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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31146 | |||||||||
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タイトル | Coupling of N7-methyltransferase and 3'-5' exoribonuclease with SARS-CoV-2 polymerase reveals mechanisms for capping and proofreading | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins ...viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / : / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Yan L / Yang YX | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Coupling of N7-methyltransferase and 3'-5' exoribonuclease with SARS-CoV-2 polymerase reveals mechanisms for capping and proofreading. 著者: Liming Yan / Yunxiang Yang / Mingyu Li / Ying Zhang / Litao Zheng / Ji Ge / Yucen C Huang / Zhenyu Liu / Tao Wang / Shan Gao / Ran Zhang / Yuanyun Y Huang / Luke W Guddat / Yan Gao / Zihe Rao / Zhiyong Lou / 要旨: The capping of mRNA and the proofreading play essential roles in SARS-CoV-2 replication and transcription. Here, we present the cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 replication-transcription complex ...The capping of mRNA and the proofreading play essential roles in SARS-CoV-2 replication and transcription. Here, we present the cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 replication-transcription complex (RTC) in a form identified as Cap(0)-RTC, which couples a co-transcriptional capping complex (CCC) composed of nsp12 NiRAN, nsp9, the bifunctional nsp14 possessing an N-terminal exoribonuclease (ExoN) and a C-terminal N7-methyltransferase (N7-MTase), and nsp10 as a cofactor of nsp14. Nsp9 and nsp12 NiRAN recruit nsp10/nsp14 into the Cap(0)-RTC, forming the N7-CCC to yield cap(0) (GpppA) at 5' end of pre-mRNA. A dimeric form of Cap(0)-RTC observed by cryo-EM suggests an in trans backtracking mechanism for nsp14 ExoN to facilitate proofreading of the RNA in concert with polymerase nsp12. These results not only provide a structural basis for understanding co-transcriptional modification of SARS-CoV-2 mRNA but also shed light on how replication fidelity in SARS-CoV-2 is maintained. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31146.map.gz | 204.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31146-v30.xml emd-31146.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31146.png | 25.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31146 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31146 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : mCap(0)-RTC
+超分子 #1: mCap(0)-RTC
+超分子 #2: NSP 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14
+超分子 #3: primer RNA, template RNA
+分子 #1: RNA-directed RNA polymerase
+分子 #2: Non-structural protein 8
+分子 #3: Non-structural protein 7
+分子 #4: Non-structural protein 9
+分子 #5: Non-structural protein 10
+分子 #8: Proofreading exoribonuclease
+分子 #9: Helicase
+分子 #6: primer
+分子 #7: template
+分子 #10: ZINC ION
+分子 #11: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 80256 |