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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0006 | |||||||||
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タイトル | Saccharomyces cerevisiae supercomplex class2 (III2IV2) | |||||||||
マップデータ | Saccharomyces cerevisiae supercomplex class2 (III2IV2) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Rathore S / Berndtsson J / Conrad J / Ott M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the yeast respiratory supercomplex. 著者: Sorbhi Rathore / Jens Berndtsson / Lorena Marin-Buera / Julian Conrad / Marta Carroni / Peter Brzezinski / Martin Ott / 要旨: Respiratory chain complexes execute energy conversion by connecting electron transport with proton translocation over the inner mitochondrial membrane to fuel ATP synthesis. Notably, these complexes ...Respiratory chain complexes execute energy conversion by connecting electron transport with proton translocation over the inner mitochondrial membrane to fuel ATP synthesis. Notably, these complexes form multi-enzyme assemblies known as respiratory supercomplexes. Here we used single-particle cryo-EM to determine the structures of the yeast mitochondrial respiratory supercomplexes IIIIV and IIIIV, at 3.2-Å and 3.5-Å resolutions, respectively. We revealed the overall architecture of the supercomplex, which deviates from the previously determined assemblies in mammals; obtained a near-atomic structure of the yeast complex IV; and identified the protein-protein and protein-lipid interactions implicated in supercomplex formation. Take together, our results demonstrate convergent evolution of supercomplexes in mitochondria that, while building similar assemblies, results in substantially different arrangements and structural solutions to support energy conversion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0006.map.gz | 149.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0006-v30.xml emd-0006.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0006_fsc.xml | 15.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0006.png | 305.3 KB | ||
その他 | emd_0006_half_map_1.map.gz emd_0006_half_map_2.map.gz | 134 MB 134 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0006 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0006 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0006_validation.pdf.gz | 416.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0006_full_validation.pdf.gz | 415.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0006_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0006 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0006 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0006.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Saccharomyces cerevisiae supercomplex class2 (III2IV2) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Halfmap1 Class2
ファイル | emd_0006_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap1 Class2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap2 Class2
ファイル | emd_0006_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap2 Class2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Saccharomyces cerevisiae Supercomplex
全体 | 名称: Saccharomyces cerevisiae Supercomplex |
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要素 |
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-超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae Supercomplex
超分子 | 名称: Saccharomyces cerevisiae Supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / Organelle: Mitochondria |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |