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- EMDB-15584: BA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (two up, full) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15584
タイトルBA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (two up, full)
マップデータBA22
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 BA.2.21.1 bound to mouse ACE2
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA2.21.1 spike protein
    • 複合体: Mouse ACE2アンジオテンシン変換酵素2
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Lau K / Ni D / Beckert B / Nazarov S / Myasnikov A / Pojer F / Stahlberg H / Uchikawa E
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationNCCR transcure スイス
引用
ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range
著者: Ni D / Turelli P / Beckert B / Nazarov S / Uchikawa E / Myasnikov A / Pojer F / Trono D / Stahlberg H / Lau K
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range
著者: Ni D / Turelli P / Beckert B / Nazarov S / Uchikawa E / Myasnikov A / Pojer F / Trono D / Stahlberg H / Lau K
履歴
登録2022年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年3月15日-
現状2023年3月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15584.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BA22
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 365.184 Å		1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 365.184 Å		1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 365.184 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0144 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.35265452 - 0.638479
平均 (標準偏差)-0.0004048336 (±0.018863624)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 365.184 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: BA22

ファイルemd_15584_half_map_1.map
注釈BA22
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: BA22

ファイルemd_15584_half_map_2.map
注釈BA22
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 BA.2.21.1 bound to mouse ACE2

全体名称: SARS-CoV-2 BA.2.21.1 bound to mouse ACE2
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 BA.2.21.1 bound to mouse ACE2
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA2.21.1 spike protein
    • 複合体: Mouse ACE2アンジオテンシン変換酵素2

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超分子 #1: SARS-CoV-2 BA.2.21.1 bound to mouse ACE2

超分子名称: SARS-CoV-2 BA.2.21.1 bound to mouse ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
分子量理論値: 430 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 BA2.21.1 spike protein

超分子名称: SARS-CoV-2 BA2.21.1 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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超分子 #3: Mouse ACE2

超分子名称: Mouse ACE2 / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE
詳細BA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 38693
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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