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- EMDB-15692: Expanded Coxsackievirus A9 after 0.01% faf-BSA treatment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15692
タイトルExpanded Coxsackievirus A9 after 0.01% faf-BSA treatment
マップデータExpanded RNA containing CVA9 after 0.01% faf-BSA treatment
試料
  • ウイルス: Coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3カプシド
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / DNA複製 / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス) / Coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Domanska A / Plavec Z / Ruokolainen V / Loflund B / Marjomaki VS / Butcher SJ
資金援助 フィンランド, 4件
OrganizationGrant number
Academy of Finland315950 フィンランド
Academy of Finland336471 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
Sigrid Juselius Foundation95-7202-38 フィンランド
引用ジャーナル: J Virol / : 2022
タイトル: Structural Studies Reveal that Endosomal Cations Promote Formation of Infectious Coxsackievirus A9 A-Particles, Facilitating RNA and VP4 Release.
著者: Aušra Domanska / Zlatka Plavec / Visa Ruokolainen / Benita Löflund / Varpu Marjomäki / Sarah J Butcher /
要旨: Coxsackievirus A9 (CVA9), an enterovirus, is a common cause of pediatric aseptic meningitis and neonatal sepsis. During cell entry, enterovirus capsids undergo conformational changes leading to ...Coxsackievirus A9 (CVA9), an enterovirus, is a common cause of pediatric aseptic meningitis and neonatal sepsis. During cell entry, enterovirus capsids undergo conformational changes leading to expansion, formation of large pores, externalization of VP1 N termini, and loss of the lipid factor from VP1. Factors such as receptor binding, heat, and acidic pH can trigger capsid expansion in some enteroviruses. Here, we show that fatty acid-free bovine serum albumin or neutral endosomal ionic conditions can independently prime CVA9 for expansion and genome release. Our results showed that CVA9 treatment with albumin or endosomal ions generated a heterogeneous population of virions, which could be physically separated by asymmetric flow field flow fractionation and computationally by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and image processing. We report cryo-EM structures of CVA9 A-particles obtained by albumin or endosomal ion treatment and a control nonexpanded virion to 3.5, 3.3, and 2.9 Å resolution, respectively. Whereas albumin promoted stable expanded virions, the endosomal ionic concentrations induced unstable CVA9 virions which easily disintegrated, losing their genome. Loss of most of the VP4 molecules and exposure of negatively charged amino acid residues in the capsid's interior after expansion created a repulsive viral RNA-capsid interface, aiding genome release. Coxsackievirus A9 (CVA9) is a common cause of meningitis and neonatal sepsis. The triggers and mode of action of RNA release into the cell unusually do not require receptor interaction. Rather, a slow process in the endosome, independent of low pH, is required. Here, we show by biophysical separation, cryogenic electron microscopy, and image reconstruction that albumin and buffers mimicking the endosomal ion composition can separately and together expand and prime CVA9 for uncoating. Furthermore, we show in these expanded particles that VP4 is present at only ~10% of the occupancy found in the virion, VP1 is externalized, and the genome is repelled by the negatively charged, repulsive inner surface of the capsid that occurs due to the expansion. Thus, we can now link observations from cell biology of infection with the physical processes that occur in the capsid to promote genome uncoating.
履歴
登録2022年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Expanded RNA containing CVA9 after 0.01% faf-BSA treatment
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å
0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å
0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0185
最小 - 最大-0.03760837 - 0.08049
平均 (標準偏差)0.0013763426 (±0.0059161847)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 388.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2 of expanded CVA9 after 0.01% faf-BSA treatment

ファイルemd_15692_half_map_1.map
注釈Half map 2 of expanded CVA9 after 0.01% faf-BSA treatment
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map 1 of expanded CVA9 after 0.01% faf-BSA treatment

ファイルemd_15692_half_map_2.map
注釈Half map 1 of expanded CVA9 after 0.01% faf-BSA treatment
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus A9

全体名称: Coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
要素
  • ウイルス: Coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3カプシド

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超分子 #1: Coxsackievirus A9

超分子名称: Coxsackievirus A9 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12067 / 生物種: Coxsackievirus A9 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: icosahedral / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Viral protein VP1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス)
: Griggs
分子量理論値: 33.86902 KDa
配列文字列: GDVEEAIERA VVHVADTMRS GPSNSASVPA LTAVETGHTS QVTPSDTMQT RHVKNYHSRS ESTVENFLGR SACVYMEEYK TTDNDVNKK FVAWPINTKQ MVQMRRKLEM FTYLRFDMEV TFVITSRQDP GTTLAQDMPV LTHQIMYVPP GGPIPAKVDD Y AWQTSTNP ...文字列:
GDVEEAIERA VVHVADTMRS GPSNSASVPA LTAVETGHTS QVTPSDTMQT RHVKNYHSRS ESTVENFLGR SACVYMEEYK TTDNDVNKK FVAWPINTKQ MVQMRRKLEM FTYLRFDMEV TFVITSRQDP GTTLAQDMPV LTHQIMYVPP GGPIPAKVDD Y AWQTSTNP SIFWTEGNAP ARMSIPFISI GNAYSNFYDG WSNFDQRGSY GYNTLNNLGH IYVRHVSGSS PHPITSTIRV YF KPKHTRA WVPRPPRLCQ YKKAFSVDFT PTPITDTRKD INTVTTVAQS RRRGDMSTLN TH

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Viral protein VP2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス)
: Griggs
分子量理論値: 28.885518 KDa
配列文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGRWPT YLRDDEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSIK WEKGSVGWWW KFPEALSDM GLFGQNMQYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGGAVVGQ AFSATAMANG DKAYEFTSAT Q SDQTKVQT ...文字列:
SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGRWPT YLRDDEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSIK WEKGSVGWWW KFPEALSDM GLFGQNMQYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGGAVVGQ AFSATAMANG DKAYEFTSAT Q SDQTKVQT AIHNAGMGVG VGNLTIYPHQ WINLRTNNSA TIVMPYINSV PMDNMFRHYN FTLMVIPFVK LDYADTASTY VP ITVTVAP MCAEYNGLRL AQAQ

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス)
: Griggs
分子量理論値: 26.335072 KDa
配列文字列: GLPTMNTPGS TQFLTSDDFQ SPCALPQFDV TPSMNIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVNNVQD TTDQMEMFRI PVTINAPLQQ QVFGLRLQP GLDSVFKHTL LGEILNYYAH WSGSMKLTFV FCGSAMATGK FLIAYSPPGA NPPKTRKDAM LGTHIIWDIG L QSSCVLCV ...文字列:
GLPTMNTPGS TQFLTSDDFQ SPCALPQFDV TPSMNIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVNNVQD TTDQMEMFRI PVTINAPLQQ QVFGLRLQP GLDSVFKHTL LGEILNYYAH WSGSMKLTFV FCGSAMATGK FLIAYSPPGA NPPKTRKDAM LGTHIIWDIG L QSSCVLCV PWISQTHYRL VQQDEYTSAG YVTCWYQTGM IVPPGTPNSS SIMCFASACN DFSVRMLRDT PFISQDNKLQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.25
詳細: DPBS containing 0.01% faf-BSA, pH 7.25, incubated at 37 C for 1 h
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細this sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 150000
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 15179
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model generated from the data using Relion 2 3D initial model protocol
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 詳細: Relion 2
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 5533

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8aw6:
Expanded Coxsackievirus A9 after 0.01% faf-BSA treatment

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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