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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15586 | |||||||||
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タイトル | BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (two up, full) | |||||||||
マップデータ | 42 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Lau K / Ni D / Beckert B / Nazarov S / Myasnikov A / Pojer F / Stahlberg H / Uchikawa E | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range 著者: Ni D / Turelli P / Beckert B / Nazarov S / Uchikawa E / Myasnikov A / Pojer F / Trono D / Stahlberg H / Lau K #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range 著者: Ni D / Turelli P / Beckert B / Nazarov S / Uchikawa E / Myasnikov A / Pojer F / Trono D / Stahlberg H / Lau K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15586.map.gz | 168.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15586-v30.xml emd-15586.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15586_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15586.png | 47.3 KB | ||
その他 | emd_15586_half_map_1.map.gz emd_15586_half_map_2.map.gz | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15586 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15586 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0144 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: 42
ファイル | emd_15586_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 42 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 42
ファイル | emd_15586_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 42 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2
全体 | 名称: BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2
超分子 | 名称: BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 |
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分子量 | 理論値: 430 KDa |
-超分子 #2: BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike
超分子 | 名称: BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-超分子 #3: Mouse ACE2
超分子 | 名称: Mouse ACE2 / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |