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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1309 | |||||||||
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タイトル | Human kinetochore-associated kinesin CENP-E visualized at 17 A resolution bound to microtubules. | |||||||||
マップデータ | Kinetochore-associated kinesin CENP-E motors bound to microtubules | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Neumann E / Garcia-Saez I / DeBonis S / Wade RH / Kozielski F / Conway JF | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006 タイトル: Human kinetochore-associated kinesin CENP-E visualized at 17 A resolution bound to microtubules. 著者: E Neumann / I Garcia-Saez / S DeBonis / R H Wade / F Kozielski / J F Conway / 要旨: The highly dynamic process of cell division is effected, in part, by molecular motors that generate the forces necessary for its enactment. Several members of the kinesin superfamily of motor ...The highly dynamic process of cell division is effected, in part, by molecular motors that generate the forces necessary for its enactment. Several members of the kinesin superfamily of motor proteins are implicated in mitosis, such as CENP-E, which plays essential roles in cell division, including association with the kinetochore to stabilize attachment of chromosomes to microtubules prior to and during their separation. Neither the functional assembly state of CENP-E nor its direction of motion along the polar microtubule are certain. To determine the mode of interaction between CENP-E and microtubules, we have used cryo-electron microscopy to visualize CENP-E motor domains complexed with microtubules and calculated a density map of the complex to 17 A resolution by combining helical and single-particle reconstruction methods. The interface between the motor domain and microtubules was modeled by docking atomic-resolution models of the subunits into the cryoEM density map. Our results support a plus end motion for CENP-E, consistent with features of the crystallographic structure. Despite considerable functional differences from the monomeric transporter kinesin KIF1A and the oppositely directed ncd kinesin, CENP-E appears to share many features of the intermolecular interactions, suggesting that differences in motor function are governed by small variations in the loops at the microtubule interface. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1309.map.gz | 1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1309-v30.xml emd-1309.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1309.gif | 54.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1309 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Kinetochore-associated kinesin CENP-E motors bound to microtubules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.56 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human Kinetochore-associated Kinesin CENP-E bound to Microtubules
全体 | 名称: Human Kinetochore-associated Kinesin CENP-E bound to Microtubules |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human Kinetochore-associated Kinesin CENP-E bound to Microtubules
超分子 | 名称: Human Kinetochore-associated Kinesin CENP-E bound to Microtubules タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One CENP-E motor domain binds to a tubulin heterodimer Number unique components: 2 |
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-分子 #1: Polymerized Tubulin
分子 | 名称: Polymerized Tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Microtubules / 詳細: cat. no. TL238, Cytoskeleton Inc, Denver CO, USA / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cattle / 組織: Brain |
-分子 #2: Human kinetochore-associated kinesin CENP-E motors
分子 | 名称: Human kinetochore-associated kinesin CENP-E motors / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Mitotic Kinesins / 詳細: Monomeric Form / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 詳細: 20 mM sodium phosphate, 50 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA |
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グリッド | 詳細: Holey carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: Vitrification carried out in nitrogen atmosphere / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200T |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39325 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 21 / ビット/ピクセル: 8 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFMIX |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC and Spider |
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: Situs, URO |
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詳細 | The cryoEM map and the atomic structures of CENP-E and the tubulin dimer were visualized together using the program "O". An initial manual fit was straightforward, and subsequently refined using CoLoRes from the SITUS package, and URO. |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |