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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28936 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Tropomodulin-capped pointed end of F-actin | ||||||||||||
マップデータ | Final map of the Tropomodulin-bound actin filament pointed end. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Actin cytoskeleton (マイクロフィラメント) / filament / Tmod / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pointed-end actin filament capping / lens fiber cell development / myofibril assembly / Striated Muscle Contraction / cytoskeletal motor activator activity / myofibril / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / cortical cytoskeleton / mesenchyme migration ...pointed-end actin filament capping / lens fiber cell development / myofibril assembly / Striated Muscle Contraction / cytoskeletal motor activator activity / myofibril / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / cortical cytoskeleton / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / sarcomere / adult locomotory behavior / muscle contraction / filopodium / actin filament organization / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / actin binding / 細胞骨格 / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / rabbit (ウサギ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Carman PJ / Barrie KR / Dominguez R | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: Structures of the free and capped ends of the actin filament. 著者: Peter J Carman / Kyle R Barrie / Grzegorz Rebowski / Roberto Dominguez / 要旨: The barbed and pointed ends of the actin filament (F-actin) are the sites of growth and shrinkage and the targets of capping proteins that block subunit exchange, including CapZ at the barbed end and ...The barbed and pointed ends of the actin filament (F-actin) are the sites of growth and shrinkage and the targets of capping proteins that block subunit exchange, including CapZ at the barbed end and tropomodulin at the pointed end. We describe cryo-electron microscopy structures of the free and capped ends of F-actin. Terminal subunits at the free barbed end adopt a "flat" F-actin conformation. CapZ binds with minor changes to the barbed end but with major changes to itself. By contrast, subunits at the free pointed end adopt a "twisted" monomeric actin (G-actin) conformation. Tropomodulin binding forces the second subunit into an F-actin conformation. The structures reveal how the ends differ from the middle in F-actin and how these differences control subunit addition, dissociation, capping, and interactions with end-binding proteins. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28936.map.gz | 123 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28936-v30.xml emd-28936.xml | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28936_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28936.png | 1.4 MB | ||
その他 | emd_28936_additional_1.map.gz emd_28936_half_map_1.map.gz emd_28936_half_map_2.map.gz | 205.7 MB 226.9 MB 226.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28936 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28936 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28936.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map of the Tropomodulin-bound actin filament pointed end. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened final map of the Tropomodulin-bound actin filament...
ファイル | emd_28936_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened final map of the Tropomodulin-bound actin filament pointed end. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B of the Tropomodulin-bound actin filament pointed end.
ファイル | emd_28936_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B of the Tropomodulin-bound actin filament pointed end. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A of the Tropomodulin-bound actin filament pointed end.
ファイル | emd_28936_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A of the Tropomodulin-bound actin filament pointed end. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tropomodulin-capped pointed end of F-actin
全体 | 名称: Tropomodulin-capped pointed end of F-actin |
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要素 |
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-超分子 #1: Tropomodulin-capped pointed end of F-actin
超分子 | 名称: Tropomodulin-capped pointed end of F-actin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: Tropomodulin (Tmod)
超分子 | 名称: Tropomodulin (Tmod) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Actin filament
超分子 | 名称: Actin filament / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: rabbit (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 42.109973 KDa |
配列 | 文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG ...文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG DGVTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSS S LEKSYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQ KEITALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F |
-分子 #2: Tropomodulin-1
分子 | 名称: Tropomodulin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.619078 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSYRRELEKY RDLDEDEILG ALTEEELRTL ENELDELDPD NALLPAGLRQ KDQTTKAPTG PFKREELLDH LEKQAKEFKD REDLVPYTG EKRGKVWVPK QKPLDPVLES VTLEPELEEA LANASDAELC DIAAILGMHT LMSNQQYYQA LSSSSIMNKE G LNSVIKPT ...文字列: MSYRRELEKY RDLDEDEILG ALTEEELRTL ENELDELDPD NALLPAGLRQ KDQTTKAPTG PFKREELLDH LEKQAKEFKD REDLVPYTG EKRGKVWVPK QKPLDPVLES VTLEPELEEA LANASDAELC DIAAILGMHT LMSNQQYYQA LSSSSIMNKE G LNSVIKPT QYKPVPDEEP NSTDVEETLE RIKNNDPKLE EVNLNNIRNI PIPTLKAYAE ALKENSYVKK FSIVGTRSND PV AYALAEM LKENKVLKTL NVESNFISGA GILRLVEALP YNTSLVEMKI DNQSQPLGNK VEMEIVSMLE KNATLLKFGY HFT QQGPRL RASNAMMNNN DLVRKRRLAD LTGPIIPKCR SGV |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 0 Blot time 2.5 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 44.7 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8f8t: |