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- EMDB-10304: CLEM of resin-embedded rtn1 yop1 deletion mutant yeast cell expre... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10304
タイトルCLEM of resin-embedded rtn1 yop1 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP, shown in Figure 3C of publication
マップデータCLEM of resin-embedded rtn1 yop1 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP, shown in Figure 3C of publication
試料
  • 細胞: Correlative FM and ET of resin-embedded scs2/22 ist2 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Hoffmann PC / Bharat TAM / Wozny MR / Boulanger J / Miller EA / Kukulski W
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/8 英国
Wellcome Trust202231/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/10 英国
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2019
タイトル: Tricalbins Contribute to Cellular Lipid Flux and Form Curved ER-PM Contacts that Are Bridged by Rod-Shaped Structures.
著者: Patrick C Hoffmann / Tanmay A M Bharat / Michael R Wozny / Jerome Boulanger / Elizabeth A Miller / Wanda Kukulski /
要旨: Lipid flow between cellular organelles occurs via membrane contact sites. Extended-synaptotagmins, known as tricalbins in yeast, mediate lipid transfer between the endoplasmic reticulum (ER) and ...Lipid flow between cellular organelles occurs via membrane contact sites. Extended-synaptotagmins, known as tricalbins in yeast, mediate lipid transfer between the endoplasmic reticulum (ER) and plasma membrane (PM). How these proteins regulate membrane architecture to transport lipids across the aqueous space between bilayers remains unknown. Using correlative microscopy, electron cryo-tomography, and high-throughput genetics, we address the interplay of architecture and function in budding yeast. We find that ER-PM contacts differ in protein composition and membrane morphology, not in intermembrane distance. In situ electron cryo-tomography reveals the molecular organization of tricalbin-mediated contacts, suggesting a structural framework for putative lipid transfer. Genetic analysis uncovers functional overlap with cellular lipid routes, such as maintenance of PM asymmetry. Further redundancies are suggested for individual tricalbin protein domains. We propose a modularity of molecular and structural functions of tricalbins and of their roles within the cellular network of lipid distribution pathways.
履歴
登録2019年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2019年12月4日-
現状2019年12月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_10304.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10304.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 800 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈CLEM of resin-embedded rtn1 yop1 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP, shown in Figure 3C of publication
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.02 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)52.153732 (±4.133982)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-114
サイズ20482048200
Spacing20482048200
セルA: 22568.96 Å / B: 22568.96 Å / C: 2204.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z11.02000048828111.02000048828111.02
M x/y/z20482048200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z22568.96122568.9612204.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ111-94150
NX/NY/NZ111123111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-114
NC/NR/NS20482048200
D min/max/mean-128.000127.00052.154

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Correlative FM and ET of resin-embedded scs2/22 ist2 deletion mut...

全体名称: Correlative FM and ET of resin-embedded scs2/22 ist2 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP
要素
  • 細胞: Correlative FM and ET of resin-embedded scs2/22 ist2 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP

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超分子 #1: Correlative FM and ET of resin-embedded scs2/22 ist2 deletion mut...

超分子名称: Correlative FM and ET of resin-embedded scs2/22 ist2 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NONE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: 0.03-0.05 % uranyl acetate during freeze substitution and post-staining of sections with Reynold's lead citrate
糖包埋材質: Lowicryl HM20
凍結凍結剤: NITROGEN
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM HPM100. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM HPM100. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Reichert Ultracut E
ウルトラミクロトーム - 温度: 298 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 270 nm
位置合わせマーカー
Manufacturer直径
Electron Microscopy Sciences15 nm
Life Technologies50 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
詳細STEM mode on an axial brightfield detector with a high-tilt tomography holder (Fischione Instruments, Model 2020)
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 1000.0 e/Å2
詳細: ET was done in STEM mode on an axial brightfield detector with a high-tilt tomography holder at 1.102 nm pixel size with a camera length of 200 mm. [NOTE: Electron dose unknown. Value specified here is a dummy]
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: eTomo
最終 再構成ソフトウェア - 名称: eTomo / 詳細: 218 tilted images from two axes / 使用した粒子像数: 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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