English [日本語]
- EMDB-0403: SARS-CoV complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragme... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 0403
タイトルSARS-CoV complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 1)
マップデータ
試料SARS-CoV S complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 1):
Spike glycoprotein / S230 heavy chain / S230 light chain / (ligandリガンド) x 3
機能・相同性Coronavirus S2 glycoprotein / Spike glycoprotein N-terminal domain / Spike receptor binding domain / Coronavirus S2 glycoprotein / Spike receptor binding domain / Coronovirus spike glycoprotein, heptad repeat 2 domain / Spike glycoprotein, N-terminal / Spike receptor binding domain superfamily / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell ...Coronavirus S2 glycoprotein / Spike glycoprotein N-terminal domain / Spike receptor binding domain / Coronavirus S2 glycoprotein / Spike receptor binding domain / Coronovirus spike glycoprotein, heptad repeat 2 domain / Spike glycoprotein, N-terminal / Spike receptor binding domain superfamily / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / pathogenesis / host cell plasma membrane / virion membrane / integral component of membrane / identical protein binding / Spike glycoprotein
機能・相同性情報
由来SARS coronavirus (SARSコロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.2Å分解能
データ登録者Walls AC / Xiong X / Park YJ / Tortorici MA / Snijder S / Quispe J / Cameroni E / Gopal R / Mian D / Lanzavecchia A / Zambon M / Rey FA / Corti D / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Cell / : 2019
タイトル: Unexpected Receptor Functional Mimicry Elucidates Activation of Coronavirus Fusion.
著者: Alexandra C Walls / Xiaoli Xiong / Young-Jun Park / M Alejandra Tortorici / Joost Snijder / Joel Quispe / Elisabetta Cameroni / Robin Gopal / Mian Dai / Antonio Lanzavecchia / Maria Zambon / Félix A Rey / Davide Corti / David Veesler
要旨: Recent outbreaks of severe acute respiratory syndrome and Middle East respiratory syndrome, along with the threat of a future coronavirus-mediated pandemic, underscore the importance of finding ways ...Recent outbreaks of severe acute respiratory syndrome and Middle East respiratory syndrome, along with the threat of a future coronavirus-mediated pandemic, underscore the importance of finding ways to combat these viruses. The trimeric spike transmembrane glycoprotein S mediates entry into host cells and is the major target of neutralizing antibodies. To understand the humoral immune response elicited upon natural infections with coronaviruses, we structurally characterized the SARS-CoV and MERS-CoV S glycoproteins in complex with neutralizing antibodies isolated from human survivors. Although the two antibodies studied blocked attachment to the host cell receptor, only the anti-SARS-CoV S antibody triggered fusogenic conformational changes via receptor functional mimicry. These results provide a structural framework for understanding coronavirus neutralization by human antibodies and shed light on activation of coronavirus membrane fusion, which takes place through a receptor-driven ratcheting mechanism.
構造検証レポートPDB-ID: 6nb6

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年12月6日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2019年1月16日 / マップ公開: 2019年2月6日 / 最新の更新: 2019年3月6日

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.36
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.36
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-6nb6
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップデータ

ファイルemd_0403.map.gz (map file in CCP4 format, 226493 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
384 pix
1.37 Å/pix.
= 526.08 Å
384 pix
1.37 Å/pix.
= 526.08 Å
384 pix
1.37 Å/pix.
= 526.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面のレベル:0.36 (by author), 0.36 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.38723457 - 1.4719818
平均 (標準偏差)0.00062450743 (0.04478182)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions384384384
Origin0.00.00.0
Limit383.0383.0383.0
Spacing384384384
セルA=B=C: 526.08 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z526.080526.080526.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-16-63-38
NX/NY/NZ727975
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-1.2722.6180.003

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 SARS-CoV S complex with human neutralizing S230 antibody Fab frag...

全体名称: SARS-CoV S complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 1)
構成要素数: 7

+
構成要素 #1: タンパク質, SARS-CoV S complex with human neutralizing S230 antibody F...

タンパク質名称: SARS-CoV S complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 1)
組換発現: No
分子量実験値: 572 MDa
由来生物種: SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #2: タンパク質, Spike glycoprotein

タンパク質名称: Spike glycoprotein / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 139.815969 kDa
由来生物種: SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #3: タンパク質, S230 heavy chain

タンパク質名称: S230 heavy chain / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.314899 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #4: タンパク質, S230 light chain

タンパク質名称: S230 light chain / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.329663 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #5: リガンド, N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

リガンド名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン
個数: 93 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.221208 kDa

+
構成要素 #6: リガンド, BETA-D-MANNOSE

リガンド名称: BETA-D-MANNOSE / 個数: 37 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.180156 kDa

+
構成要素 #7: リガンド, ALPHA-D-MANNOSE

リガンド名称: ALPHA-D-MANNOSE / 個数: 19 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.180156 kDa

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 8
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 45 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 23071
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 分解能: 4.2 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

-
原子モデル構築

モデリング #1精密化に使用した空間: REAL
得られたモデル

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る