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- EMDB-0688: Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferrin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0688
タイトルReconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity
マップデータ
試料
  • 複合体: resistosome
    • タンパク質・ペプチド: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase superfamily protein
    • タンパク質・ペプチド: Disease resistance RPP13-like protein 4
  • リガンド: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / ADP binding / defense response / : / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / cell surface receptor signaling pathway ...positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / ADP binding / defense response / : / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to bacterium / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Receptor-like kinase WAK-like / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...Receptor-like kinase WAK-like / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable serine/threonine-protein kinase PBL2 / Disease resistance RPP13-like protein 4 / Serine/threonine-protein kinase ZRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis (シロイヌナズナ属) / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang JZ / Wang J / Hu MJ / Wang HW / Zhou JM / Chai JJ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31421001 中国
National Natural Science Foundation of China31420103906 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity.
著者: Jizong Wang / Meijuan Hu / Jia Wang / Jinfeng Qi / Zhifu Han / Guoxun Wang / Yijun Qi / Hong-Wei Wang / Jian-Min Zhou / Jijie Chai /
要旨: Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. Biochemical mechanisms underlying plant NLR activation have until now remained poorly ...Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. Biochemical mechanisms underlying plant NLR activation have until now remained poorly understood. We reconstituted an active complex containing the coiled-coil NLR ZAR1, the pseudokinase RKS1, uridylated protein kinase PBL2, and 2'-deoxyadenosine 5'-triphosphate (dATP), demonstrating the oligomerization of the complex during immune activation. The cryo-electron microscopy structure reveals a wheel-like pentameric ZAR1 resistosome. Besides the nucleotide-binding domain, the coiled-coil domain of ZAR1 also contributes to resistosome pentamerization by forming an α-helical barrel that interacts with the leucine-rich repeat and winged-helix domains. Structural remodeling and fold switching during activation release the very N-terminal amphipathic α helix of ZAR1 to form a funnel-shaped structure that is required for the plasma membrane association, cell death triggering, and disease resistance, offering clues to the biochemical function of a plant resistosome.
履歴
登録2019年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月20日-
マップ公開2019年3月20日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6j6i
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0688.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0688.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.031787217 - 0.073630325
平均 (標準偏差)0.000100979334 (±0.0015970623)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 392.75998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.760392.760392.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0320.0740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : resistosome

全体名称: resistosome
要素
  • 複合体: resistosome
    • タンパク質・ペプチド: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase superfamily protein
    • タンパク質・ペプチド: Disease resistance RPP13-like protein 4
  • リガンド: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: resistosome

超分子名称: resistosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Arabidopsis (シロイヌナズナ属)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2

分子名称: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 46.35643 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MGNCLDSSAK VDNSNHSPHA NSASSGSKVS SKTSRSTGPS GLSTTSYSTD SSFGPLPTLR TEGEILSSPN LKAFTFNELK NATKNFRQD NLLGEGGFGC VFKGWIDQTS LTASRPGSGI VVAVKQLKPE GFQGHKEWLT EVNYLGQLSH PNLVLLVGYC A EGENRLLV ...文字列:
MGNCLDSSAK VDNSNHSPHA NSASSGSKVS SKTSRSTGPS GLSTTSYSTD SSFGPLPTLR TEGEILSSPN LKAFTFNELK NATKNFRQD NLLGEGGFGC VFKGWIDQTS LTASRPGSGI VVAVKQLKPE GFQGHKEWLT EVNYLGQLSH PNLVLLVGYC A EGENRLLV YEFMPKGSLE NHLFRRGAQP LTWAIRMKVA VGAAKGLTFL HEAKSQVIYR DFKAANILLD ADFNAKLSDF GL AKAGPTG DNTHVSTKVI GTHGYAAPEY VATGRLTAKS DVYSFGVVLL ELISGRRAMD NSNGGNEYSL VDWATPYLGD KRK LFRIMD TKLGGQYPQK GAFTAANLAL QCLNPDAKLR PKMSEVLVTL EQLESVAKPG TKHTQMESPR FHHSSVMQKS PVRY SHDRP LLHMTPGASP LPSYTQSPRV R

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分子 #2: Protein kinase superfamily protein

分子名称: Protein kinase superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 40.142375 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MKKQYLKSGS GTRKEKDKAK RWFLDNGSIF LRELVADCNG KSIPIRSFSP EQILKATNNF DSSCFVSQDV YYKWYRGEIE DRSYMIKRF SEDEITGKRH RVKEVYNDIV LSARMSNHSN FLQLLGCCLE FPFPVLVFEF AEHGAMNQRG GVIVNGEESL L PWSVRLKI ...文字列:
MKKQYLKSGS GTRKEKDKAK RWFLDNGSIF LRELVADCNG KSIPIRSFSP EQILKATNNF DSSCFVSQDV YYKWYRGEIE DRSYMIKRF SEDEITGKRH RVKEVYNDIV LSARMSNHSN FLQLLGCCLE FPFPVLVFEF AEHGAMNQRG GVIVNGEESL L PWSVRLKI GKEIANAVTY LHTAFPKIII HRDVKPMHVF LDKNWTAKLS DLSFSISLPE GKSRIEAEWV LGTFGYIDPL YH KTCFVTE YTDVYSFGIC LLVIITGKPA IMTISDGDLQ GILSLVRELC ENGKLDEVID PRLMKDITSG QRLQVEACVV LAL RCCKER DEDRPKMIQV AKELKQIEAS LKNSS

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分子 #3: Disease resistance RPP13-like protein 4

分子名称: Disease resistance RPP13-like protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 97.163977 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MVDAVVTVFL EKTLNILEEK GRTVSDYRKQ LEDLQSELKY MQSFLKDAER QKRTNETLRT LVADLRELVY EAEDILVDCQ LADGDDGNE QRSSNAWLSR LHPARVPLQY KKSKRLQEIN ERITKIKSQV EPYFEFITPS NVGRDNGTDR WSSPVYDHTQ V VGLEGDKR ...文字列:
MVDAVVTVFL EKTLNILEEK GRTVSDYRKQ LEDLQSELKY MQSFLKDAER QKRTNETLRT LVADLRELVY EAEDILVDCQ LADGDDGNE QRSSNAWLSR LHPARVPLQY KKSKRLQEIN ERITKIKSQV EPYFEFITPS NVGRDNGTDR WSSPVYDHTQ V VGLEGDKR KIKEWLFRSN DSQLLIMAFV GMGGLGKTTI AQEVFNDKEI EHRFERRIWV SVSQTFTEEQ IMRSILRNLG DA SVGDDIG TLLRKIQQYL LGKRYLIVMD DVWDKNLSWW DKIYQGLPRG QGGSVIVTTR SESVAKRVQA RDDKTHRPEL LSP DNSWLL FCNVAFAAND GTCERPELED VGKEIVTKCK GLPLTIKAVG GLLLCKDHVY HEWRRIAEHF QDELRGNTSE TDNV MSSLQ LSYDELPSHL KSCILTLSLY PEDCVIPKQQ LVHGWIGEGF VMWRNGRSAT ESGEDCFSGL TNRCLIEVVD KTYSG TIIT CKIHDMVRDL VIDIAKKDSF SNPEGLNCRH LGISGNFDEK QIKVNHKLRG VVSTTKTGEV NKLNSDLAKK FTDCKY LRV LDISKSIFDA PLSEILDEIA SLQHLACLSL SNTHPLIQFP RSMEDLHNLQ ILDASYCQNL KQLQPCIVLF KKLLVLD MT NCGSLECFPK GIGSLVKLEV LLGFKPARSN NGCKLSEVKN LTNLRKLGLS LTRGDQIEEE ELDSLINLSK LMSISINC Y DSYGDDLITK IDALTPPHQL HELSLQFYPG KSSPSWLSPH KLPMLRYMSI CSGNLVKMQE PFWGNENTHW RIEGLMLSS LSDLDMDWEV LQQSMPYLRT VTANWCPELE SFAIEDVGFR GGVWMKTPLH RT

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分子 #4: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: U5P
分子量理論値: 324.181 Da
Chemical component information

ChemComp-U:
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP / ウリジル酸

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分子 #5: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: DTP
分子量理論値: 491.182 Da
Chemical component information

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP / デオキシアデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2092456
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 使用した粒子像数: 376858

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3tl8

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6j6i:
Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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