[日本語] English
万見
- EMDB-27250: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27250
タイトルYeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)ミトコンドリア
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)ミトコンドリア
    • タンパク質・ペプチド: x 34種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial translational initiation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / superoxide dismutase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding ...mitochondrial translational initiation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / superoxide dismutase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / メチル化 / ミトコンドリア内膜 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTP binding / ミトコンドリア / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S22, mitochondrial, budding yeast / Ribosomal protein VAR1 / : / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 ...Ribosomal protein S22, mitochondrial, budding yeast / Ribosomal protein VAR1 / : / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Ribosomal protein Rsm22-like / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / PPR repeat family / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S13-like, H2TH / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / S4 RNA-binding domain / Ribosomal protein S11 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MRPS12 isoform 1 / CCM1 isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m ...MRPS12 isoform 1 / CCM1 isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein mS42 / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein uS19m / Small ribosomal subunit protein uS13m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS8m / Small ribosomal subunit protein mS35
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Burnside C / Harper NJ / Klinge S
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other private
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM136640-02 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Principles of mitoribosomal small subunit assembly in eukaryotes.
著者: Nathan J Harper / Chloe Burnside / Sebastian Klinge /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize proteins encoded within the mitochondrial genome that are assembled into oxidative phosphorylation complexes. Thus, mitoribosome biogenesis is ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize proteins encoded within the mitochondrial genome that are assembled into oxidative phosphorylation complexes. Thus, mitoribosome biogenesis is essential for ATP production and cellular metabolism. Here we used cryo-electron microscopy to determine nine structures of native yeast and human mitoribosomal small subunit assembly intermediates, illuminating the mechanistic basis for how GTPases are used to control early steps of decoding centre formation, how initial rRNA folding and processing events are mediated, and how mitoribosomal proteins have active roles during assembly. Furthermore, this series of intermediates from two species with divergent mitoribosomal architecture uncovers both conserved principles and species-specific adaptations that govern the maturation of mitoribosomal small subunits in eukaryotes. By revealing the dynamic interplay between assembly factors, mitoribosomal proteins and rRNA that are required to generate functional subunits, our structural analysis provides a vignette for how molecular complexity and diversity can evolve in large ribonucleoprotein assemblies.
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2023年2月15日-
現状2023年2月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_27250.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27250.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.057 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.5
最小 - 最大-11.920732 - 24.069916
平均 (標準偏差)0.010111051 (±1.0480497)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 422.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_27250_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_27250_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_27250_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)

全体名称: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)ミトコンドリア
要素
  • 複合体: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)ミトコンドリア
    • タンパク質・ペプチド: Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein VAR1, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S28, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S16, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S17, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S19, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S25, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S23, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial 37S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S24, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Protein FYV4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S26, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S5, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S35, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S7, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S8, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S9, mitochondrialリボソーム
    • RNA: 15S ribosomal RNAリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S10, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S18, mitochondrialリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: unknown protein sequence
    • タンパク質・ペプチド: MRPS12 isoform 1
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)

超分子名称: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.22 MDa

+
分子 #1: Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase ...

分子名称: Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 72.308328 KDa
配列文字列: MMKRCFSILP QNVRFSSKFT SLNLPKLDLA DFIDSNKRGI NVLPSYRDET ASTTQATNSK ELRLLSKTLQ GQSYRDQLEL NPDVSKAIN NNIMAVHIPN NLRRVATNYY KEIQEPNSLH RPCRTKMEVD AHIASIFLQN YGSIFQSLKE LQKRVGPDNF K PQRILDVG ...文字列:
MMKRCFSILP QNVRFSSKFT SLNLPKLDLA DFIDSNKRGI NVLPSYRDET ASTTQATNSK ELRLLSKTLQ GQSYRDQLEL NPDVSKAIN NNIMAVHIPN NLRRVATNYY KEIQEPNSLH RPCRTKMEVD AHIASIFLQN YGSIFQSLKE LQKRVGPDNF K PQRILDVG YGPATGIVAL NDILGPNYRP DLKDAVILGN AEMQERAKII LSRQLNEVVD TVEENVSTEK EQETDRRNKN FQ EDEHIGE VMTKKINIMT NLRSSIPASK EYDLIILTHQ LLHDGNQFPI QVDENIEHYL NILAPGGHIV IIERGNPMGF EII ARARQI TLRPENFPDE FGKIPRPWSR GVTVRGKKDA ELGNISSNYF LKVIAPCPHQ RKCPLQVGNP NFYTHKEGKD LKFC NFQKS IKRPKFSIEL KKGKLLATSW DGSQGNASRL KGTGRRNGRD YEILNYSYLI FERSHKDENT LKEIKKLRNE NVNGK YDIG SLGDDTQNSW PRIINDPVKR KGHVMMDLCA PSGELEKWTV SRSFSKQIYH DARKSKKGDL WASAAKTQIK GLGDLN VKK FHKLEKERIK QLKKEERQKA RKAMESYNEL EDSLQFDDHQ FSNFEVMKKL STFHGNDFLQ HVNRK

+
分子 #2: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 39.045031 KDa
配列文字列: MGTITVVINE GPILLIRALH RATTNKKMFR STVWRRFAST GEIAKAKLDE FLIYHKTDAK LKPFIYRPKN AQILLTKDIR DPKTREPLQ PRPPVKPLSK QTLNDFIYSV EPNSTELLDW FKEWTGTSIR KRAIWTYISP IHVQKMLTAS FFKIGKYAHM V GLLYGIEH ...文字列:
MGTITVVINE GPILLIRALH RATTNKKMFR STVWRRFAST GEIAKAKLDE FLIYHKTDAK LKPFIYRPKN AQILLTKDIR DPKTREPLQ PRPPVKPLSK QTLNDFIYSV EPNSTELLDW FKEWTGTSIR KRAIWTYISP IHVQKMLTAS FFKIGKYAHM V GLLYGIEH KFLKAQNPSV FDIEHFFNTN IMCALHRNRL KDYKDAEIAQ RKLQVAWKKV LNRKNNTGLA NILVATLGRQ IG FTPELTG LQPVDISLPD IPNSSSGAEL KDLLSKYEGI YLIARTLLDI DQHNAQYLEL QEFIRQYQNA LSESSDPYDT HLK ALGLLE TPPPQESTEK EEK

+
分子 #3: Ribosomal protein VAR1, mitochondrial

分子名称: Ribosomal protein VAR1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 47.170996 KDa
配列文字列: MKLKLLNMIL SMMNKTNNNN NIIINNTLDS LMNKKLLLKN MLLDMNNKKM NNMKRMLNNN NMNPAGANPV VHRIGPAGNI NNKLQHLNN MNNWNTQIYN YNKNMEIMNT MNDKLINKLL YKMMTLKLNN MNINKIIMSK TINQHSLNKL NIKFYYYNND I NNNNNNNN ...文字列:
MKLKLLNMIL SMMNKTNNNN NIIINNTLDS LMNKKLLLKN MLLDMNNKKM NNMKRMLNNN NMNPAGANPV VHRIGPAGNI NNKLQHLNN MNNWNTQIYN YNKNMEIMNT MNDKLINKLL YKMMTLKLNN MNINKIIMSK TINQHSLNKL NIKFYYYNND I NNNNNNNN NNYYMNMMNK LMNIMNNNMN NNLCNILSYY YKKKVTIEPI KLSYIYLNSD IFSKYISLND MDKYNNGILT NY QRMLNNI MPKLNDHNIS MNYINNINNI NNNKYNNMIN LLNNNNNINN NNNYNNNNNN YIGNINNIYN NMTIDNIPMD ILM YKYLVG WSIKFKGRLS NNNGRTSTTN LLNGTFNNKK YLWSNINNNY KLNYIPSNHN LYNNSNINKN GKYNIKVKLN FI

+
分子 #4: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1

分子名称: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 101.568547 KDa
配列文字列: MYMARCGPKN NVLCFPFQLS FLFSKRLINK RFKYTLQTED EKNMMGSLSK NKIITPEDVE FKLAQLREFS NTLKERIHNT KSVNSDGHQ SNSIAPISED SRNVNVTKTS SVPNEEKSKN LSDLIHSSFL EKMDHLVPKV IRERVADDDI LAKNLFDRSH S NWAPVIDR ...文字列:
MYMARCGPKN NVLCFPFQLS FLFSKRLINK RFKYTLQTED EKNMMGSLSK NKIITPEDVE FKLAQLREFS NTLKERIHNT KSVNSDGHQ SNSIAPISED SRNVNVTKTS SVPNEEKSKN LSDLIHSSFL EKMDHLVPKV IRERVADDDI LAKNLFDRSH S NWAPVIDR LYVSEKRFMD IDSREFSVWL NGTVKYLPFH SILHLDEMLL EQINGDVVKF NTHMYECIFN NLGNLKPTNF NQ DGTNDKV ILKMKELLER YDKALKITEE RINKKEGFPS KVPKMTQAIL NNCLKYSTKC SSFHDMDYFI TKFRDDYGIT PNK QNLTTV IQFYSRKEMT KQAWNTFDTM KFLSTKHFPD ICTYNTMLRI CEKERNFPKA LDLFQEIQDH NIKPTTNTYI MMAR VLASS SSNAVVSEGK SDSLRLLGWK YLHELEDKNL YRHKKDDLNL FLAMMALAAF DGDIELSRAL YYLFIAKKYK TLCAN WKGN ILVDQDTIWK STLMPEMLNY LMLAYARFDP RNLPVLSGYE KGIELRRKFL REFDSSMRLD DTDKLVKFKL PFLPIS DLN SEAQVLAESN AIWSFNMENG GTRNTLTSSN EAALEDIKKY RQLLDSFAQE AEDFNEFKFK VMYEVTKMQR ESINVNV FN KISLHTYLSI PINLKQQKEF LRRLTFFTFQ QHEFEAVIKR LYEGYRNIPS SHTRDQNSIS TEAISVSKPE TTEDLNLI M HDIWYITCLR HKIMMDTTLY ELVMKAAIEF QNEDLAKKVW NDRGKFRTTV PFLKMDQRIR IAKDQKFAHL MVEFFTKQG KYSDAIAIIL SSKNRFNWTY SMVRNLHKAL EEIEDRNSVE ILLDVVNKKS HAKALKWEEQ ELNM

+
分子 #5: 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 16.121047 KDa
配列文字列:
MVVHILGKGF KGKEVIKIAL ASKFYGIGKT TAEKICSKLG FYPWMRMHQL SEPQIMSIAS ELSTMTIEGD ARAIVKDNIA LKRKIGSYS GMRHTLHLPV RGQHTRNNAK TARKLNKIDR RGIHTFSQAK VQHNPSLWSC IFGK

+
分子 #6: 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 13.563061 KDa
配列文字列:
MGNFRFPIKT KLPPGFINAR ILRDNFKRQQ FKENEILVKS LKFIARNMNL PTKLRLEAQL KLNALPNYMR STQIKNRCVD SGHARFVLS DFRLCRYQFR ENALKGNLPG VKKGIW

+
分子 #7: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 33.116383 KDa
配列文字列: MSIVGRNAIL NLRISLCPLF MGKRSFVSSP VSNSAKAVKF LKAQRRKQKN EAKQATLKAS TDKVDPVLGR ADTPFITRIM AELKEPLVL SKGYNIEEVD KFLAAIESAK RERAELSGLN TEVVGIEDIE KLEDRREAIL RILSMRNSEN KNAIKMAVEL A RKEFERFP ...文字列:
MSIVGRNAIL NLRISLCPLF MGKRSFVSSP VSNSAKAVKF LKAQRRKQKN EAKQATLKAS TDKVDPVLGR ADTPFITRIM AELKEPLVL SKGYNIEEVD KFLAAIESAK RERAELSGLN TEVVGIEDIE KLEDRREAIL RILSMRNSEN KNAIKMAVEL A RKEFERFP GDTGSSEVQA ACMTVRIQNM ANHIKEHRKD FANTRNLRIL VQQRQAILRY LKRDNPEKYY WTIQKLGLND AA ITDEFNM DRRYMQDYEF FGDKILIRDS KKVANQKRKE IRKQKRATF

+
分子 #8: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 13.663011 KDa
配列文字列:
MTCGLVRIRL ARFGRKNSPV YNIVVANSRK ARDAKPIEVL GTYVPVPSPV TKRELKRGVV PIKDVKLDFD RTKYWIGVGA QPSETVTKL LRKAGILNDA WATSKNSNVN RKVVFERMET LE

+
分子 #9: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 27.683986 KDa
配列文字列: MARQNFLGLV VSQGKMQKTV KVRVETKVFN KKINKELFHR RDYLVHDEGE ISREGDLVRI EATRPLSKRK FFAIAEIIRN KGQQFALYE SEAQLSVAKE EAQKAKEFLD KRSVRENKLN EKTTLLRDIR TIQDALSSGS TPKELLEIKQ RYGIQDFSQE T VRQLLQLD ...文字列:
MARQNFLGLV VSQGKMQKTV KVRVETKVFN KKINKELFHR RDYLVHDEGE ISREGDLVRI EATRPLSKRK FFAIAEIIRN KGQQFALYE SEAQLSVAKE EAQKAKEFLD KRSVRENKLN EKTTLLRDIR TIQDALSSGS TPKELLEIKQ RYGIQDFSQE T VRQLLQLD ISGLEVNLEK QRSLIDRIQT RLSELLSNDL KCDQFLKDHG VEDPLTLKKN IKKNLLRKHV MMDMQQPSQ

+
分子 #10: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 15.86649 KDa
配列文字列:
MQPIIKGAVS STFKRALYNF GIKEKKSVNI EMGRTQQTKK IDQSLSKKLP KGTIYDPFDF SMGRIHLDRK YQANKNSNRN DIMKSGANP LEFYARPRIL SRYVTSTGRI QHRDITGLSA KNQRRLSKAI RRCQAIGLM

+
分子 #11: 37S ribosomal protein S19, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S19, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 10.292044 KDa
配列文字列:
MQPAARLLSR SVWKGPNIVP LPIREAMTKG TPIRTNARAA TILPQFVGLK FQIHNGKEYV PIEISEDMVG HKLGEFAPTR KRFSYTQTK NK

+
分子 #12: 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 20.432744 KDa
配列文字列:
MLKSTLRLSR ISLRRGFTTI DCLRQQNSDI DKIILNPIKL AQGSNSDRGQ TSKSKTDNAD ILSMEIPVDM MQSAGRINKR ELLSEAEIA RSSVENAQMR FNSGKSIIVN KNNPAESFKR LNRIMFENNI PGDKRSQRFY MKPGKVAELK RSQRHRKEFM M GFKRLIEI VKDAKRKGY

+
分子 #13: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 30.554354 KDa
配列文字列: MKIQTNAVNV LQRTSAYLKS GLLKETPAWY NVVASIPPST KFTREPRFKN PSNGHIIGKL VDVTEQPHAN NKGLYKTRPN SSDKRVGVK RLYRPPKLTY VEDRLRSLFY KQHPWELSRP KILVENEIGD ENYDWSHMLQ IGRPLDGESV IQRTMYLIKT K QYGDMVEA ...文字列:
MKIQTNAVNV LQRTSAYLKS GLLKETPAWY NVVASIPPST KFTREPRFKN PSNGHIIGKL VDVTEQPHAN NKGLYKTRPN SSDKRVGVK RLYRPPKLTY VEDRLRSLFY KQHPWELSRP KILVENEIGD ENYDWSHMLQ IGRPLDGESV IQRTMYLIKT K QYGDMVEA YDHARYEFYA LRMQEETEQQ VALEEAEMFG SLFGVSAIEH GIQKEQEVLD VWEKKVVEET ELMAARTSNP AG SWKDDTT LNTAQEEEST TSENLHF

+
分子 #14: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 36.059281 KDa
配列文字列: MGKGAAKYGF KSGVFPTTRS ILKSPTTKQT DIINKVKSPK PKGVLGIGYA KGVKHPKGSH RLSPKVNFID VDNLIAKTVA EPQSIKSSN GSAQKVRLQK AELRRKFLIE AFRKEEARLL HKHEYLQKRT KELEKAKELE LEKLNKEKSS DLTIMTLDKM M SQPLLRNR ...文字列:
MGKGAAKYGF KSGVFPTTRS ILKSPTTKQT DIINKVKSPK PKGVLGIGYA KGVKHPKGSH RLSPKVNFID VDNLIAKTVA EPQSIKSSN GSAQKVRLQK AELRRKFLIE AFRKEEARLL HKHEYLQKRT KELEKAKELE LEKLNKEKSS DLTIMTLDKM M SQPLLRNR SPEESELLKL KRNYNRSLLN FQAHKKKLNE LLNLYHVANE FIVTESQLLK KIDKVFNDET EEFTDAYDVT SN FTQFGNR KLLLSGNTTL QTQINNAIMG SLSNEKFFDI SLVDSYLNKD LKNISNKIDS KLNPTSNGAG NNGNNNNTTN L

+
分子 #15: 37S ribosomal protein S23, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S23, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 50.940742 KDa
配列文字列: MLRMSTSRFI GQRLFTTARS LQAAKPAPKG KTQGFSKKSS SVSSYSSAKR VTPGSLYKNW TNTTHTAQLQ QTAVPLALPI FNFDDISKT LNKVVSYSNK QYKSLHHLGS FKKSQFNELF QKPVCLVRED ATNSFLKKLV SHPVKKFIIT GEPGVGKTVL L SQAHAYAV ...文字列:
MLRMSTSRFI GQRLFTTARS LQAAKPAPKG KTQGFSKKSS SVSSYSSAKR VTPGSLYKNW TNTTHTAQLQ QTAVPLALPI FNFDDISKT LNKVVSYSNK QYKSLHHLGS FKKSQFNELF QKPVCLVRED ATNSFLKKLV SHPVKKFIIT GEPGVGKTVL L SQAHAYAV DSKQIIINIS YPELFLNGRN DFSYDDDLKL FIQPMYLKKL IRKILKANDP ALLKSIELSK DYKFSNANPK NA SVKPFVT LNKTKNTVLD LLSVMTHPHN RGKLMKAIID ELSVQSKVPI MFTVDNFSKV LTTAYSAYRN TENKQIYSLD LQM GKLMMD IISGETKFAN GESSTILAIS GVDRTNKTLP VALGKIPVDP YVTRYHYEPK FVELLQKGNV TEFEVPKLNK QEVN ELIDY YKQSNVLLDK DITGKKWENL IDEKYFLSGN GNPRELLKSL VLSHR

+
分子 #16: Mitochondrial 37S ribosomal protein S27

分子名称: Mitochondrial 37S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.420666 KDa
配列文字列:
MNVPKARLLK VAELSAKIFD QNFNPSGIRT GSKILNERLK GPSVASYYGN PDILKFRHLK TLYPDIEFVD LEEQYRLSMV EAKKRRGKG APKKMKKDAA ATAKGKGKKK K

+
分子 #17: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 37.458496 KDa
配列文字列: MKVPLGLWKV SRGNLWSTQK RVLTMSRCLN SDAGNEAKTV REGPAFSADL YMHPEKWKGL PPQRILELYW ERMARLGSEY KPNKDELNA LLTTSEYSNV PVNDIKKLYH RGEQGAIDIK GGNVNRDNSL RPFMFDELPS QAQELVAQHR EQRFYNRLAA Y ELPLLAQY ...文字列:
MKVPLGLWKV SRGNLWSTQK RVLTMSRCLN SDAGNEAKTV REGPAFSADL YMHPEKWKGL PPQRILELYW ERMARLGSEY KPNKDELNA LLTTSEYSNV PVNDIKKLYH RGEQGAIDIK GGNVNRDNSL RPFMFDELPS QAQELVAQHR EQRFYNRLAA Y ELPLLAQY RQEYKRPSPE SHPVTYRYTS YVGEEHPNSR KVVLSVKTKE LGLEEKSLHK FRILARSRYD HTTDIFKMSS DK FEHASQN ARYLHDILQR LLAESKDLTE DDFSDVPLDT RHTIAKSLRK KKRDYEFPEH WKRPEDAPKK KFDIVDQLLS TL

+
分子 #18: 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 10.709598 KDa
配列文字列:
MSGKPPVYRL PPLPRLKVKK PIIRQEANKC LVLMSNLLQC WSSYGHMSPK CAGLVTELKS CTSESALGKR NNVQKSNINY HAARLYDRI NGKPHD

+
分子 #19: 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 39.507457 KDa
配列文字列: MTLAELLGRS RIAQVANNHK PLTYTGKKFH PTHQIIETKP STLYRQEWGL KSAIPSKIKS RYLVYNDLDT LERITTFEPR GGTQWNRLR FQEMGVPIVS NIGRQNPFFK YISRPEDESH AKLSLFKEMK GDTDISPAAM KKRLKKITAL IRSFQDEFKE W LVENHPDE ...文字列:
MTLAELLGRS RIAQVANNHK PLTYTGKKFH PTHQIIETKP STLYRQEWGL KSAIPSKIKS RYLVYNDLDT LERITTFEPR GGTQWNRLR FQEMGVPIVS NIGRQNPFFK YISRPEDESH AKLSLFKEMK GDTDISPAAM KKRLKKITAL IRSFQDEFKE W LVENHPDE LKLNSNKLED YVVKFLNKKL ETKTNKKFNT EIIGTGGLSY SLPGKLKNSP NGVIQRTVVP GRILNVVKEN ND NKWLAAI GGFVADVVFF QSPPSSFNSM GDFIRMKTFL FEILEASMEK NGSVSMHARL LEPQNDKTRE FFNKRPIYKP LTS RRARRP SVGNIQEANN LLNIIKGN

+
分子 #20: 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 44.205727 KDa
配列文字列: MQRHVFARNF RRLSLLRNPS LTKRFQSSAS GAANTPNNND EVMLLQQKLL YDEIRSELKS LSQVPEDEIL PELKKSLEQD KLSDKEQQL EAELSDFFRN YALLNKLFDS KTLDGQSSTT TAAATPTKPY PNLIPSANDK PYSSQELFLR QLNHSMRTAK L GATISKVY ...文字列:
MQRHVFARNF RRLSLLRNPS LTKRFQSSAS GAANTPNNND EVMLLQQKLL YDEIRSELKS LSQVPEDEIL PELKKSLEQD KLSDKEQQL EAELSDFFRN YALLNKLFDS KTLDGQSSTT TAAATPTKPY PNLIPSANDK PYSSQELFLR QLNHSMRTAK L GATISKVY YPHKDIFYPP LPENITVESL MSAGVHLGQS TSLWRSSTQS YIYGEYKGIH IIDLNQTLSY LKRAAKVVEG VS ESGGIIL FLGTRQGQKR GLEEAAKKTH GYYVSTRWIP GTLTNSTEIS GIWEKQEIDS NDNPTERALS PNETSKQVKP DLL VVLNPT ENRNALLEAI KSRVPTIAII DTDSEPSLVT YPIPGNDDSL RSVNFLLGVL ARAGQRGLQN RLARNNEK

+
分子 #21: Protein FYV4, mitochondrial

分子名称: Protein FYV4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 15.321684 KDa
配列文字列:
MIPSRISHKF PLFLRSSLAA PKAAYRFSST IPKPSDQVPD VDAFLNKIGR NCNELKDTFE NNWNNLFQWD SKILKEKGVN IQQRKYILK QVHNYRNNRP IHEIKLGKKS FFGGERKRKA FTAKWKAENK Q

+
分子 #22: 37S ribosomal protein S26, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S26, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 30.257449 KDa
配列文字列: MLVFKRGIHV VPKLPNSKAL LQNGVPNILS SSGFKTVWFD YQRYLCDKLT LATAGQSLES YYPFHILLKT AGNPLQSNIF NLASSIHNN HLFVENILPS AVEHGTNSNA VVKTEPSRLF LSKIKDSFNG SDWEVVKEEM IYRAENEVLG QGWLFLVENN E KKLFILTS ...文字列:
MLVFKRGIHV VPKLPNSKAL LQNGVPNILS SSGFKTVWFD YQRYLCDKLT LATAGQSLES YYPFHILLKT AGNPLQSNIF NLASSIHNN HLFVENILPS AVEHGTNSNA VVKTEPSRLF LSKIKDSFNG SDWEVVKEEM IYRAENEVLG QGWLFLVENN E KKLFILTS NNNGTPYYFP RNQSFDLNSA ISIDEFATLK QMKELIGKST KLNGKVQDWT MPIICVNLWD HAYLHDYGVG NR SKYVKNV LDNLNWSVVN NRIFSGISK

+
分子 #23: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 56.450949 KDa
配列文字列: MPRKANLLKS LARGRVRTSF NKYNLFNLYK KGGVDLKSKS LYQQKWTAKQ ETRAYHGEHL TEKRWQTVFK PKLDSVAQLD ASLRGGEIK ETPFLLQTFA VLEKRLDFAL FRAMFASSVR QARQFILHGN VRVNGVKIKH PSYTLKPGDM FSVKPDKVLE A LGAKKPSF ...文字列:
MPRKANLLKS LARGRVRTSF NKYNLFNLYK KGGVDLKSKS LYQQKWTAKQ ETRAYHGEHL TEKRWQTVFK PKLDSVAQLD ASLRGGEIK ETPFLLQTFA VLEKRLDFAL FRAMFASSVR QARQFILHGN VRVNGVKIKH PSYTLKPGDM FSVKPDKVLE A LGAKKPSF QEALKIDKTQ IVLWNKYVKE AKTEPKEVWE KKLENFEKMS DSNPKKLQFQ EFLRQYNKNL ESQQYNALKG CT QEGILRK LLNVEKEIGK SNNEPLSIDE LKQGLPEIQD SQLLESLNNA YQEFFKSGEI RREIISKCQP DELISLATEM MNP NETTKK ELSDGAKSAL RSGKRIIAES VKLWTKNITD HFKTRMSDIS DGSLTFDPKW AKNLKYHDPI KLSELEGDEP KARK LINLP WQKNYVYGRQ DPKKPFFTPW KPRPFLSPFA ILPHHLEISF KTCHAVYLRD PVARPGQSEV ISPFDVPVHE RAYMY YLRN GK

+
分子 #24: 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 36.775781 KDa
配列文字列: MLRFTGARAI RKYSTRYALE HLKEGAPLKG LFSIEGLQKA WFDRVKYLDA KLNDCTNEAQ QKPLETLIHE NSKSASKKHI VNYASSLYN LKFSMSSLQG CIRTPPEECP RLGPEALLQT PDFNRTISNE PLTTGNERLQ AALISSFGSL MEFRTLLINS N LAISGDGF ...文字列:
MLRFTGARAI RKYSTRYALE HLKEGAPLKG LFSIEGLQKA WFDRVKYLDA KLNDCTNEAQ QKPLETLIHE NSKSASKKHI VNYASSLYN LKFSMSSLQG CIRTPPEECP RLGPEALLQT PDFNRTISNE PLTTGNERLQ AALISSFGSL MEFRTLLINS N LAISGDGF TWLVARRQLD KRAMRNDMPN RDIEYDKLFI LNTYNAGTPF NFSTSGVMNE LNNQYTNMEK QRAKEAGNLE DS EMTAKQA KTKFIYETQQ KGFSGKEVSY IPLLAIDASP KTWLTDYGVF GKREYLERVW DSIEWKIVES RLPQRTKIQA FNT L

+
分子 #25: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 34.941102 KDa
配列文字列: MFKRQLSTSV RYLQHYDESL LSRYYPESLL KSIKLAQQTI PEDTKFRVSR NVEFAPPYLD DFTKIHPFWD YKPGMPHLHA QEENNNFSI FRWDQVQQPL PGEGNILPPG VSLPNDGGRK SKSADVAAGL HKQTGVDPDY ITRKLTMKPL VMKRVSNQTG K GKIASFYA ...文字列:
MFKRQLSTSV RYLQHYDESL LSRYYPESLL KSIKLAQQTI PEDTKFRVSR NVEFAPPYLD DFTKIHPFWD YKPGMPHLHA QEENNNFSI FRWDQVQQPL PGEGNILPPG VSLPNDGGRK SKSADVAAGL HKQTGVDPDY ITRKLTMKPL VMKRVSNQTG K GKIASFYA LVVVGDKNGM VGLGEGKSRE EMSKAIFKAH WDAVRNLKEI PRYENRTIYG DIDFRYHGVK LHLRSAKPGF GL RVNHVIF EICECAGIKD LSGKVYKSRN DMNIAKGTIE AFTKAQKTLD EVALGRGKKL VDVRKVYYSS

+
分子 #26: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 15.046702 KDa
配列文字列:
MLYELIGLVR ITNSNAPKLE AKELSSTIGK LIIQNRGVVR DIVPMGIRYL PKIMKKDQEK HFRAYHFLML FDSSAAVQSE ILRTLKKDP RVIRSSIVKV DLDKQLDRAS SLHRSLGKKS ILELVNEDYQ SI

+
分子 #27: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 39.638172 KDa
配列文字列: MSYGLTGTSS KLRGTSSIFS WTQVRHFSRR RIAYPFYPFK KLGRQHPKKH DTNLKTAMRQ FLGPKNYKGE YVMNKYFTVP TNHVPNYIK PDLERGQSLE HPVTKKPLQL RYDGTLGPPP VENKRLQNIF KDRLLQPFPS NPHCKTNYVL SPQLKQSIFE E ITVEGLSA ...文字列:
MSYGLTGTSS KLRGTSSIFS WTQVRHFSRR RIAYPFYPFK KLGRQHPKKH DTNLKTAMRQ FLGPKNYKGE YVMNKYFTVP TNHVPNYIK PDLERGQSLE HPVTKKPLQL RYDGTLGPPP VENKRLQNIF KDRLLQPFPS NPHCKTNYVL SPQLKQSIFE E ITVEGLSA QQVSQKYGLK IPRVEAIVKL VSVENSWNRR NRVSSDLKTM DETLYRMFPV FDSDASFKRE NLSEIPVPQK TL ASRFLTI AESEPFGPVD AAHVLELEPA VETLRNLSTV GEHSSGHQQS TNKNTKVIYG ELVEGERSQY KFTNAKVGKV GYR YGSGNR DNKKDRRIGF NKLGQMVYI

+
分子 #28: 37S ribosomal protein S7, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 27.857141 KDa
配列文字列: MLHCARRYML VRPRLLWQSG TCVARFQSSV RTPASEPSAE KGVDEWLEAI NELREEFSAK EYLPETSLAP PGQSKVDLLQ GSQAGSKIK PTAEQLAQWE ALKSVPIPPR KNATLDHITN MIMRHGKKEK AQTILSRALY LVYCQTRQDP IQALEKSLDE L APLMMTKT ...文字列:
MLHCARRYML VRPRLLWQSG TCVARFQSSV RTPASEPSAE KGVDEWLEAI NELREEFSAK EYLPETSLAP PGQSKVDLLQ GSQAGSKIK PTAEQLAQWE ALKSVPIPPR KNATLDHITN MIMRHGKKEK AQTILSRALY LVYCQTRQDP IQALEKSLDE L APLMMTKT FNTGVAKASV IPVPLNKRQR NRIAWNWIVQ SANQRVSSDF AVRLGEELTA IAKGTSSAFE KRDQIHKTAI AH RAYIQLK

+
分子 #29: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 17.496602 KDa
配列文字列:
MSLVKLANTC AHLQNCSKVR VALTSIPYTK LQLQFAYNLY QQGFLSSLQK GSTMGPDKDF VEVTPDNIST RRLWVGLKYR DNKPVLSSC KLISKPNSRI HLPMEDMKKL CSGVTIRNIK PLQPGELILV RAHNNIMDIN EAISKKLDGE VLCRVK

+
分子 #30: 37S ribosomal protein S9, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 31.980258 KDa
配列文字列: MFSRLSLFRR AALAPAPMRM SFRTIYQKTE DELPRRIVPK LATFYSANPN HEDRINRLER LLRKYIKLPS QNNNEAQQTK APWISFDEY ALIGGGTKLK PTQYTQLLYM LNKLHNIDPQ LTNDEITSEL SQYYKKSSML SNNIKIKTLD EFGRSIAVGK R KSSTAKVF ...文字列:
MFSRLSLFRR AALAPAPMRM SFRTIYQKTE DELPRRIVPK LATFYSANPN HEDRINRLER LLRKYIKLPS QNNNEAQQTK APWISFDEY ALIGGGTKLK PTQYTQLLYM LNKLHNIDPQ LTNDEITSEL SQYYKKSSML SNNIKIKTLD EFGRSIAVGK R KSSTAKVF VVRGTGEILV NGRQLNDYFL KMKDRESIMY PLQVIESVGK YNIFATTSGG GPTGQAESIM HAIAKALVVF NP LLKSRLH KAGVLTRDYR HVERKKPGKK KARKMPTWVK R

+
分子 #32: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 23.45892 KDa
配列文字列: MLRNTIALRS FIRTQSTRPY PVNVEAVYYA PLKLPIKYGD LVADIQLRSY DNENLDFYSD FILRTGYYLG IPLTGPKPLP TRRERWTVI KSPFVHAKSK ENFERHTHKR LIRAWDTNPE VLQMLIAYIT KHSMAGVGMK CNFFQRSEIS LDLGSDANGL E KSLSNIDE ...文字列:
MLRNTIALRS FIRTQSTRPY PVNVEAVYYA PLKLPIKYGD LVADIQLRSY DNENLDFYSD FILRTGYYLG IPLTGPKPLP TRRERWTVI KSPFVHAKSK ENFERHTHKR LIRAWDTNPE VLQMLIAYIT KHSMAGVGMK CNFFQRSEIS LDLGSDANGL E KSLSNIDE LYSLRNDDKA QTSAVGQKVL ELLDSPDFKK HLEKK

+
分子 #33: 37S ribosomal protein S18, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S18, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 24.60342 KDa
配列文字列: MLLQPVWKGC RWTQFVRPIR RWNSTGTNRG VPFSFKDISN QEDITNISYP SSSDSVLTKS NGSSEVYKPK EEVVKYILHG KFTKNNTHL TFSSVVEDKN FHKNKGLTYN DTMLYYLNLP QKVKISLSTG CLGFRKAARG EYEAAFQTSG RMFELIKEKN M LNKDIEVV ...文字列:
MLLQPVWKGC RWTQFVRPIR RWNSTGTNRG VPFSFKDISN QEDITNISYP SSSDSVLTKS NGSSEVYKPK EEVVKYILHG KFTKNNTHL TFSSVVEDKN FHKNKGLTYN DTMLYYLNLP QKVKISLSTG CLGFRKAARG EYEAAFQTSG RMFELIKEKN M LNKDIEVV MDDFGKGRAA FISALVGKEG ASVVKKVVKI SDATKLKFGG VRSPKMRRL

+
分子 #34: unknown protein sequence

分子名称: unknown protein sequence / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 8.017875 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #35: MRPS12 isoform 1

分子名称: MRPS12 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 16.94874 KDa
配列文字列:
MLSRFMSNTW CTPLRQAQRL FSSTTTMQAT LNQIKRGSGP PRRKKISTAP QLDQCPQRKG VVLRVMVLKP KKPNSAQRKA CRVRLTNGN VVSAYIPGEG HDAQEHSIVY VRGGRCQDLP GVKYHVIRGA GDLSGVVNRI SSRSKYGAKK PSKS

+
分子 #31: 15S ribosomal RNA

分子名称: 15S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 549.234062 KDa
配列文字列: UUUUAUAUAA UAAUAAUAAU AUAUAUAUAU AUAUAUUAUU AUAUUAGUUA UAUAAUAAGG AAAAGUAAAA AAUUUAUAAG AAUAUGAUG UUGGUUCAGA UUAAGCGCUA AAUAAGGACA UGACACAUGC GAAUCAUACG UUUAUUAUUG AUAAGAUAAU A AAUAUGUG ...文字列:
UUUUAUAUAA UAAUAAUAAU AUAUAUAUAU AUAUAUUAUU AUAUUAGUUA UAUAAUAAGG AAAAGUAAAA AAUUUAUAAG AAUAUGAUG UUGGUUCAGA UUAAGCGCUA AAUAAGGACA UGACACAUGC GAAUCAUACG UUUAUUAUUG AUAAGAUAAU A AAUAUGUG GUGUAAACGU GAGUAAUUUU AUUAGGAAUU AAUGAACUAU AGAAUAAGCU AAAUACUUAA UAUAUUAUUA UA UAAAAAU AAUUUAUAUA AUAAAAAGGA UAUAUAUAUA AUAUAUAUUU AUCUAUAGUC AAGCCAAUAA UGGUUUAGGU AGU AGGUUU AUUAAGAGUU AAACCUAGCC AACGAUCCAU AAUCGAUAAU GAAAGUUAGA ACGAUCACGU UGACUCUGAA AUAU AGUCA AUAUCUAUAA GAUACAGCAG UGAGGAAUAU UGGACAAUGA UCGAAAGAUU GAUCCAGUUA CUUAUUAGGA UGAUA UAUA AAAAUAUUUU AUUUUAUUUA UAAAUAUUAA AUAUUUAUAA UAAUAAUAAU AAUAAUAUAU AUAUAUAAAU UGAUUA AAA AUAAAAUCCA UAAAUAAUUA AAAUAAUGAU AUUAAUUACC AUAUAUAUUU UUAUAUGGAU AUAUAUAUUA AUAAUAA UA UUAAUUUUAU UAUUAUUAAU AAUAUAUUUU AAUAGUCCUG ACUAAUAUUU GUGCCAGCAG UCGCGGUAAC ACAAAGAG G GCGAGCGUUA AUCAUAAUGG UUUAAAGGAU CCGUAGAAUG AAUUAUAUAU UAUAAUUUAG AGUUAAUAAA AUAUAAUUA AAGAAUUAUA AUAGUAAAGA UGAAAUAAUA AUAAUAAUUA UAAGACUAAU AUAUGUGAAA AUAUUAAUUA AAUAUUAACU GACAUUGAG GGAUUAAAAC UAGAGUAGCG AAACGGAUUC GAUACCCGUG UAGUUCUAGU AGUAAACUAU GAAUACAAUU A UUUAUAAU AUAUAUUAUA UAUAAAUAAU AAAUGAAAAU GAAAGUAUUC CACCUGAAGA GUACGUUAGC AAUAAUGAAA CU CAAAACA AUAGACGGUU ACAGACUUAA GCAGUGGAGC AUGUUAUUUA AUUCGAUAAU CCACGACUAA CCUUACCAUA UUU UGAAUA UUAUAAUAAU UAUUAUAAUU AUUAUAUUAC AGGCGUUACA UUGUUGUCUU UAGUUCGUGC UGCAAAGUUU UAGA UUAAG UUCAUAAACG AACAAAACUC CAUAUAUAUA AUUUUAAUUA UAUAUAAUUU UAUAUUAUUU AUUAAUAUAA AGAAA GGAA UUAAGACAAA UCAUAAUGAU CCUUAUAAUA UGGGUAAUAG ACGUGCUAUA AUAAAAUGAU AAUAAAAUUA UAUAAA AUA UAUUUAAUUA UAUUUAAUUA AUAAUAUAAA ACAUUUUAAU UUUUAAUAUA UUUUUUUAUU AUAUAUUAAU AUGAAUU AU AAUCUGAAAU UCGAUUAUAU GAAAAAAGAA UUGCUAGUAA UACGUAAAUU AGUAUGUUAC GGUGAAUAUU CUAACUGU U UCGCACUAAU CACUCAUCAC GCGUUGAAAC AUAUUAUUAU CUUAUUAUUU AUAUAAUAUU UUUUAAUAAA UAUUAAUAA UUAUUAAUUU AUAUUUAUUU AUAUCAGAAA UAAUAUGAAU UAAUGCGAAG UUGAAAUACA GUUACCGUAG GGGAACCUGC GGUGGGCUU AUAAAUAUCU UAAAUAUUCU UACA

+
分子 #36: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #37: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 72 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #38: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

+
分子 #39: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.73 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 3286640
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab Initio (Cryosparc)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX (ver. 1.19) / 使用した粒子像数: 54519
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5mrc

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8d8k:
Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る