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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13793 | |||||||||
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タイトル | Human 17S U2 snRNP 5' domain core | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 U11/U12 snRNP / chromatin-protein adaptor activity / B-WICH complex / protein localization to site of double-strand break / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome ...U11/U12 snRNP / chromatin-protein adaptor activity / B-WICH complex / protein localization to site of double-strand break / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / : / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / SAGA complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / カハール体 / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / 細胞分化 / double-strand break repair via homologous recombination / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / 転写後修飾 / 核小体 / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / site of double-strand break / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / クロマチンリモデリング / mRNA binding / protein-containing complex binding / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å | |||||||||
データ登録者 | Tholen J / Galej WP | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural basis of branch site recognition by the human spliceosome. 著者: Jonas Tholen / Michal Razew / Felix Weis / Wojciech P Galej / 要旨: Recognition of the intron branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is a critical event during spliceosome assembly. In mammals, BS sequences are poorly conserved, and ...Recognition of the intron branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is a critical event during spliceosome assembly. In mammals, BS sequences are poorly conserved, and unambiguous intron recognition cannot be achieved solely through a base-pairing mechanism. We isolated human 17 U2 snRNP and reconstituted in vitro its adenosine 5´-triphosphate (ATP)–dependent remodeling and binding to the pre–messenger RNA substrate. We determined a series of high-resolution (2.0 to 2.2 angstrom) structures providing snapshots of the BS selection process. The substrate-bound U2 snRNP shows that SF3B6 stabilizes the BS:U2 snRNA duplex, which could aid binding of introns with poor sequence complementarity. ATP-dependent remodeling uncoupled from substrate binding captures U2 snRNA in a conformation that competes with BS recognition, providing a selection mechanism based on branch helix stability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13793.map.gz | 693.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13793-v30.xml emd-13793.xml | 33.9 KB 33.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13793_fsc.xml | 21.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13793.png | 115.7 KB | ||
マスクデータ | emd_13793_msk_1.map | 1000 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_13793_half_map_1.map.gz emd_13793_half_map_2.map.gz | 694.7 MB 694.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13793 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q3lMC 7q4oC 7q4pC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.64 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13793_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13793_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13793_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 17S U2 snRNP
+超分子 #1: 17S U2 snRNP
+超分子 #2: 17S U2 snRNP
+超分子 #3: HIV Tat-specific factor 1
+分子 #1: Splicing factor 3B subunit 2
+分子 #2: Splicing factor 3B subunit 3
+分子 #3: Splicing factor 3B subunit 5
+分子 #4: PHD finger-like domain-containing protein 5A
+分子 #6: Splicing factor 3A subunit 3
+分子 #7: HIV Tat-specific factor 1
+分子 #8: Splicing factor 3B subunit 1
+分子 #9: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX46
+分子 #5: U2 snRNA
+分子 #10: ZINC ION
+分子 #11: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
詳細: Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 15531 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 53.45 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||
得られたモデル | PDB-7q3l: |