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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14312 | |||||||||
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タイトル | phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 basolateral protein secretion / mitotic cleavage furrow ingression / AP-1 adaptor complex / trans-Golgi Network Vesicle Budding / endosome to melanosome transport / positive regulation of natural killer cell degranulation / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / regulation of receptor internalization / melanosome assembly ...basolateral protein secretion / mitotic cleavage furrow ingression / AP-1 adaptor complex / trans-Golgi Network Vesicle Budding / endosome to melanosome transport / positive regulation of natural killer cell degranulation / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / regulation of receptor internalization / melanosome assembly / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / STING complex / Golgi to lysosome transport / Intra-Golgi traffic / Golgi to vacuole transport / STAT6-mediated induction of chemokines / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / serine/threonine protein kinase complex / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / GTP-dependent protein binding / clathrin adaptor activity / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / MHC class II antigen presentation / melanosome organization / Nef Mediated CD4 Down-regulation / IRF3-mediated induction of type I IFN / cGAS/STING signaling pathway / dendritic spine organization / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / reticulophagy / determination of left/right symmetry / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / クラスリン / Lysosome Vesicle Biogenesis / pattern recognition receptor signaling pathway / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cell leading edge / autophagosome membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / antiviral innate immune response / kinesin binding / autophagosome assembly / positive regulation of macroautophagy / intracellular copper ion homeostasis / cellular response to organic cyclic compound / オートファゴソーム / protein targeting / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / COPI-mediated anterograde transport / クラスリン / vesicle-mediated transport / positive regulation of defense response to virus by host / MHC class II antigen presentation / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of innate immune response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / sarcomere / 低分子量GTPアーゼ / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / kidney development / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / ゴルジ体 / recycling endosome / cellular response to virus / small GTPase binding / ペルオキシソーム / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein complex oligomerization / heart development / positive regulation of protein binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / エンドソーム / エンドソーム / neuron projection / lysosomal membrane / protein domain specific binding / ゴルジ体 / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu P / Ablasser A | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Clathrin-associated AP-1 controls termination of STING signalling. 著者: Ying Liu / Pengbiao Xu / Sophie Rivara / Chong Liu / Jonathan Ricci / Xuefeng Ren / James H Hurley / Andrea Ablasser / 要旨: Stimulator of interferon genes (STING) functions downstream of cyclic GMP-AMP synthase in DNA sensing or as a direct receptor for bacterial cyclic dinucleotides and small molecules to activate ...Stimulator of interferon genes (STING) functions downstream of cyclic GMP-AMP synthase in DNA sensing or as a direct receptor for bacterial cyclic dinucleotides and small molecules to activate immunity during infection, cancer and immunotherapy. Precise regulation of STING is essential to ensure balanced immune responses and prevent detrimental autoinflammation. After activation, STING, a transmembrane protein, traffics from the endoplasmic reticulum to the Golgi, where its phosphorylation by the protein kinase TBK1 enables signal transduction. The mechanism that ends STING signalling at the Golgi remains unknown. Here we show that adaptor protein complex 1 (AP-1) controls the termination of STING-dependent immune activation. We find that AP-1 sorts phosphorylated STING into clathrin-coated transport vesicles for delivery to the endolysosomal system, where STING is degraded. We identify a highly conserved dileucine motif in the cytosolic C-terminal tail (CTT) of STING that, together with TBK1-dependent CTT phosphorylation, dictates the AP-1 engagement of STING. A cryo-electron microscopy structure of AP-1 in complex with phosphorylated STING explains the enhanced recognition of TBK1-activated STING. We show that suppression of AP-1 exacerbates STING-induced immune responses. Our results reveal a structural mechanism of negative regulation of STING and establish that the initiation of signalling is inextricably associated with its termination to enable transient activation of immunity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14312.map.gz | 51.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14312-v30.xml emd-14312.xml | 22.6 KB 22.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14312_fsc.xml | 9.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14312.png | 119.2 KB | ||
その他 | emd_14312_half_map_1.map.gz emd_14312_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14312 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14312 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7r4hMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14312.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14312_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14312_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : phospho-STING binding to adaptor protein complex-1
全体 | 名称: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 |
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要素 |
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-超分子 #1: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1
超分子 | 名称: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-分子 #1: AP-1 complex subunit beta-1
分子 | 名称: AP-1 complex subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 66.008422 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTDSKYFTTT KKGEIFELKA ELNSDKKEKK KEAVKKVIAS MTVGKDVSAL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN TFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQLVEDQ G FLDTLKDL ...文字列: MTDSKYFTTT KKGEIFELKA ELNSDKKEKK KEAVKKVIAS MTVGKDVSAL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN TFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQLVEDQ G FLDTLKDL ISDSNPMVVA NAVAALSEIA ESHPSSNLLD LNPQSINKLL TALNECTEWG QIFILDCLAN YMPKDDREAQ SI CERVTPR LSHANSAVVL SAVKVLMKFM EMLSKDLDYY GTLLKKLAPP LVTLLSAEPE LQYVALRNIN LIVQKRPEIL KHE MKVFFV KYNDPIYVKL EKLDIMIRLA SQANIAQVLA ELREYATEVD VDFVRKAVRA IGRCAIKVEQ SAERCVSTLL DLIQ TKVNY VVQEAIVVIK DIFRKYPNKY ESVIATLCEN LDSLDEPEAR AAMIWIVGEY AERIDNADEL LESFLEGFHD KSTQV QLQL LTAIVKLFLK KPTETQELVQ QVLSLATQDS DNPDLRDRGY IYWRLLSTDP VAAKEVVLAE KPLISEETDL IEPTLL DEL ICYIGTLASV YHKPPSAFVE G |
-分子 #2: ADP-ribosylation factor 1
分子 | 名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 18.9366 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: EMRILMVGLD AAGKTTILYK LKLGEIVTTI PTIGFNVETV EYKNISFTVW DVGGLDKIRP LWRHYFQNTQ GLIFVVDSND RERVNEARE ELMRMLAEDE LRDAVLLVFA NKQDLPNAMN AAEITDKLGL HSLRHRNWYI QATCATSGDG LYEGLDWLSN Q LRNQK |
-分子 #3: AP-1 complex subunit gamma-1
分子 | 名称: AP-1 complex subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 67.399242 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPAPIRLREL IRTIRTARTQ AEEREMIQKE CAAIRSSFRE EDNTYRCRNV AKLLYMHMLG YPAHFGQLEC LKLIASQKFT DKRIGYLGA MLLLDERQDV HLLMTNCIKN DLNHSTQFVQ GLALCTLGCM GSSEMCRDLA GEVEKLLKTS NSYLRKKAAL C AVHVIRKV ...文字列: MPAPIRLREL IRTIRTARTQ AEEREMIQKE CAAIRSSFRE EDNTYRCRNV AKLLYMHMLG YPAHFGQLEC LKLIASQKFT DKRIGYLGA MLLLDERQDV HLLMTNCIKN DLNHSTQFVQ GLALCTLGCM GSSEMCRDLA GEVEKLLKTS NSYLRKKAAL C AVHVIRKV PELMEMFLPA TKNLLNEKNH GVLHTSVVLL TEMCERSPDM LAHFRKLVPQ LVRILKNLIM SGYSPEHDVS GI SDPFLQV RILRLLRILG RNDDDSSEAM NDILAQVATN TETSKNVGNA ILYETVLTIM DIKSESGLRV LAINILGRFL LNN DKNIRY VALTSLLKTV QTDHNAVQRH RSTIVDCLKD LDVSIKRRAM ELSFALVNGN NIRGMMKELL YFLDSCEPEF KADC ASGIF LAAEKYAPSK RWHIDTIMRV LTTAGSYVRD DAVPNLIQLI TNSVEMHAYT VQRLYKAILG DYSQQPLVQV AAWCI GEYG DLLVSGQCEE EEPIQVTEDE VLDILESVLI SNMSTSVTRG YALTAIMKLS TRFTCTVNRI KKVVSIYGSS IDVELQ QRA VEYNALFKKY DHMRSALLER MPVMEKVTTN GP |
-分子 #4: Stimulator of interferon genes protein
分子 | 名称: Stimulator of interferon genes protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: phospho-STING tail / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.065068 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: QEPELLI(SEP)G |
-分子 #5: AP-1 complex subunit mu-1
分子 | 名称: AP-1 complex subunit mu-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 48.60673 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSASAVYVLD LKGKVLICRN YRGDVDMSEV EHFMPILMEK EEEGMLSPIL AHGGVRFMWI KHNNLYLVAT SKKNACVSLV FSFLYKVVQ VFSEYFKELE EESIRDNFVI IYELLDELMD FGYPQTTDSK ILQEYITQEG HKLETGAPRP PATVTNAVSW R SEGIKYRK ...文字列: MSASAVYVLD LKGKVLICRN YRGDVDMSEV EHFMPILMEK EEEGMLSPIL AHGGVRFMWI KHNNLYLVAT SKKNACVSLV FSFLYKVVQ VFSEYFKELE EESIRDNFVI IYELLDELMD FGYPQTTDSK ILQEYITQEG HKLETGAPRP PATVTNAVSW R SEGIKYRK NEVFLDVIEA VNLLVSANGN VLRSEIVGSI KMRVFLSGMP ELRLGLNDKV LFDNTGRGKS KSVELEDVKF HQ CVRLSRF ENDRTISFIP PDGEFELMSY RLNTHVKPLI WIESVIEKHS HSRIEYMVKA KSQFKRRSTA NNVEIHIPVP NDA DSPKFK TTVGSVKWVP ENSEIVWSVK SFPGGKEYLM RAHFGLPSVE AEDKEGKPPI SVKFEIPYFT TSGIQVRYLK IIEK SGYQA LPWVRYITQN GDYQLRTQ |
-分子 #6: AP-1 complex subunit sigma-3
分子 | 名称: AP-1 complex subunit sigma-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 18.321338 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIHFILLFSR QGKLRLQKWY ITLPDKERKK ITREIVQIIL SRGHRTSSFV DWKELKLVYK RYASLYFCCA IENQDNELLT LEIVHRYVE LLDKYFGNVC ELDIIFNFEK AYFILDEFII GGEIQETSKK IAVKAIEDSD MLQEVSTVCQ TMGER |
-分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #8: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: PBS buffer | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |