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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1232 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Sec13-31 COPII coat cage. | |||||||||
マップデータ | This is a 30 angstrom resolution map of the self-assembing Sec13/31 cage. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | COPII vesicle coat / intracellular protein transport / WD40リピート 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Stagg SM / Gurkan C / Fowler DM / LaPointe P / Foss TR / Potter CS / Carragher B / Balch WE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2006 タイトル: Structure of the Sec13/31 COPII coat cage. 著者: Scott M Stagg / Cemal Gürkan / Douglas M Fowler / Paul LaPointe / Ted R Foss / Clinton S Potter / Bridget Carragher / William E Balch / 要旨: Endomembranes of eukaryotic cells are dynamic structures that are in continuous communication through the activity of specialized cellular machineries, such as the coat protein complex II (COPII), ...Endomembranes of eukaryotic cells are dynamic structures that are in continuous communication through the activity of specialized cellular machineries, such as the coat protein complex II (COPII), which mediates cargo export from the endoplasmic reticulum (ER). COPII consists of the Sar1 GTPase, Sec23 and Sec24 (Sec23/24), where Sec23 is a Sar1-specific GTPase-activating protein and Sec24 functions in cargo selection, and Sec13 and Sec31 (Sec13/31), which has a structural role. Whereas recent results have shown that Sec23/24 and Sec13/31 can self-assemble to form COPII cage-like particles, we now show that Sec13/31 can self-assemble to form minimal cages in the absence of Sec23/24. We present a three-dimensional reconstruction of these Sec13/31 cages at 30 A resolution using cryo-electron microscopy and single particle analysis. These results reveal a novel cuboctahedron geometry with the potential to form a flexible lattice and to generate a diverse range of containers. Our data are consistent with a model for COPII coat complex assembly in which Sec23/24 has a non-structural role as a multivalent ligand localizing the self-assembly of Sec13/31 to form a cage lattice driving ER cargo export. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1232.map.gz | 21 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1232-v30.xml emd-1232.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1232.gif EMD-1232.png | 13.2 KB 137.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1232 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a 30 angstrom resolution map of the self-assembing Sec13/31 cage. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.526 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Oligomeric assembly of Sec13-31
全体 | 名称: Oligomeric assembly of Sec13-31 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Oligomeric assembly of Sec13-31
超分子 | 名称: Oligomeric assembly of Sec13-31 / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: 24-mer of Sec13-31 heterotetramers forming a cuboctahedron Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 8.14 MDa |
-分子 #1: Sec13
分子 | 名称: Sec13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Sec13 / 詳細: SEC13R / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 実験値: 33 MDa / 理論値: 33 MDa |
組換発現 | 生物種: Baculovirus infected Tn5 insect cells (バキュロウイルス科) 組換プラスミド: pFastBac |
配列 | GO: intracellular protein transport / InterPro: WD40リピート |
-分子 #2: Sec31
分子 | 名称: Sec31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Sec31 / 詳細: SEC31L1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 実験値: 139 MDa / 理論値: 139 MDa |
組換発現 | 生物種: Baculovirus infected Tn5 insect cells (バキュロウイルス科) 組換プラスミド: pFastBac |
配列 | GO: COPII vesicle coat / InterPro: WD40リピート |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: 50mM MES pH 6.5, 225mM KOAc, 1mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: Quantifoil 2/2, 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot. Grid plasma cleaned for 30s with Fischione 1020 plasma cleaner using 75-25 Argon-Oxygen mix. 手法: Temperature of chamber was 4 degrees C. 0 seconds drain time. Single blot. 0 mm offset. 4 ul sample applied to grid. Blot for 3.0 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder. 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 94 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 50,000X magnification |
日付 | 2005年2月2日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase correction for each particle. |
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最終 2次元分類 | クラス数: 92 |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 9777 |
詳細 | The images were acquired using the Leginon automated data aquisition system. The particles were automatically selected using the Selexon package. The CTF was automatically estimated using the ACE package |