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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12851 | ||||||||||||
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タイトル | State D0'' of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate | ||||||||||||
マップデータ | state D0'' | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA modification in the mitochondrion / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / rRNA import into mitochondrion ...rRNA modification in the mitochondrion / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / rRNA import into mitochondrion / rRNA methyltransferase activity / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial ribosome assembly / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit binding / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial fission / camera-type eye development / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial small ribosomal subunit / rRNA methylation / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / acyl binding / anatomical structure morphogenesis / Complex I biogenesis / acyl carrier activity / Respiratory electron transport / RNA processing / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / rescue of stalled ribosome / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / : / ribosomal large subunit biogenesis / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / methyltransferase activity / Mitochondrial protein degradation / fatty acid binding / mitochondrial membrane / aerobic respiration / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / rRNA processing / cell junction / double-stranded RNA binding / double-stranded DNA binding / heart development / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / mitochondrial inner membrane / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / mRNA binding / nucleotide binding / synapse / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lenarcic T / Jaskolowski M / Leibundgut M / Scaiola A / Schoenhut T / Saurer M / Lee RG / Rackham O / Filipovska A / Ban N | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Stepwise maturation of the peptidyl transferase region of human mitoribosomes. 著者: Tea Lenarčič / Mateusz Jaskolowski / Marc Leibundgut / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Martin Saurer / Richard G Lee / Oliver Rackham / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban / 要旨: Mitochondrial ribosomes are specialized for the synthesis of membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. Mammalian mitoribosomes have diverged considerably from the ancestral ...Mitochondrial ribosomes are specialized for the synthesis of membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. Mammalian mitoribosomes have diverged considerably from the ancestral bacterial ribosomes and feature dramatically reduced ribosomal RNAs. The structural basis of the mammalian mitochondrial ribosome assembly is currently not well understood. Here we present eight distinct assembly intermediates of the human large mitoribosomal subunit involving seven assembly factors. We discover that the NSUN4-MTERF4 dimer plays a critical role in the process by stabilizing the 16S rRNA in a conformation that exposes the functionally important regions of rRNA for modification by the MRM2 methyltransferase and quality control interactions with the conserved mitochondrial GTPase MTG2 that contacts the sarcin-ricin loop and the immature active site. The successive action of these factors leads to the formation of the peptidyl transferase active site of the mitoribosome and the folding of the surrounding rRNA regions responsible for interactions with tRNAs and the small ribosomal subunit. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12851.map.gz | 324.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12851-v30.xml emd-12851.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12851.png | 99.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12851 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12851_validation.pdf.gz | 274.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12851_full_validation.pdf.gz | 273.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12851_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12851_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12851 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | state D0'' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : State D0'' of the human mitoribosomal large subunit assembly inte...
全体 | 名称: State D0'' of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate |
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要素 |
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-超分子 #1: State D0'' of the human mitoribosomal large subunit assembly inte...
超分子 | 名称: State D0'' of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK 293 EBNA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 32871 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |