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万見
- EMDB-0089: Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion syste... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0089
タイトルCryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri
マップデータ
試料
  • 複合体: Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from Xanthomonas
    • タンパク質・ペプチド: VirB7
    • タンパク質・ペプチド: VirB9 protein
    • タンパク質・ペプチド: VirB10 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q, C-terminal / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q C-terminal domain-containing protein / VirB9 protein / VirB10 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306 (バクテリア) / Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Costa TRD / Sgro GG / Farah CS / Waksman G
資金援助 英国, ブラジル, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust098302 英国
Sao Paulo Research Foundation2017/17303-7 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation2011/07777-5 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri.
著者: Germán G Sgro / Tiago R D Costa / William Cenens / Diorge P Souza / Alexandre Cassago / Luciana Coutinho de Oliveira / Roberto K Salinas / Rodrigo V Portugal / Chuck S Farah / Gabriel Waksman /
要旨: Type IV secretion (T4S) systems form the most common and versatile class of secretion systems in bacteria, capable of injecting both proteins and DNAs into host cells. T4S systems are typically ...Type IV secretion (T4S) systems form the most common and versatile class of secretion systems in bacteria, capable of injecting both proteins and DNAs into host cells. T4S systems are typically composed of 12 components that form 2 major assemblies: the inner membrane complex embedded in the inner membrane and the core complex embedded in both the inner and outer membranes. Here we present the 3.3 Å-resolution cryo-electron microscopy model of the T4S system core complex from Xanthomonas citri, a phytopathogen that utilizes this system to kill bacterial competitors. An extensive mutational investigation was performed to probe the vast network of protein-protein interactions in this 1.13-MDa assembly. This structure expands our knowledge of the molecular details of T4S system organization, assembly and evolution.
履歴
登録2018年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年10月24日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gyb
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0089.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.16240412 - 0.27459824
平均 (標準偏差)0.0006112758 (±0.008838454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 370.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z371.000371.000371.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.1620.2750.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from...

全体名称: Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from Xanthomonas
要素
  • 複合体: Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from Xanthomonas
    • タンパク質・ペプチド: VirB7
    • タンパク質・ペプチド: VirB9 protein
    • タンパク質・ペプチド: VirB10 protein

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超分子 #1: Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from...

超分子名称: Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from Xanthomonas
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Fourteen copies of each of the following three subunits: VirB7, VirB9 and VirB10
由来(天然)生物種: Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: VirB7

分子名称: VirB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
分子量理論値: 14.762795 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MNPMYVSKLS LVLVAAALVG ACATKPAPDF GGRWKHVNHF DEAPTEIPLY TSYTYQATPM DGTLKTMLER WAADSNMQLS YNLPSDYTL IGPVSAISTT SVQQAATELS AVYAAQGVSV SVSANKLLVQ PVPVSSGAKL

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分子 #2: VirB9 protein

分子名称: VirB9 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306
分子量理論値: 29.359385 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKLFNRYRVA LLSALPLALC ALSAAAQVVQ EYEYAPDRIY QVRTGLGITT QVELSPNEKI LDYSTGFTGG WELTRRENVF YLKPKNVDV DTNMMIRTAT HSYILELKVV ATDWQRLEQA KQAGVQYKVV FTYPKDTSFN NVADADTSKN GPLLNAKILK D RRYYYDYD ...文字列:
MKLFNRYRVA LLSALPLALC ALSAAAQVVQ EYEYAPDRIY QVRTGLGITT QVELSPNEKI LDYSTGFTGG WELTRRENVF YLKPKNVDV DTNMMIRTAT HSYILELKVV ATDWQRLEQA KQAGVQYKVV FTYPKDTSFN NVADADTSKN GPLLNAKILK D RRYYYDYD YATRTKKSWL IPSRVYDDGK FTYINMDLTR FPTGNFPAVF AREKEHAEDF LVNTTVEGNT LIVHGTYPFL VV RHGDNVV GLRRNKQK

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分子 #3: VirB10 protein

分子名称: VirB10 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306
分子量理論値: 43.392469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNSNIPNSPD ERIQNHGGDE QHNGDHNERN NPYFARQQAS AEPDLDANEP ILRSSDIKRL NRKALVFLAA IAALLILAIF WLATQSGED SAPPKPRTET VVAPALPQSM TAPVEEAPVP LAQQPSLPPL PPMPTDNSEE VSSAPERQRG PTLLERRILA E SAANGGGV ...文字列:
MNSNIPNSPD ERIQNHGGDE QHNGDHNERN NPYFARQQAS AEPDLDANEP ILRSSDIKRL NRKALVFLAA IAALLILAIF WLATQSGED SAPPKPRTET VVAPALPQSM TAPVEEAPVP LAQQPSLPPL PPMPTDNSEE VSSAPERQRG PTLLERRILA E SAANGGGV PGQLGAQPAP TQEDGPVTLA KPISNPDGLL VRGTYIRCIL ETRIISDFGG YTSCIVTEPV YSINGHNLLL PK GSKMLGQ YSAGEPTSHR LQVVWDRVTT PTGLDVTLMG PGIDTLGSSG HPGNYNAHWG NKIASALFIS LLSDAFKYAA AEY GPETTT IGVGSGIVTQ QPFESNTARS MQQLAEQAVE KSGRRPATLT INQGTVLNVY VAKDVDFSAV LPKAAALEGL SAWS HPQFE K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNH2C(CH2OH)3HClTris-HCl
200.0 mMNaClSodium Chloride
10.0 mMCH3(CH2)11N(O)(CH3)2LDAO
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.2 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot for 4.5 seconds after 30 seconds of incubation..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1469 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 185079
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C14 (14回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 142306
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 142306 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細The electron density was clearly interpretable, which allowed us to build a de novo structural model. This process began by fitting the crystallographic model of the X. citri VirB7 C-terminal N0 domain (PDB:3OV5) and the NMR model of the X. citri VirB9CTD-VirB7NTD complex (PDB:2N01) in order to identify the map with the correct handedness. Models were positioned using Fit in map tool in Chimera, and saved relative to the map. Using these as starting points, we were able to manually build the rest of the model for VirB7 and VirB9CTD, and the de novo models for VirB10CTD, VirB10NTD_150-161 and VirB9NTD using Coot. In this manner, we obtained a combined model for a single VirB7-VirB9-VirB10 heterotrimer unit, which was submitted to iterative rounds of real space refinement and building using PHENIX and Coot software, respectively. Thirteen more copies of the refined heterotrimer were then fit into the density map using Chimera and new rounds of real space refinement (now using NCS for the 42 chains contained in the structure) and building using PHENIX and Coot, respectively, were executed until we obtained good parameters for Ramachandran plot and MolProbity. Chimera and PyMol were used for map and model visualization and figure production.
精密化空間: REAL / 温度因子: 138
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6gyb:
Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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