ChemComp-GDO: 3'-deoxy-guanosine 5'-monophosphate

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: GDO
• 名称: 名称: 3'-deoxy-guanosine 5'-monophosphate

Chemical information

組成

組成式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / 原子数: 37 / 化学式量: 347.221 / 形式電荷: 0

その他

4e78

G

タイプ: RNA LINKING / PDB分類: ATOMN / 3文字コード: GDO / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 4E78 / 親要素: G

履歴

作成	2012年4月11日

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詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: O=P(O)(O)OCC3OC(n2cnc1c2N=C(N)NC1=O)C(O)C3
• CACTVS 3.370: NC1=Nc2n(cnc2C(=O)N1)[CH]3O[CH](CO[P](O)(O)=O)C[CH]3O
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: c1nc2c(n1C3C(CC(O3)COP(=O)(O)O)O)N=C(NC2=O)N

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.370: NC1=Nc2n(cnc2C(=O)N1)[C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(O)=O)C[C@H]3O
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: c1nc2c(n1[C@H]3[C@@H](C[C@H](O3)COP(=O)(O)O)O)N=C(NC2=O)N

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C10H14N5O7P/c11-10-13-7-6(8(17)14-10)12-3-15(7)9-5(16)1-4(22-9)2-21-23(18,19)20/h3-5,9,16H,1-2H2,(H2,18,19,20)(H3,11,13,14,17)/t4-,5+,9+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: FDFODSATEZEUMJ-OBXARNEKSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: 3'-deoxy-5'-guanylic acid
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: [(2S,4R,5R)-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate

PDBエントリ

全2件を表示しています

PDB-4k99:
Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5 -pppdG(2 ,5 )pdG

PDB-7lnf:
3'-deoxy modification at 3' end of RNA primer complex with guanosine dinucleotide ligand G(5')ppp(5')G