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万見
- EMDB-25229: In situ subtomogram average of the Goslar major phage nucleus she... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25229
タイトルIn situ subtomogram average of the Goslar major phage nucleus shell protein, chimallin (consensus class)
マップデータ
試料
  • 複合体: Goslar chimallin in the context of the phage nucleus
生物種Goslarvirus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Laughlin TG / Deep A / Prichard AM / Gu Y / Enustun E / Suslov S / Khanna K / Birkholz EA / Amaro RE / Pogliano J ...Laughlin TG / Deep A / Prichard AM / Gu Y / Enustun E / Suslov S / Khanna K / Birkholz EA / Amaro RE / Pogliano J / Corbett KD / Villa E
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM129245 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF DBI 1920374 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Architecture and self-assembly of the jumbo bacteriophage nuclear shell.
著者: Thomas G Laughlin / Amar Deep / Amy M Prichard / Christian Seitz / Yajie Gu / Eray Enustun / Sergey Suslov / Kanika Khanna / Erica A Birkholz / Emily Armbruster / J Andrew McCammon / Rommie E ...著者: Thomas G Laughlin / Amar Deep / Amy M Prichard / Christian Seitz / Yajie Gu / Eray Enustun / Sergey Suslov / Kanika Khanna / Erica A Birkholz / Emily Armbruster / J Andrew McCammon / Rommie E Amaro / Joe Pogliano / Kevin D Corbett / Elizabeth Villa /
要旨: Bacteria encode myriad defences that target the genomes of infecting bacteriophage, including restriction-modification and CRISPR-Cas systems. In response, one family of large bacteriophages uses a ...Bacteria encode myriad defences that target the genomes of infecting bacteriophage, including restriction-modification and CRISPR-Cas systems. In response, one family of large bacteriophages uses a nucleus-like compartment to protect its replicating genomes by excluding host defence factors. However, the principal composition and structure of this compartment remain unknown. Here we find that the bacteriophage nuclear shell assembles primarily from one protein, which we name chimallin (ChmA). Combining cryo-electron tomography of nuclear shells in bacteriophage-infected cells and cryo-electron microscopy of a minimal chimallin compartment in vitro, we show that chimallin self-assembles as a flexible sheet into closed micrometre-scale compartments. The architecture and assembly dynamics of the chimallin shell suggest mechanisms for its nucleation and growth, and its role as a scaffold for phage-encoded factors mediating macromolecular transport, cytoskeletal interactions, and viral maturation.
履歴
登録2021年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25229.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 480. Å		7.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 480. Å		7.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 480. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.53
最小 - 最大-0.29212204 - 1.0426848
平均 (標準偏差)0.013221828 (±0.19230482)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25229_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25229_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25229_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Goslar chimallin in the context of the phage nucleus

全体名称: Goslar chimallin in the context of the phage nucleus
要素
  • 複合体: Goslar chimallin in the context of the phage nucleus

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超分子 #1: Goslar chimallin in the context of the phage nucleus

超分子名称: Goslar chimallin in the context of the phage nucleus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Goslarvirus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: 20 mA, PELCO EasiGLO
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: manual backside blotted using a custom built plunging device.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 6 / 使用した粒子像数: 42416 / 手法: ab initio / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.514)
詳細: Initial reference generated from coarse alignment of pointed sampled orthogonal to the compartment surface.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.09)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用したサブトモグラム数: 4501
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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