+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11107 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Masked cryo-EM map of La Crosse virus polymerase zinc-binding domain and mid domain | |||||||||
マップデータ | Masked cryo-EM map of La Crosse virus polymerase zinc-binding domain and mid domain | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | |||||||||
データ登録者 | Arragain B / Effantin G / Schoehn G / Cusack S / Malet H | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Pre-initiation and elongation structures of full-length La Crosse virus polymerase reveal functionally important conformational changes. 著者: Benoît Arragain / Grégory Effantin / Piotr Gerlach / Juan Reguera / Guy Schoehn / Stephen Cusack / Hélène Malet / 要旨: Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and ...Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and transcription of the RNA genome constitute essential processes performed by the virally encoded multi-domain RNA-dependent RNA polymerase. Here, we describe the complete high-resolution cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase. It reveals the presence of key protruding C-terminal domains, notably the cap-binding domain, which undergoes large movements related to its role in transcription initiation, and a zinc-binding domain that displays a fold not previously observed. We capture the polymerase structure at pre-initiation and elongation states, uncovering the coordinated movement of the priming loop, mid-thumb ring linker and lid domain required for the establishment of a ten-base-pair template-product RNA duplex before strand separation into respective exit tunnels. These structural details and the observed dynamics of key functional elements will be instrumental for structure-based development of polymerase inhibitors. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11107.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-11107-v30.xml emd-11107.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11107_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11107.png | 143.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11107 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11107 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11107.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Masked cryo-EM map of La Crosse virus polymerase zinc-binding domain and mid domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : La Crosse virus polymerase mid domain and zinc-binding domain
全体 | 名称: La Crosse virus polymerase mid domain and zinc-binding domain |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: La Crosse virus polymerase mid domain and zinc-binding domain
超分子 | 名称: La Crosse virus polymerase mid domain and zinc-binding domain タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Masked cryo-EM map of La Crosse virus full-length polymerase, displaying only the mid domain and the zinc-binding domain. Masking, 3D classification and refinement enable to obtain a ...詳細: Masked cryo-EM map of La Crosse virus full-length polymerase, displaying only the mid domain and the zinc-binding domain. Masking, 3D classification and refinement enable to obtain a structure of the zinc-binding domain. |
---|---|
分子量 | 理論値: 265 KDa |
-分子 #1: La Crosse virus polymerase (expression and purification: full len...
分子 | 名称: La Crosse virus polymerase (expression and purification: full length polymerase, masked map: zinc-binding domain and mid domain only) タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: La Crosse virus polymerase expression and purification: full length polymerase with an uncleaved N-terminal His-tag masked map: zinc-binding domain and mid domain only (residues 1752-1841 and 1978-2263) 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ |
---|---|
由来(天然) | 生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDYQEYQQ FLARINTARD ACVAKDIDVD LLMARHDYFG RELCKSLNIE YRNDVPFIDI ILDIRPEVDP LTIDAPHITP DNYLYINNVL YIIDYKVSVS NESSVITYDK YYELTRDISD RLSIPIEIVI IRIDPVSRDL HINSDRFKEL ...文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDYQEYQQ FLARINTARD ACVAKDIDVD LLMARHDYFG RELCKSLNIE YRNDVPFIDI ILDIRPEVDP LTIDAPHITP DNYLYINNVL YIIDYKVSVS NESSVITYDK YYELTRDISD RLSIPIEIVI IRIDPVSRDL HINSDRFKEL YPTIVVDINF NQFFDLKQLL YEKFGDDEEF LLKVAHGDFT LTAPWCKTGC PEFWKHPIYK EFKMSMPVPE RRLFEESVKF NAYESERWNT NLVKIREYTK KDYSEHISKS AKNIFLASGF YKQPNKNEIS EGWTLMVERV QDQREISKSL HDQKPSIHFI WGAHNPGNSN NATFKLILLS KSLQSIKGIS TYTEAFKSLG KMMDIGDKAI EYEEFCMSLK SKARSSWKQI MNKKLEPKQI NNALVLWEQQ FMINNDLIDK SEKLKLFKNF CGIGKHKQFK NKMLEDLEVS KPKILDFDDA NMYLASLTMM EQSKKILSKS NGLKPDNFIL NEFGSRIKDA NKETYDNMHK IFETGYWQCI SDFSTLMKNI LSVSQYNRHN TFRIAMCANN NVFAIVFPSA DIKTKKATVV YSIIVLHKEE ENIFNPGCLH GTFKCMNGYI SISRAIRLDK ERCQRIVSSP GLFLTTCLLF KHDNPTLVMS DIMNFSIYTS LSITKSVLSL TEPARYMIMN SLAISSNVKD YIAEKFSPYT KTLFSVYMTR LIKNACFDAY DQRQRVQLRD IYLSDYDITQ KGIKDNRELT SIWFPGSVTL KEYLTQIYLP FYFNAKGLHE KHHVMVDLAK TILEIECEQR ENIKEIWSTN CTKQTVNLKI LIHSLCKNLL ADTSRHNHLR NRIENRNNFR RSITTISTFT SSKSCLKIGD FRKEKELQSV KQKKILEVQS RKMRLANPMF VTDEQVCLEV GHCNYEMLRN AMPNYTDYIS TKVFDRLYEL LDKKVLTDKP VIEQIMDMMI DHKKFYFTFF NKGQKTSKDR EIFVGEYEAK MCMYAVERIA KERCKLNPDE MISEPGDGKL KVLEQKSEQE IRFLVETTRQ KNREIDEAIE ALATEGYESN LGKIEKLSLG KAKGLKMEIN ADMSKWSAQD VFYKYFWLIA LDPILYPQEK ERILYFMCNY MDKELILPDE LLFNLLDQKV AYQNDIIATM TNQLNSNTVL IKRNWLQGNF NYTSSYVHSC AMSVYKEILK EAITLLDGSI LVNSLVHSDD NQTSITIVQD KMENDKIIDF AMKEFERACL TFGCQANMKK TYVTNCIKEF VSLFNLYGEP FSIYGRFLLT SVGDCAYIGP YEDLASRISS AQTAIKHGCP PSLAWVSIAI SHWMTSLTYN MLPGQSNDPI DYFPAENRKD IPIELNGVLD APLSMISTVG LESGNLYFLI KLLSKYTPVM QKRESVVNQI AEVKNWKVED LTDNEIFRLK ILRYLVLDAE MDPSDIMGET SDMRGRSILT PRKFTTAGSL RKLYSFSKYQ DRLSSPGGMV ELFTYLLEKP ELLVTKGEDM KDYMESVIFR YNSKRFKESL SIQNPAQLFI EQILFSHKPV IDFSGIRDKY INLHDSRALE KEPDILGKVT FTEAYRLLMR DLSSLELTND DIQVIYSYII LNDPMMITIA NTHILSIYGS PQRRMGMSCS TMPEFRNLKL IHHSPALVLR AYSKNNPDIQ GADPTEMARD LVHLKEFVEN TNLEEKMKVR IAMNEAEKGQ RDIVFELKEM TRFYQVCYEY VKSTEHKIKV FILPAKSYTT TDFCSLMQGN LIKDKEWYTV HYLKQILSGG HKAIMQHNAT SEQNIAFECF KLITHFADSF IDSLSRSAFL QLIIDEFSYK DVKVSKLYDI IKNGYNRTDF IPLLFRTGDL RQADLDKYDA MKSHERVTWN DWQTSRHLDM GSINLTITGY NRSITIIGED NKLTYAELCL TRKTPENITI SGRKLLGSRH GLKFENMSKI QTYPGNYYIT YRKKDRHQFV YQIHSHESIT RRNEEHMAIR TRIYNEITPV CVVNVAEVDG DQRILIRSLD YLNNDIFSLS RIKVGLDEFA TIKKAHFSKM VSFEGPPIKT GLLDLTELMK SQDLLNLNYD NIRNSNLISF SKLICCEGSD NINDGLEFLS DDPMNFTEGE AIHSTPIFNI YYSKRGERHM TYRNAIKLLI ERETKIFEEA FTFSENGFIS PENLGCLEAV VSLIKLLKTN EWSTVIDKCI HICLIKNGMD HMYHSFDVPK CFMGNPITRD INWVMFREFI NSLPGTDIPP WNVMTENFKK KCIALINSKF ETQRDFSEFT KLMKKEGGRS NIEFD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP | ||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 30 mA | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time: 2 sec, blot force: 1. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.8 µm / 倍率(公称値): 165000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 16498 / 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 84.74 / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation |
---|