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- EMDB-13878: Cryo-electron tomogram from a cryo-FIB lift-out lamella of Drosop... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13878
タイトルCryo-electron tomogram from a cryo-FIB lift-out lamella of Drosophila melanogaster egg chambers
マップデータTomogram from cryo-lift-out of D. melanogaster egg chambers
試料
  • 組織: D. melanogaster
キーワードcyro-FIB / cryo-electron tomography / D. melanogaster / Golgi apparatus / RIBOSOME
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Klumpe S / Fung HKH / Goetz SK / Plitzko JM / Mahamid J
資金援助European Union, 3件
OrganizationGrant number国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726European Union
European Research Council (ERC)760067European Union
European Union (EU)871037European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A modular platform for automated cryo-FIB workflows.
著者: Sven Klumpe / Herman Kh Fung / Sara K Goetz / Ievgeniia Zagoriy / Bernhard Hampoelz / Xiaojie Zhang / Philipp S Erdmann / Janina Baumbach / Christoph W Müller / Martin Beck / Jürgen M Plitzko / Julia Mahamid /
要旨: Lamella micromachining by focused ion beam milling at cryogenic temperature (cryo-FIB) has matured into a preparation method widely used for cellular cryo-electron tomography. Due to the limited ...Lamella micromachining by focused ion beam milling at cryogenic temperature (cryo-FIB) has matured into a preparation method widely used for cellular cryo-electron tomography. Due to the limited ablation rates of low Ga ion beam currents required to maintain the structural integrity of vitreous specimens, common preparation protocols are time-consuming and labor intensive. The improved stability of new-generation cryo-FIB instruments now enables automated operations. Here, we present an open-source software tool, SerialFIB, for creating automated and customizable cryo-FIB preparation protocols. The software encompasses a graphical user interface for easy execution of routine lamellae preparations, a scripting module compatible with available Python packages, and interfaces with three-dimensional correlative light and electron microscopy (CLEM) tools. SerialFIB enables the streamlining of advanced cryo-FIB protocols such as multi-modal imaging, CLEM-guided lamella preparation and in situ lamella lift-out procedures. Our software therefore provides a foundation for further development of advanced cryogenic imaging and sample preparation protocols.
履歴
登録2021年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月19日-
マップ公開2022年1月19日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_13878.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13878.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 768.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram from cryo-lift-out of D. melanogaster egg chambers
ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.08 Å
密度
最小 - 最大-69.493645000000001 - 88.434139999999999
平均 (標準偏差)1.2848316 (±7.7204328)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin928928117
サイズ928928234
Spacing928928234
セルA: 13066.24 Å / B: 13066.24 Å / C: 3294.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z14.0814.0814.08
M x/y/z928928234
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13066.24013066.2403294.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS928928117
NC/NR/NS928928234
D min/max/mean-69.49488.4341.285

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : D. melanogaster

全体名称: D. melanogaster
要素
  • 組織: D. melanogaster

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超分子 #1: D. melanogaster

超分子名称: D. melanogaster / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Tomogram from cryo-FIB lift-out lamella performed on a D. melanogaster egg chamber
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株: w[*]; P{w[+mC]=sqh-mCherry.M}3 (Flybase ID: FBst0059024)
組織: Egg Chamber

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN / 詳細: Leica EM Ice.
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: 20% ficol in Schneider's medium. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is EM Ice. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT', 'BAL-TEC HPM ...詳細: 20% ficol in Schneider's medium. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is EM Ice. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT', 'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM PACT2', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectantFicol
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 1 / 集束イオンビーム - 時間: 60 / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: Cryo-FIB Lift-Out method Various milling steps. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos. This is not in a list of allowed values ...集束イオンビーム - 詳細: Cryo-FIB Lift-Out method Various milling steps. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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