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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34098 | |||||||||
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タイトル | Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556, focused on receptor | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / calmodulin dependent kinase signaling pathway / Lysosphingolipid and LPA receptors / lysophosphatidic acid binding / negative regulation of cilium assembly / regulation of synaptic vesicle cycle / cellular response to oxygen levels / oligodendrocyte development ...cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / calmodulin dependent kinase signaling pathway / Lysosphingolipid and LPA receptors / lysophosphatidic acid binding / negative regulation of cilium assembly / regulation of synaptic vesicle cycle / cellular response to oxygen levels / oligodendrocyte development / corpus callosum development / bleb assembly / regulation of metabolic process / optic nerve development / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of Rho protein signal transduction / activation of phospholipase C activity / GABA-ergic synapse / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of stress fiber assembly / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / 髄鞘 / cerebellum development / 神経発生 / cell chemotaxis / dendritic shaft / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of cell shape / G alpha (i) signalling events / postsynaptic membrane / G alpha (q) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 樹状突起スパイン / positive regulation of MAPK cascade / エンドソーム / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / glutamatergic synapse / 細胞膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Akasaka H / Shihoya W / Nureki O | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of the active G-coupled human lysophosphatidic acid receptor 1 complexed with a potent agonist. 著者: Hiroaki Akasaka / Tatsuki Tanaka / Fumiya K Sano / Yuma Matsuzaki / Wataru Shihoya / Osamu Nureki / 要旨: Lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA) is one of the six G protein-coupled receptors activated by the bioactive lipid, lysophosphatidic acid (LPA). LPA is a drug target for various diseases, ...Lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA) is one of the six G protein-coupled receptors activated by the bioactive lipid, lysophosphatidic acid (LPA). LPA is a drug target for various diseases, including cancer, inflammation, and neuropathic pain. Notably, LPA agonists have potential therapeutic value for obesity and urinary incontinence. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of the active human LPA-G complex bound to ONO-0740556, an LPA analog with more potent activity against LPA. Our structure elucidated the details of the agonist binding mode and receptor activation mechanism mediated by rearrangements of transmembrane segment 7 and the central hydrophobic core. A structural comparison of LPA and other phylogenetically-related lipid-sensing GPCRs identified the structural determinants for lipid preference of LPA. Moreover, we characterized the structural polymorphisms at the receptor-G-protein interface, which potentially reflect the G-protein dissociation process. Our study provides insights into the detailed mechanism of LPA binding to agonists and paves the way toward the design of drug-like agonists targeting LPA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34098.map.gz | 2.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34098-v30.xml emd-34098.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34098_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34098.png | 33 KB | ||
マスクデータ | emd_34098_msk_1.map | 2.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_34098_half_map_1.map.gz emd_34098_half_map_2.map.gz | 2.2 MB 2.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34098 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1952 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34098_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34098_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34098_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 bound to ONO-0740556
全体 | 名称: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 bound to ONO-0740556 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 bound to ONO-0740556
超分子 | 名称: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 bound to ONO-0740556 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Lysophosphatidic acid receptor 1
分子 | 名称: Lysophosphatidic acid receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.936004 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DYKDDDDAMG AAISTSIPVI SQPQFTAMNE PQCFYNESIA FFYNRSGKHL ATEWNTVSKL VMGLGITVCI FIMLANLLVM VAIYVNRRF HFPIYYLMAN LAAADFFAGL AYFYLMFNTG PNTRRLTVST WLLRQGLIDT SLTASVANLL AIAIERHITV F RMQLHTRM ...文字列: DYKDDDDAMG AAISTSIPVI SQPQFTAMNE PQCFYNESIA FFYNRSGKHL ATEWNTVSKL VMGLGITVCI FIMLANLLVM VAIYVNRRF HFPIYYLMAN LAAADFFAGL AYFYLMFNTG PNTRRLTVST WLLRQGLIDT SLTASVANLL AIAIERHITV F RMQLHTRM SNRRVVVVIV VIWTMAIVMG AIPSVGWNCI CDIENCSNMA PLYSDSYLVF WAIFNLVTFV VMVVLYAHIF GY VRQRTMR MSRHSSGPRR NRDTMMSLLK TVVIVLGAFI ICWTPGLVLL LLDVCCPQCD VLAYEKFFLL LAEFNSAMNP IIY SYRDKE MSATFRQILC CQRSENPTGP TEGSDRSASS LNHTILAGVH SNDHSVVENL YFQ |
-分子 #2: [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] d...
分子 | 名称: [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: K6L |
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分子量 | 理論値: 415.461 Da |
Chemical component information | ChemComp-K6L: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |