+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10141 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of human thyroglobulin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hormone biosynthetic process / iodide transport / thyroid hormone generation / regulation of myelination / thyroid gland development / hormone activity / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Coscia F / Turk D / Lowe J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: The structure of human thyroglobulin. 著者: Francesca Coscia / Ajda Taler-Verčič / Veronica T Chang / Ludwig Sinn / Francis J O'Reilly / Thierry Izoré / Miha Renko / Imre Berger / Juri Rappsilber / Dušan Turk / Jan Löwe / 要旨: Thyroglobulin (TG) is the protein precursor of thyroid hormones, which are essential for growth, development and the control of metabolism in vertebrates. Hormone synthesis from TG occurs in the ...Thyroglobulin (TG) is the protein precursor of thyroid hormones, which are essential for growth, development and the control of metabolism in vertebrates. Hormone synthesis from TG occurs in the thyroid gland via the iodination and coupling of pairs of tyrosines, and is completed by TG proteolysis. Tyrosine proximity within TG is thought to enable the coupling reaction but hormonogenic tyrosines have not been clearly identified, and the lack of a three-dimensional structure of TG has prevented mechanistic understanding. Here we present the structure of full-length human thyroglobulin at a resolution of approximately 3.5 Å, determined by cryo-electron microscopy. We identified all of the hormonogenic tyrosine pairs in the structure, and verified them using site-directed mutagenesis and in vitro hormone-production assays using human TG expressed in HEK293T cells. Our analysis revealed that the proximity, flexibility and solvent exposure of the tyrosines are the key characteristics of hormonogenic sites. We transferred the reaction sites from TG to an engineered tyrosine donor-acceptor pair in the unrelated bacterial maltose-binding protein (MBP), which yielded hormone production with an efficiency comparable to that of TG. Our study provides a framework to further understand the production and regulation of thyroid hormones. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10141.map.gz | 12.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10141-v30.xml emd-10141.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10141_fsc.xml | 16.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10141.png | 121.3 KB | ||
その他 | emd_10141_additional_1.map.gz emd_10141_additional_2.map.gz | 7.4 MB 14.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10141 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10141 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10141_validation.pdf.gz | 238.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10141_full_validation.pdf.gz | 237.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10141_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10141 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10141 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6scjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10666 (タイトル: Human thyroglobulin / Data size: 1.7 TB Data #1: un-aligned frames for endogenous human thyroglobulin (eTG) on graphene oxide grids (Krios 300 kV, K2 camera) [micrographs - multiframe] Data #2: un-aligned frames for recombinant human thyroglobulin produced in HEK cells (rTG) on graphene oxide grids (Krios 300 kV, K2 camera) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.043 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_10141_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_10141_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human thyroglobulin
全体 | 名称: human thyroglobulin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: human thyroglobulin
超分子 | 名称: human thyroglobulin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: dimeric |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 実験値: 660 KDa |
-分子 #1: Thyroglobulin
分子 | 名称: Thyroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 305.069844 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MALVLEIFTL LASICWVSAN IFEYQVDAQP LRPCELQRET AFLKQADYVP QCAEDGSFQT VQCQNDGRSC WCVGANGSEV LGSRQPGRP VACLSFCQLQ KQQILLSGYI NSTDTSYLPQ CQDSGDYAPV QCDVQQVQCW CVDAEGMEVY GTRQLGRPKR C PRSCEIRN ...文字列: MALVLEIFTL LASICWVSAN IFEYQVDAQP LRPCELQRET AFLKQADYVP QCAEDGSFQT VQCQNDGRSC WCVGANGSEV LGSRQPGRP VACLSFCQLQ KQQILLSGYI NSTDTSYLPQ CQDSGDYAPV QCDVQQVQCW CVDAEGMEVY GTRQLGRPKR C PRSCEIRN RRLLHGVGDK SPPQCSAEGE FMPVQCKFVN TTDMMIFDLV HSYNRFPDAF VTFSSFQRRF PEVSGYCHCA DS QGRELAE TGLELLLDEI YDTIFAGLDL PSTFTETTLY RILQRRFLAV QSVISGRFRC PTKCEVERFT ATSFGHPYVP SCR RNGDYQ AVQCQTEGPC WCVDAQGKEM HGTRQQGEPP SCAEGQSCAS ERQQALSRLY FGTSGYFSQH DLFSSPEKRW ASPR VARFA TSCPPTIKEL FVDSGLLRPM VEGQSQQFSV SENLLKEAIR AIFPSRGLAR LALQFTTNPK RLQQNLFGGK FLVNV GQFN LSGALGTRGT FNFSQFFQQL GLASFLNGGR QEDLAKPLSV GLDSNSSTGT PEAAKKDGTM NKPTVGSFGF EINLQE NQN ALKFLASLLE LPEFLLFLQH AISVPEDVAR DLGDVMETVL SSQTCEQTPE RLFVPSCTTE GSYEDVQCFS GECWCVN SW GKELPGSRVR GGQPRCPTDC EKQRARMQSL MGSQPAGSTL FVPACTSEGH FLPVQCFNSE CYCVDAEGQA IPGTRSAI G KPKKCPTPCQ LQSEQAFLRT VQALLSNSSM LPTLSDTYIP QCSTDGQWRQ VQCNGPPEQV FELYQRWEAQ NKGQDLTPA KLLVKIMSYR EAASGNFSLF IQSLYEAGQQ DVFPVLSQYP SLQDVPLAAL EGKRPQPREN ILLEPYLFWQ ILNGQLSQYP GSYSDFSTP LAHFDLRNCW CVDEAGQELE GMRSEPSKLP TCPGSCEEAK LRVLQFIRET EEIVSASNSS RFPLGESFLV A KGIRLRNE DLGLPPLFPP REAFAEQFLR GSDYAIRLAA QSTLSFYQRR RFSPDDSAGA SALLRSGPYM PQCDAFGSWE PV QCHAGTG HCWCVDEKGG FIPGSLTARS LQIPQCPTTC EKSRTSGLLS SWKQARSQEN PSPKDLFVPA CLETGEYARL QAS GAGTWC VDPASGEELR PGSSSSAQCP SLCNVLKSGV LSRRVSPGYV PACRAEDGGF SPVQCDQAQG SCWCVMDSGE EVPG TRVTG GQPACESPRC PLPFNASEVV GGTILCETIS GPTGSAMQQC QLLCRQGSWS VFPPGPLICS LESGRWESQL PQPRA CQRP QLWQTIQTQG HFQLQLPPGK MCSADYADLL QTFQVFILDE LTARGFCQIQ VKTFGTLVSI PVCNNSSVQV GCLTRE RLG VNVTWKSRLE DIPVASLPDL HDIERALVGK DLLGRFTDLI QSGSFQLHLD SKTFPAETIR FLQGDHFGTS PRTWFGC SE GFYQVLTSEA SQDGLGCVKC PEGSYSQDEE CIPCPVGFYQ EQAGSLACVP CPVGRTTISA GAFSQTHCVT DCQRNEAG L QCDQNGQYRA SQKDRGSGKA FCVDGEGRRL PWWETEAPLE DSQCLMMQKF EKVPESKVIF DANAPVAVRS KVPDSEFPV MQCLTDCTED EACSFFTVST TEPEISCDFY AWTSDNVACM TSDQKRDALG NSKATSFGSL RCQVKVRSHG QDSPAVYLKK GQGSTTTLQ KRFEPTGFQN MLSGLYNPIV FSASGANLTD AHLFCLLACD RDLCCDGFVL TQVQGGAIIC GLLSSPSVLL C NVKDWMDP SEAWANATCP GVTYDQESHQ VILRLGDQEF IKSLTPLEGT QDTFTNFQQV YLWKDSDMGS RPESMGCRKD TV PRPASPT EAGLTTELFS PVDLNQVIVN GNQSLSSQKH WLFKHLFSAQ QANLWCLSRC VQEHSFCQLA EITESASLYF TCT LYPEAQ VCDDIMESNA QGCRLILPQM PKALFRKKVI LEDKVKNFYT RLPFQKLMGI SIRNKVPMSE KSISNGFFEC ERRC DADPC CTGFGFLNVS QLKGGEVTCL TLNSLGIQMC SEENGGAWRI LDCGSPDIEV HTYPFGWYQK PIAQNNAPSF CPLVV LPSL TEKVSLDSWQ SLALSSVVVD PSIRHFDVAH VSTAATSNFS AVRDLCLSEC SQHEACLITT LQTQPGAVRC MFYADT QSC THSLQGQNCR LLLREEATHI YRKPGISLLS YEASVPSVPI STHGRLLGRS QAIQVGTSWK QVDQFLGVPY AAPPLAE RR FQAPEPLNWT GSWDASKPRA SCWQPGTRTS TSPGVSEDCL YLNVFIPQNV APNASVLVFF HNTMDREESE GWPAIDGS F LAAVGNLIVV TASYRVGVFG FLSSGSGEVS GNWGLLDQVA ALTWVQTHIR GFGGDPRRVS LAADRGGADV ASIHLLTAR ATNSQLFRRA VLMGGSALSP AAVISHERAQ QQAIALAKEV SCPMSSSQEV VSCLRQKPAN VLNDAQTKLL AVSGPFHYWG PVIDGHFLR EPPARALKRS LWVEVDLLIG SSQDDGLINR AKAVKQFEES RGRTSSKTAF YQALQNSLGG EDSDARVEAA A TWYYSLEH STDDYASFSR ALENATRDYF IICPIIDMAS AWAKRARGNV FMYHAPENYG HGSLELLADV QFALGLPFYP AY EGQFSLE EKSLSLKIMQ YFSHFIRSGN PNYPYEFSRK VPTFATPWPD FVPRAGGENY KEFSELLPNR QGLKKADCSF WSK YISSLK TSADGAKGGQ SAESEEEELT AGSGLREDLL SLQEPGSKTY SK |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 30 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: TRIS 0.05M, 0.2M NaCl pH 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |