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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11780 | |||||||||
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タイトル | Apo-state type 3 secretion system export apparatus complex from Salmonella enterica typhimurium | |||||||||
マップデータ | Postprocess Bfactor: -30 | |||||||||
試料 |
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キーワード | T3SS / Export Apparatus / Injectisome / Needle Complex / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / protein transport / 細胞膜 / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) / Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Marlovits T | |||||||||
資金援助 | オーストリア, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Substrate-engaged type III secretion system structures reveal gating mechanism for unfolded protein translocation. 著者: Sean Miletic / Dirk Fahrenkamp / Nikolaus Goessweiner-Mohr / Jiri Wald / Maurice Pantel / Oliver Vesper / Vadim Kotov / Thomas C Marlovits / 要旨: Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome ...Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome is the needle complex which assembles a continuous conduit crossing the bacterial envelope and the host cell membrane to mediate effector protein translocation. However, the molecular principles underlying type III secretion remain elusive. Here, we report a structure of an active Salmonella enterica serovar Typhimurium needle complex engaged with the effector protein SptP in two functional states, revealing the complete 800Å-long secretion conduit and unraveling the critical role of the export apparatus (EA) subcomplex in type III secretion. Unfolded substrates enter the EA through a hydrophilic constriction formed by SpaQ proteins, which enables side chain-independent substrate transport. Above, a methionine gasket formed by SpaP proteins functions as a gate that dilates to accommodate substrates while preventing leaky pore formation. Following gate penetration, a moveable SpaR loop first folds up to then support substrate transport. Together, these findings establish the molecular basis for substrate translocation through T3SSs and improve our understanding of bacterial pathogenicity and motility. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11780.map.gz | 283.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11780-v30.xml emd-11780.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11780_fsc.xml | 15.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11780.png | 50.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11780.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_11780_additional_1.map.gz emd_11780_half_map_1.map.gz emd_11780_half_map_2.map.gz | 244.1 MB 245.5 MB 245.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11780 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11780 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocess Bfactor: -30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Refine3D
ファイル | emd_11780_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11780_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11780_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Export apparatus core complex with inner rod and needle filament ...
全体 | 名称: Export apparatus core complex with inner rod and needle filament proteins PrgJ and PrgI. |
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要素 |
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-超分子 #1: Export apparatus core complex with inner rod and needle filament ...
超分子 | 名称: Export apparatus core complex with inner rod and needle filament proteins PrgJ and PrgI. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Apo-state |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 細胞中の位置: Membrane |
分子量 | 理論値: 336 KDa |
-分子 #1: Surface presentation of antigens protein SpaP
分子 | 名称: Surface presentation of antigens protein SpaP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 25.249596 KDa |
配列 | 文字列: MGNDISLIAL LAFSTLLPFI IASGTCFVKF SIVFVMVRNA LGLQQIPSNM TLNGVALLLS MFVMWPIMHD AYVYFEDEDV TFNDISSLS KHVDEGLDGY RDYLIKYSDR ELVQFFENAQ LKRQYGEETE TVKRDKDEIE KPSIFALLPA YALSEIKSAF K IGFYLYLP ...文字列: MGNDISLIAL LAFSTLLPFI IASGTCFVKF SIVFVMVRNA LGLQQIPSNM TLNGVALLLS MFVMWPIMHD AYVYFEDEDV TFNDISSLS KHVDEGLDGY RDYLIKYSDR ELVQFFENAQ LKRQYGEETE TVKRDKDEIE KPSIFALLPA YALSEIKSAF K IGFYLYLP FVVVDLVVSS VLLALGMMMM SPVTISTPIK LVLFVALDGW TLLSKGLILQ YMDIAT UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaP |
-分子 #2: Surface presentation of antigens protein SpaR
分子 | 名称: Surface presentation of antigens protein SpaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 28.499533 KDa |
配列 | 文字列: MFYALYFEIH HLVASAALGF ARVAPIFFFL PFLNSGVLSG APRNAIIILV ALGVWPHALN EAPPFLSVAM IPLVLQEAAV GVMLGCLLS WPFWVMHALG CIIDNQRGAT LSSSIDPANG IDTSEMANFL NMFAAVVYLQ NGGLVTMVDV LNKSYQLCDP M NECTPSLP ...文字列: MFYALYFEIH HLVASAALGF ARVAPIFFFL PFLNSGVLSG APRNAIIILV ALGVWPHALN EAPPFLSVAM IPLVLQEAAV GVMLGCLLS WPFWVMHALG CIIDNQRGAT LSSSIDPANG IDTSEMANFL NMFAAVVYLQ NGGLVTMVDV LNKSYQLCDP M NECTPSLP PLLTFINQVA QNALVLASPV VLVLLLSEVF LGLLSRFAPQ MNAFAISLTV KSGIAVLIML LYFSPVLPDN VL RLSFQAT GLSSWFYERG ATHVLE UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaR |
-分子 #3: Surface presentation of antigens protein SpaQ
分子 | 名称: Surface presentation of antigens protein SpaQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 9.363229 KDa |
配列 | 文字列: MDDLVFAGNK ALYLVLILSG WPTIVATIIG LLVGLFQTVT QLQEQTLPFG IKLLGVCLCL FLLSGWYGEV LLSYGRQVIF LALAKG UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaQ |
-分子 #4: Protein PrgJ
分子 | 名称: Protein PrgJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 10.934425 KDa |
配列 | 文字列: MSIATIVPEN AVIGQAVNIR SMETDIVSLD DRLLQAFSGS AIATAVDKQT ITNRIEDPNL VTDPKELAIS QEMISDYNLY VSMVSTLTR KGVGAVETLL RS UniProtKB: Protein PrgJ |
-分子 #5: Protein PrgI
分子 | 名称: Protein PrgI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 8.864868 KDa |
配列 | 文字列: MATPWSGYLD DVSAKFDTGV DNLQTQVTEA LDKLAAKPSD PALLAAYQSK LSEYNLYRNA QSNTVKVFKD IDAAIIQNFR UniProtKB: SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 31.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7agx: |