAGAKLAK NKGNYNGTEI PKLVTIPFLR KYVQYAKERV IPQLTQEAIN VIVKNYTD L RNDDNTKKSP ITARTLETLI RLATAHAKVR LSKTVNKVDA KVAANLLRFA LLGEDIGNDI DEEESEYEEA LSKRSPQKS PKKRQRVRQP ASNSGSPIKS TPRRSTASSV NATPSSARRI LRFQDDEQNA GEDDNDIMSP LPADEEAELQ RRLQLGLRVS PRRREHLHA PEEGSSGPLT EVGTPRLPNV SSAGQDDEQQ QSVISFDNVE PGTISTGRLS LISGIIARLM QTEIFEEESY P VASLFERI NEELPEEEKF SAQEYLAGLK IMSDRNNLMV ADDKVWRV

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分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 105.138375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA ...文字列:
MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA PPSEASEPLR IIWGTNVSIQ ECTTNFRNFL MSFKYKFRKI LDEREEFINN TTDEELYYIK QLNEMRELGT SN LNLDARN LLAYKQTEDL YHQLLNYPQE VISIMDQTIK DCMVSLIVDN NLDYDLDEIE TKFYKVRPYN VGSCKGMREL NPN DIDKLI NLKGLVLRST PVIPDMKVAF FKCNVCDHTM AVEIDRGVIQ EPARCERIDC NEPNSMSLIH NRCSFADKQV IKLQ ETPDF VPDGQTPHSI SLCVYDELVD SCRAGDRIEV TGTFRSIPIR ANSRQRVLKS LYKTYVDVVH VKKVSDKRLD VDTST IEQE LMQNKVDHNE VEEVRQITDQ DLAKIREVAA REDLYSLLAR SIAPSIYELE DVKKGILLQL FGGTNKTFTK GGRYRG DIN ILLCGDPSTS KSQILQYVHK ITPRGVYTSG KGSSAVGLTA YITRDVDTKQ LVLESGALVL SDGGVCCIDE FDKMSDS TR SVLHEVMEQQ TISIAKAGII TTLNARSSIL ASANPIGSRY NPNLPVTENI DLPPPLLSRF DLVYLVLDKV DEKNDREL A KHLTNLYLED KPEHISQDDV LPVEFLTMYI SYAKEHIHPI ITEAAKTELV RAYVGMRKMG DDSRSDEKRI TATTRQLES MIRLAEAHAK MKLKNVVELE DVQEAVRLIR SAIKDYATDP KTGKIDMNLV QTGKSVIQRK LQEDLSREIM NVLKDQASDS MSFNELIKQ INEHSQDRVE SSDIQEALSR LQQEDKVIVL GEGVRRSVRL NNRV

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分子 #4: DNA helicase

分子名称: DNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 86.505734 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS ...文字列:
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分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 113.110211 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM ...文字列:
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分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 95.049875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD ...文字列:
MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD TTMDPPSSMN DALREVVEDE TELFPPNLTR RYFLYFKPLS QNCARRYRKK AISSKPLSVR QIKGDFLGQL IT VRGIITR VSDVKPAVEV IAYTCDQCGY EVFQEVNSRT FTPLSECTSE ECSQNQTKGQ LFMSTRASKF SAFQECKIQE LSQ QVPVGH IPRSLNIHVN GTLVRSLSPG DIVDVTGIFL PAPYTGFKAL KAGLLTETYL EAQFVRQHKK KFASFSLTSD VEER VMELI TSGDVYNRLA KSIAPEIYGN LDVKKALLLL LVGGVDKRVG DGMKIRGDIN VCLMGDPGVA KSQLLKAICK ISPRG VYTT GKGSSGVGLT AAVMKDPVTD EMILEGGALV LADNGICCID EFDKMDESDR TAIHEVMEQQ TISISKAGIN TTLNAR TSI LAAANPLYGR YNPRLSPLDN INLPAALLSR FDILFLMLDI PSRDDDEKLA EHVTYVHMHN KQPDLDFTPV EPSKMRE YI AYAKTKRPVM SEAVNDYVVQ AYIRLRQDSK REMDSKFSFG QATPRTLLGI IRLSQALAKL RLADMVDIDD VEEALRLV R VSKESLYQET NKSKEDESPT TKIFTIIKKM LQETGKNTLS YENIVKTVRL RGFTMLQLSN CIQEYSYLNV WHLINEGNT LKFVDDGTMD TDQEDSLVST PKLAPQTTAS ANVSAQDSDI DLQDA

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分子 #9: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 25.71807 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEKEN LYFQSMGYYD IDDVLADGTE FPCKFQYDIP GLGYLENNPG RPITKNTKLS LPLWLARIL AIVGGDEALV DEEPVPFVEL LPPDMFSTKV MNAIKTDPVA LDLHSINSHF FSLAIKWIML FSEKELANVV S ELLLQRAQ ...文字列:
WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEKEN LYFQSMGYYD IDDVLADGTE FPCKFQYDIP GLGYLENNPG RPITKNTKLS LPLWLARIL AIVGGDEALV DEEPVPFVEL LPPDMFSTKV MNAIKTDPVA LDLHSINSHF FSLAIKWIML FSEKELANVV S ELLLQRAQ ELNHHASSLS IDLNADSTGK NSANTNIATS TFLLKLEEME KEIYKKSHES YKDTKRWMFK K

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分子 #10: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 33.983617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDINIDDILA ELDKETTAVD STKITQGSSS TTHRDANTIV GSSLDLNDKT QIYVSPQQDF SDLMKSWKNE RCSPELLPYP HQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPMP NESKLPLLCM ETELERLKFV IRSYIRCRLS KIDKFSLYLR Q LNEDENSL ...文字列:
MDINIDDILA ELDKETTAVD STKITQGSSS TTHRDANTIV GSSLDLNDKT QIYVSPQQDF SDLMKSWKNE RCSPELLPYP HQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPMP NESKLPLLCM ETELERLKFV IRSYIRCRLS KIDKFSLYLR Q LNEDENSL ISLTDLLSKD EIKYHDTHSL IWLKLVNDSI LKYMPEELQA INDTEGSVNM IDEPDWNKFV FIHVNGPPDG KW NEDPLLQ ENEFGKPCYT VTIPDLKEEV ELTIGSIYVM RYEVIRDLLR DDKVALI

+
分子 #11: Cell division control protein 45

分子名称: Cell division control protein 45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 75.154703 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRRH YSQLDDNINS LLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVIDTDE KSGEQSFRRD IYVLDAHRPW NLDNIFGSQI IQCFDDGTVD DTLGEQKEAY Y KLLELDEE ...文字列:
MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRRH YSQLDDNINS LLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVIDTDE KSGEQSFRRD IYVLDAHRPW NLDNIFGSQI IQCFDDGTVD DTLGEQKEAY Y KLLELDEE SGDDELSGDE NDNNGGDDEA TDADEVTDED YKDDDGDYKD DDETISNKRG NSSIGPNDLS KRKQRKKQIH EY EGVLEEY YSQGTTVVNS ISAQIYSLLS AIGETNLSNL WLNILGTTSL DIAYAQVYNR LYPLLQDEVK RLTPSSRNSV KTP DTLTLN IQPDYYLFLL RHSSLYDSFY YSNYVNAKLS LWNENGKKRL HKMFARMGIP LSTAQETWLY MDHSIKRELG IIFD KNLDR YGLQDIIRDG FVRTLGYRGS ISASEFVEAL TALLEVGNST DKDSVKINND NNDDTDGEEE EDNSAQKLTN LRKRW VSNF WLSWDALDDR KVELLNRGIQ LAQDLQRAIF NTGVAILEKK LIKHLRIYRL CVLQDGPDLD LYRNPLTLLR LGNWLI ECC AESEDKQLLP MVLASIDENT DTYLVAGLTP RYPRGLDTIH TKKPILNNFS MAFQQITAET DAKVRIDNFE SSIIEIR RE DLSPFLEKLT LSGLL

+
分子 #12: DNA polymerase epsilon subunit B

分子名称: DNA polymerase epsilon subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 78.425852 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFGSGNVLPV KIQPPLLRPL AYRVLSRKYG LSIKSDGLSA LAEFVGTNIG ANWRQGPATI KFLEQFAAVW KQQERGLFID QSGVKEVIQ EMKEREKVEW SHEHPIQHEE NILGRTDDDE NNSDDEMPIA ADSSLQNVSL SSPMRQPTER DEYKQPFKPE S SKALDWRD ...文字列:
MFGSGNVLPV KIQPPLLRPL AYRVLSRKYG LSIKSDGLSA LAEFVGTNIG ANWRQGPATI KFLEQFAAVW KQQERGLFID QSGVKEVIQ EMKEREKVEW SHEHPIQHEE NILGRTDDDE NNSDDEMPIA ADSSLQNVSL SSPMRQPTER DEYKQPFKPE S SKALDWRD YFKVINASQQ QRFSYNPHKM QFIFVPNKKQ NGLGGIAGFL PDIEDKVQMF LTRYYLTNDR VMRNENFQNS DM FNPLSSM VSLQNELSNT NRQQQSSSMS ITPIKNLLGR DAQNFLLLGL LNKNFKGNWS LEDPSGSVEI DISQTIPTQG HYY VPGCMV LVEGIYYSVG NKFHVTSMTL PPGERREITL ETIGNLDLLG IHGISNNNFI ARLDKDLKIR LHLLEKELTD HKFV ILGAN LFLDDLKIMT ALSKILQKLN DDPPTLLIWQ GSFTSVPVFA SMSSRNISSS TQFKNNFDAL ATLLSRFDNL TENTT MIFI PGPNDLWGSM VSLGASGTLP QDPIPSAFTK KINKVCKNVV WSSNPTRIAY LSQEIVIFRD DLSGRFKRHR LEFPFN ESE DVYTENDNMM SKDTDIVPID ELVKEPDQLP QKVQETRKLV KTILDQGHLS PFLDSLRPIS WDLDHTLTLC PIPSTMV LC DTTSAQFDLT YNGCKVINPG SFIHNRRARY MEYVPSSKKT IQEEIYI

+
分子 #13: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.230576 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MYGDLGNKLV LEAKRTKQLY ARSNQDVNLP MYHEDIIRNI LKEVSNLRKN TEYLKEQQQL GMLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAY QRLRTDILDS MAWNNNGLDL MSSITFSQQD TNNLSHQEQE YLKEYCDLIT DLKSGDLVDI DLSGSLVPPS D VFIDVRVL ...文字列:
MYGDLGNKLV LEAKRTKQLY ARSNQDVNLP MYHEDIIRNI LKEVSNLRKN TEYLKEQQQL GMLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAY QRLRTDILDS MAWNNNGLDL MSSITFSQQD TNNLSHQEQE YLKEYCDLIT DLKSGDLVDI DLSGSLVPPS D VFIDVRVL KDAGEIQTEY GVFNLIKDSQ FFVRQSDVER LIQQGYLQKI

+
分子 #14: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.096807 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLPAHLQQT FSPEEIQFIV ENEPIKIFPR ITTRQKIRGD DRGTGNHTRW QLITTDDKAL NNMVAMRSTE VVLWIALLLK QQSKCSIVA PQWLTTKELD RKIQYEKTHP DRFSELPWNW LVLARILFNK AKDDFHDPIH ELRGKIQDLR EIRQIKVLKG L KYLNESHL ...文字列:
MSLPAHLQQT FSPEEIQFIV ENEPIKIFPR ITTRQKIRGD DRGTGNHTRW QLITTDDKAL NNMVAMRSTE VVLWIALLLK QQSKCSIVA PQWLTTKELD RKIQYEKTHP DRFSELPWNW LVLARILFNK AKDDFHDPIH ELRGKIQDLR EIRQIKVLKG L KYLNESHL QLDNLSLLEI NELRPFITEI MDKLREIHTA SLTAGTENDE EEFNI

+
分子 #15: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

分子名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 255.992484 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MMFGKKKNNG GSSTARYSAG NKYNTLSNNY ALSAQQLLNA SKIDDIDSMM GFERYVPPQY NGRFDAKDID QIPGRVGWLT NMHATLVSQ ETLSSGSNGG GNSNDGERVT TNQGISGVDF YFLDEEGGSF KSTVVYDPYF FIACNDESRV NDVEELVKKY L ESCLKSLQ ...文字列:
MMFGKKKNNG GSSTARYSAG NKYNTLSNNY ALSAQQLLNA SKIDDIDSMM GFERYVPPQY NGRFDAKDID QIPGRVGWLT NMHATLVSQ ETLSSGSNGG GNSNDGERVT TNQGISGVDF YFLDEEGGSF KSTVVYDPYF FIACNDESRV NDVEELVKKY L ESCLKSLQ IIRKEDLTMD NHLLGLQKTL IKLSFVNSNQ LFEARKLLRP ILQDNANNNV QRNIYNVAAN GSEKVDAKHL IE DIREYDV PYHVRVSIDK DIRVGKWYKV TQQGFIEDTR KIAFADPVVM AFDIETTKPP LKFPDSAVDQ IMMISYMIDG EGF LITNRE IISEDIEDFE YTPKPEYPGF FTIFNENDEV ALLQRFFEHI RDVRPTVIST FNGDFFDWPF IHNRSKIHGL DMFD EIGFA PDAEGEYKSS YCSHMDCFRW VKRDSYLPQG SQGLKAVTQS KLGYNPIELD PELMTPYAFE KPQHLSEYSV SDAVA TYYL YMKYVHPFIF SLCTIIPLNP DETLRKGTGT LCEMLLMVQA YQHNILLPNK HTDPIERFYD GHLLESETYV GGHVES LEA GVFRSDLKNE FKIDPSAIDE LLQELPEALK FSVEVENKSS VDKVTNFEEI KNQITQKLLE LKENNIRNEL PLIYHVD VA SMYPNIMTTN RLQPDSIKAE RDCASCDFNR PGKTCARKLK WAWRGEFFPS KMDEYNMIKR ALQNETFPNK NKFSKKKV L TFDELSYADQ VIHIKKRLTE YSRKVYHRVK VSEIVEREAI VCQRENPFYV DTVKSFRDRR YEFKGLAKTW KGNLSKIDP SDKHARDEAK KMIVLYDSLQ LAHKVILNSF YGYVMRKGSR WYSMEMAGIT CLTGATIIQM ARALVERVGR PLELDTDGIW CILPKSFPE TYFFTLENGK KLYLSYPCSM LNYRVHQKFT NHQYQELKDP LNYIYETHSE NTIFFEVDGP YKAMILPSSK E EGKGIKKR YAVFNEDGSL AELKGFELKR RGELQLIKNF QSDIFKVFLE GDTLEGCYSA VASVCNRWLD VLDSHGLMLE DE DLVSLIC ENRSMSKTLK EYEGQKSTSI TTARRLGDFL GEDMVKDKGL QCKYIISSKP FNAPVTERAI PVAIFSADIP IKR SFLRRW TLDPSLEDLD IRTIIDWGYY RERLGSAIQK IITIPAALQG VSNPVPRVEH PDWLKRKIAT KEDKFKQTSL TKFF SKTKN VPTMGKIKDI EDLFEPTVEE DNAKIKIART TKKKAVSKRK RNQLTNEEDP LVLPSEIPSM DEDYVGWLNY QKIKW KIQA RDRKRRDQLF GNTNSSRERS ALGSMIRKQA ESYANSTWEV LQYKDSGEPG VLEVFVTING KVQNITFHIP KTIYMK FKS QTMPLQKIKN CLIEKSSASL PNNPKTSNPA GGQLFKITLP ESVFLEEKEN CTSIFNDENV LGVFEGTITP HQRAIMD LG ASVTFRSKAM GALGKGIQQG FEMKDLSMAE NERYLSGFSM DIGYLLHFPT SIGYEFFSLF KSWGDTITIL VLKPSNQA Q EINASSLGQI YKQMFEKKKG KIETYSYLVD IKEDINFEFV YFTDISKLYR RLSQETTKLK EERGLQFLLL LQSPFITKL LGTIRLLNQM PIVKLSLNEV LLPQLNWQPT LLKKLVNHVL SSGSWISHLI KLSQYSNIPI CNLRLDSMDY IIDVLYARKL KKENIVLWW NEKAPLPDHG GIQNDFDLNT SWIMNDSEFP KINNSGVYDN VVLDVGVDNL TVNTILTSAL INDAEGSDLV N NNMGIDDK DAVINSPSEF VHDAFSNDAL NVLRGMLKEW WDEALKENST ADLLVNSLAS WVQNPNAKLF DGLLRYHVHN LT KKALLQL VNEFSALGST IVYADRNQIL IKTNKYSPEN CYAYSQYMMK AVRTNPMFSY LDLNIKRYWD LLIWMDKFNF SGL ACIEIE EKENQDYTAV SQWQLKKFLS PIYQPEFEDW MMIILDSMLK TKQSYLKLNS GTQRPTQIVN VKKQDKEDSV ENSL NGFSH LFSKPLMKRV KKLFKNQQEF ILDPQYEADY VIPVLPGSHL NVKNPLLELV KSLCHVMLLS KSTILEIRTL RKELL KIFE LREFAKVAEF KDPSLSLVVP DFLCEYCFFI SDIDFCKAAP ESIFSCVRCH KAFNQVLLQE HLIQKLRSDI ESYLIQ DLR CSRCHKVKRD YMSAHCPCAG AWEGTLPRES IVQKLNVFKQ VAKYYGFDIL LSCIADLTI

+
分子 #7: DNA (53-MER)

分子名称: DNA (53-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (デオキシリボ核酸)
分子量理論値: 16.320634 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

+
分子 #8: DNA (53-MER)

分子名称: DNA (53-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (デオキシリボ核酸)
分子量理論値: 16.31162 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

+
分子 #16: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

+
分子 #17: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 14 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #19: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細four microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 2 min at room temperature before blotting with filter paper for 5.5 s and plunge-freezing in liquid ethane.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 65286 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 71348

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7qhs

詳細One additional base pair has been built to connect the DNA molecules from the two individual symmetry expanded monomers.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7z13:
S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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