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- EMDB-15516: Cryo-EM Snapshots of Nanodisc-Embedded Native Eukaryotic Membrane... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15516
タイトルCryo-EM Snapshots of Nanodisc-Embedded Native Eukaryotic Membrane Proteins
マップデータ
試料
  • 複合体: SB-DIBMA solubilized Chaetomium thermophilum membranes mMW fraction
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.59 Å
データ登録者Janson K / Kyrilis FL / Tueting C / Alfes M / Das M / Traeger TK / Schmidt C / Hamdi F / Keller S / Meister A / Kastritis PL
資金援助 ドイツ, European Union, フランス, オーストリア, 8件
OrganizationGrant number国
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN22 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HI2 ドイツ
European Regional Development FundZS/2016/04/78115European Union
European Regional Development FundEuropean Union
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ME 4165/2-1 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)KE 1478/7-1 フランス
Austrian Science FundI 5359-N オーストリア
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2022
タイトル: Cryo-Electron Microscopy Snapshots of Eukaryotic Membrane Proteins in Native Lipid-Bilayer Nanodiscs.
著者: Kevin Janson / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Marie Alfes / Manabendra Das / Toni K Träger / Carla Schmidt / Farzad Hamdi / Carolyn Vargas / Sandro Keller / Annette Meister / Panagiotis L Kastritis /
要旨: New technologies for purifying membrane-bound protein complexes in combination with cryo-electron microscopy (EM) have recently allowed the exploration of such complexes under near-native conditions. ...New technologies for purifying membrane-bound protein complexes in combination with cryo-electron microscopy (EM) have recently allowed the exploration of such complexes under near-native conditions. In particular, polymer-encapsulated nanodiscs enable the study of membrane proteins at high resolution while retaining protein-protein and protein-lipid interactions within a lipid bilayer. However, this powerful technology has not been exploited to address the important question of how endogenous─as opposed to overexpressed─membrane proteins are organized within a lipid environment. In this work, we demonstrate that biochemical enrichment protocols for native membrane-protein complexes from in combination with polymer-based lipid-bilayer nanodiscs provide a substantial improvement in the quality of recovered endogenous membrane-protein complexes. Mass spectrometry results revealed ∼1123 proteins, while multiple 2D class averages and two 3D reconstructions from cryo-EM data furnished prominent structural signatures. This integrated methodological approach to enriching endogenous membrane-protein complexes provides unprecedented opportunities for a deeper understanding of eukaryotic membrane proteomes.
履歴
登録2022年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15516.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15516.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.59 Å/pix.
x 350 pix.
= 207.13 Å		0.59 Å/pix.
x 350 pix.
= 207.13 Å		0.59 Å/pix.
x 350 pix.
= 207.13 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5918 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0868
最小 - 最大-0.29168278 - 0.39386806
平均 (標準偏差)0.005636673 (±0.02391745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 207.12999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15516_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15516_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SB-DIBMA solubilized Chaetomium thermophilum membranes mMW fraction

全体名称: SB-DIBMA solubilized Chaetomium thermophilum membranes mMW fraction
要素
  • 複合体: SB-DIBMA solubilized Chaetomium thermophilum membranes mMW fraction

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超分子 #1: SB-DIBMA solubilized Chaetomium thermophilum membranes mMW fraction

超分子名称: SB-DIBMA solubilized Chaetomium thermophilum membranes mMW fraction
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Sample was created by solubilizing native chaetomium termophilum membranes with the aid of the copolymer SB-DIBMA
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 組織: mycelia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン

詳細: Solutions were freshly prepared, sterile filtrated, and sonicated before usage
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time of 12 s Blotforce of 0.
詳細This sample was purified by size exclusion chromatography. Subsequently, multiple fractions in the medium molecular weight region were pooled together to obtain a higher protein concentration.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 236566 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 240000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 77.15 K / 最高: 103.15 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 14.7 mrad
詳細Grid screening was performed manually until criteria for good acquisition areas was narrowed down.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5912 / 平均電子線量: 64.72 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1720004
詳細: particles were picked automatically with the blob picker function of cryosparc
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 80 / 平均メンバー数/クラス: 900 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 7253
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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