[日本語] English
万見
- EMDB-14175: Spinach 26S proteasome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14175
タイトルSpinach 26S proteasome
マップデータ
試料
  • 複合体: Spinach 26S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear proteasome complex / : / metal-dependent deubiquitinase activity / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / proteasome core complex / K63-linked deubiquitinase activity ...nuclear proteasome complex / : / metal-dependent deubiquitinase activity / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / proteasome core complex / K63-linked deubiquitinase activity / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / protein deubiquitination / proteasome storage granule / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / enzyme regulator activity / : / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / proteasomal protein catabolic process / protein catabolic process / metallopeptidase activity / peptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / 26S proteasome regulatory subunit 8 / 26S Proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome regulatory subunit P45-like / Proteasome subunit alpha2 / Proteasome subunit alpha4 / Ubiquitin interaction motif / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal ...26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / 26S proteasome regulatory subunit 8 / 26S Proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome regulatory subunit P45-like / Proteasome subunit alpha2 / Proteasome subunit alpha4 / Ubiquitin interaction motif / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Proteasome/cyclosome repeat / Proteasome/cyclosome repeat / Ubiquitin-interacting motif. / von Willebrand factor type A domain / Proteasome subunit alpha 1 / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / VWFA domain profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / von Willebrand factor, type A / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha type / PCI domain-containing protein / AAA domain-containing protein / MPN domain-containing protein / AAA domain-containing protein / VWFA domain-containing protein / AAA domain-containing protein / Proteasome subunit beta / AAA domain-containing protein / PCI domain-containing protein ...Proteasome subunit alpha type / PCI domain-containing protein / AAA domain-containing protein / MPN domain-containing protein / AAA domain-containing protein / VWFA domain-containing protein / AAA domain-containing protein / Proteasome subunit beta / AAA domain-containing protein / PCI domain-containing protein / PCI domain-containing protein / PCI domain-containing protein / Proteasome subunit alpha type / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 homolog / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 homolog / PCI domain-containing protein / PCI domain-containing protein / Proteasome subunit beta / AAA domain-containing protein / MPN domain-containing protein / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit alpha type-3 / 26S proteasome regulatory subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / spinach (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kandolf S / Grishkovskaya I / Meinhart A / Haselbach D
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the plant 26S proteasome.
著者: Susanne Kandolf / Irina Grishkovskaya / Katarina Belačić / Derek L Bolhuis / Sascha Amann / Brent Foster / Richard Imre / Karl Mechtler / Alexander Schleiffer / Hemant D Tagare / Ellen D ...著者: Susanne Kandolf / Irina Grishkovskaya / Katarina Belačić / Derek L Bolhuis / Sascha Amann / Brent Foster / Richard Imre / Karl Mechtler / Alexander Schleiffer / Hemant D Tagare / Ellen D Zhong / Anton Meinhart / Nicholas G Brown / David Haselbach /
要旨: Targeted proteolysis is a hallmark of life. It is especially important in long-lived cells that can be found in higher eukaryotes, like plants. This task is mainly fulfilled by the ubiquitin- ...Targeted proteolysis is a hallmark of life. It is especially important in long-lived cells that can be found in higher eukaryotes, like plants. This task is mainly fulfilled by the ubiquitin-proteasome system. Thus, proteolysis by the 26S proteasome is vital to development, immunity, and cell division. Although the yeast and animal proteasomes are well characterized, there is only limited information on the plant proteasome. We determined the first plant 26S proteasome structure from Spinacia oleracea by single-particle electron cryogenic microscopy at an overall resolution of 3.3 Å. We found an almost identical overall architecture of the spinach proteasome compared with the known structures from mammals and yeast. Nevertheless, we noticed a structural difference in the proteolytic active β1 subunit. Furthermore, we uncovered an unseen compression state by characterizing the proteasome's conformational landscape. We suspect that this new conformation of the 20S core protease, in correlation with a partial opening of the unoccupied gate, may contribute to peptide release after proteolysis. Our data provide a structural basis for the plant proteasome, which is crucial for further studies.
履歴
登録2022年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年6月1日-
現状2022年6月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_14175.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14175.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 440 pix.
= 541.696 Å		1.23 Å/pix.
x 440 pix.
= 541.696 Å		1.23 Å/pix.
x 440 pix.
= 541.696 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23113 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0168
最小 - 最大-0.023183236 - 1.9318216
平均 (標準偏差)0.0013427478 (±0.025163185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 541.696 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Spinach 26S proteasome

全体名称: Spinach 26S proteasome
要素
  • 複合体: Spinach 26S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha typeプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha typeプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha typeプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha typeプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha typeプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha typeプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit betaプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit betaプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit betaプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit betaプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5PSMB5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit betaプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit betaプロテアソーム

+
超分子 #1: Spinach 26S proteasome

超分子名称: Spinach 26S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量実験値: 1.7 MDa

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 25.588023 KDa
配列文字列: MGDSQYSFSL TTFSPSGKLV QIEHALTAVG SGQTSLGIKA ANGVVIATEK KLPSILVDEA SVQKIQLLTP NIGVVYSGMG PDSRVLVRK SRKQAEQYYK LYKEPIPVTQ LVRETAAVMQ EFTQSGGVRP FGVSLLIAGF DENGPQLYQV DPSGSYFSWK A SAMGKNVS ...文字列:
MGDSQYSFSL TTFSPSGKLV QIEHALTAVG SGQTSLGIKA ANGVVIATEK KLPSILVDEA SVQKIQLLTP NIGVVYSGMG PDSRVLVRK SRKQAEQYYK LYKEPIPVTQ LVRETAAVMQ EFTQSGGVRP FGVSLLIAGF DENGPQLYQV DPSGSYFSWK A SAMGKNVS NAKTFLEKRY TDDMELDDAV HTAILTLKEG FEGQISGKNI EIGIIGTDKK FRVLTPAEID DYLGEVE

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.504117 KDa
配列文字列: MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGN AGSAIGILAK DGVVLIGEKK VTSKLLQTST STEKMYKIDD HVACAVAGIM SDANILINT ARVQAQRYTF SYQEPMPVEQ LVQSLCDTKQ GYTQFGGLRP FGVSFLFAGW DKNYGFQLYM SDPSGNYGGW K ATAIGANN ...文字列:
MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGN AGSAIGILAK DGVVLIGEKK VTSKLLQTST STEKMYKIDD HVACAVAGIM SDANILINT ARVQAQRYTF SYQEPMPVEQ LVQSLCDTKQ GYTQFGGLRP FGVSFLFAGW DKNYGFQLYM SDPSGNYGGW K ATAIGANN QAAQSMLKQD YKDDVTREDA VKLALKVLSK TMDSTSLTSE KLELAEVYLL PSGKVKYQVH SPESLNRLLT ES GLTQPAA ETS

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.844439 KDa
配列文字列: MARYDRAITV FSPDGHLFQV EYALEAVRKG NAAVGVRGTD TVVLGVEKKS AAKLQDSRSV RKIVNLDNHI ALACAGLKAD ARVLINKAR IECQSHKLTL EDPVTVEYIT RYIAGLQQKY TQSGGVRPFG LSTLIVGFDP YTDVPALYQT DPSGTFSAWK A NATGRNSN ...文字列:
MARYDRAITV FSPDGHLFQV EYALEAVRKG NAAVGVRGTD TVVLGVEKKS AAKLQDSRSV RKIVNLDNHI ALACAGLKAD ARVLINKAR IECQSHKLTL EDPVTVEYIT RYIAGLQQKY TQSGGVRPFG LSTLIVGFDP YTDVPALYQT DPSGTFSAWK A NATGRNSN SIREFLEKNY KETSGQETVK LAIRALLEVV ESGGKNLEVA VMRKEGLHQL EESEIDAIVA EIEAEKAAAE AA KKGPASS

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.027238 KDa
配列文字列: MFLTRTEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI KTKEGVVLAV EKRITSPLLE PSSVEKIMEI DDHIGCAMSG LIADARTLV EHARVETQNH RFSYGEPMTV ESTTQALCDL ALRFGEGDEE SMSRPFGVSL LIAGHDENGP SLYYTDPSGT F WQCSAKAI ...文字列:
MFLTRTEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI KTKEGVVLAV EKRITSPLLE PSSVEKIMEI DDHIGCAMSG LIADARTLV EHARVETQNH RFSYGEPMTV ESTTQALCDL ALRFGEGDEE SMSRPFGVSL LIAGHDENGP SLYYTDPSGT F WQCSAKAI GSGSEGADSS LQEQFRKDLS FQEAETIALS ILKQVMEEKL TPNNVDIAKV SPTYHLYSPS EVEAVIGRL

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.932393 KDa
配列文字列: MFRNQYDTDV TTWSPAGRLF QVEYAMEAVK QGSAAIGLRS KTHVVLACVN KAQSELSSHQ RKIFKVDDHI GVAIAGLTAD GRVLSRYMR SECINYGFTY ESSLPVGRLV VQLADKAQVC TQRSWKRPYG VGLLVGGLDE SGAHLYYNCP SGNYFEYQAF A IGSRSQAA ...文字列:
MFRNQYDTDV TTWSPAGRLF QVEYAMEAVK QGSAAIGLRS KTHVVLACVN KAQSELSSHQ RKIFKVDDHI GVAIAGLTAD GRVLSRYMR SECINYGFTY ESSLPVGRLV VQLADKAQVC TQRSWKRPYG VGLLVGGLDE SGAHLYYNCP SGNYFEYQAF A IGSRSQAA KTYLERKFDT FDGATRDELI KHALFSIKET LQGEKLTSSV CTISVVGVGE PFQTLDQQMV QDLINSFETV EE EAPAAEE ADAAPEEAAA AVADQGASDE GAAPMEE

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.322258 KDa
配列文字列: MSSIGTGYDL SVTTFSPDGR VFQIEYAAKA VDNSGTAVGI KCKDGIVLGV EKLIQSKMML PGSNRRIHSV HRHSGMAVAG LAADGRQIV ARAKSEATNY ESVYGEAVPV KELADRVASY VHLCTLYWWL RPFGCGVILG GYDRDGPQLY MVEPSGISYR Y FGAAIGKG ...文字列:
MSSIGTGYDL SVTTFSPDGR VFQIEYAAKA VDNSGTAVGI KCKDGIVLGV EKLIQSKMML PGSNRRIHSV HRHSGMAVAG LAADGRQIV ARAKSEATNY ESVYGEAVPV KELADRVASY VHLCTLYWWL RPFGCGVILG GYDRDGPQLY MVEPSGISYR Y FGAAIGKG KQAAKTEIEK LKLSEMTCRE GIIEVAKIIY KVHDEAKDKA FELEMSWICD ESKREHQKVP DNLLQEAKAA AT AALEEMD AD

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.211789 KDa
配列文字列: MSRGSGAGYD RHITIFSPEG RLFQVEYAFK AVKSGGVTSI AVRGKDSVCV VTQKKVPDKL LDQTSVSHLF KITKFLGLLA TGMTADARN LVQQARNEAA EFRHKYGYEM PVDALARWIA DKSQVYTQHA YMRPLGVVAI VIGIDEENGP QLFKCDPAGH F YGHKATSA ...文字列:
MSRGSGAGYD RHITIFSPEG RLFQVEYAFK AVKSGGVTSI AVRGKDSVCV VTQKKVPDKL LDQTSVSHLF KITKFLGLLA TGMTADARN LVQQARNEAA EFRHKYGYEM PVDALARWIA DKSQVYTQHA YMRPLGVVAI VIGIDEENGP QLFKCDPAGH F YGHKATSA GSKDQEAINF LEKKMKNDPA FSYEETVQTA ISALQSVLQE DFKATEIEVG VVQVANPVFR SLTTEEIDEH LT AISERD

+
分子 #8: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 25.324434 KDa
配列文字列: MEDLGLNAPH SMGTTIIGVT YKDGVILGAD SRTSTGVYVA NRASDKITQL TDNVYVCRSG SAADSQIVSD YVRYFLHQHT IQLGQPATV KVAANLVRLL AYGNKDTLQT GMIVGGWDKY EGGKIYGIPL GGTIIEQPFS IGGSGSSYLY GFLDQAWKDG M SKDEAEEL ...文字列:
MEDLGLNAPH SMGTTIIGVT YKDGVILGAD SRTSTGVYVA NRASDKITQL TDNVYVCRSG SAADSQIVSD YVRYFLHQHT IQLGQPATV KVAANLVRLL AYGNKDTLQT GMIVGGWDKY EGGKIYGIPL GGTIIEQPFS IGGSGSSYLY GFLDQAWKDG M SKDEAEEL VKKAVSLAIA RDGASGGVVR TVIINEEGVT RNFYPGDQLP LWHEELEPQN SLLDIWGAAA ASPVPMTE

+
分子 #9: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.404385 KDa
配列文字列: MTNGAFEVPA KGGFSFDNCK RNEMLLNKGL KAPGFLKTGT TIVGLVYQDG VILGADTRAT EGPIVADKNC EKIHYMAPNI YCCGAGTAA DTEAVTDMVS SQLKLHRYHT GRESRVITAL TLLKSHLFRY QGHVSAALVL GGVDVSGPHL HTIYPHGSTD T LPFATMGS ...文字列:
MTNGAFEVPA KGGFSFDNCK RNEMLLNKGL KAPGFLKTGT TIVGLVYQDG VILGADTRAT EGPIVADKNC EKIHYMAPNI YCCGAGTAA DTEAVTDMVS SQLKLHRYHT GRESRVITAL TLLKSHLFRY QGHVSAALVL GGVDVSGPHL HTIYPHGSTD T LPFATMGS GSLAAMSVFE SKYREGLTRD EGVKIVCEAI ASGIFNDLGS GSNVDVCVIT KGNVEYLRNH VQPNPRTYTS AK GYTFSKP TEVLSTKVTA LAQRAVVTER GDAMEEE

+
分子 #10: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.847109 KDa
配列文字列: MSIFEYNGSA TVAMVGKNCI AIGSDRRLGV QLQTIATDFQ RIFQIHDRLF IGLSGLGSDA QTLYQRLVFR HKLYQLREER DMKPETFAN LVSAILYEKR FGPYFCQPVI AGLGDDNKPF ICTMDSIGAK ELAKDFVVAG TASESLYGAC ESMYKPDMEP E ELFETVSQ ...文字列:
MSIFEYNGSA TVAMVGKNCI AIGSDRRLGV QLQTIATDFQ RIFQIHDRLF IGLSGLGSDA QTLYQRLVFR HKLYQLREER DMKPETFAN LVSAILYEKR FGPYFCQPVI AGLGDDNKPF ICTMDSIGAK ELAKDFVVAG TASESLYGAC ESMYKPDMEP E ELFETVSQ ALQASVDRDC LSGWGGHVYI VTPTEIKEHI LKGRMD

+
分子 #11: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.950082 KDa
配列文字列: MECVFGLVGN GFAIIAADTS AVNSILVHKT NEDKIMKLDS HKLMGASGEA GDRVQFTEFV QKNVSLYQFR NGIPLTTAAA ANFTRGELA TALRKNPYSV NIILAGFDQD TGPSLYFIDY IATLHKVDKA AFGYGSYFAL AMMDRHYRSD MSVDEAIKLV D ECIAEIRT ...文字列:
MECVFGLVGN GFAIIAADTS AVNSILVHKT NEDKIMKLDS HKLMGASGEA GDRVQFTEFV QKNVSLYQFR NGIPLTTAAA ANFTRGELA TALRKNPYSV NIILAGFDQD TGPSLYFIDY IATLHKVDKA AFGYGSYFAL AMMDRHYRSD MSVDEAIKLV D ECIAEIRT RLVVAPPNFV IKIVDKDGAR EFAWRQSIKD QGVEDANAAS A

+
分子 #12: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.652654 KDa
配列文字列: MKLDTSGLES TAPIFRRSDF VFDGLQMTPS FDLPNPTDFD GFQKEAVQMV KPAKGTTTLA FIFKHGVMVA ADSRASMGGY ISSQSVKKI IEINPYMLGT MAGGAADCQF WHRNLGIKCR LHELANKRRI SVTGASKLLA NILYNYRGMG LSVGTMIAGW D ETGPGLYY ...文字列:
MKLDTSGLES TAPIFRRSDF VFDGLQMTPS FDLPNPTDFD GFQKEAVQMV KPAKGTTTLA FIFKHGVMVA ADSRASMGGY ISSQSVKKI IEINPYMLGT MAGGAADCQF WHRNLGIKCR LHELANKRRI SVTGASKLLA NILYNYRGMG LSVGTMIAGW D ETGPGLYY VDSEGGRLKG MRFSVGSGSP YAYGVLDNGY KYDMTVEEAS ELARRAIYHA TYRDGASGGV VSVYHVGPDG WK KVTGDDV GDLHFQYYPV VPATVEQEMV EVVGA

+
分子 #13: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.835199 KDa
配列文字列: MTKEHANWSP YDFNGGTCVA VAGADYCVIA ADTRMSTGYN ILTRDYSKIC KLAEKSVLAS SGFQADVRAL QKHLDARHLI YQHQHNKQM SCPAMAQLLS NTLYYKRFFP YYAFNVLGGL DNEGKGCVFT YDAVGSYEKV GYSSQGSGAK LIMPFLDNQL K SPSPLLIP ...文字列:
MTKEHANWSP YDFNGGTCVA VAGADYCVIA ADTRMSTGYN ILTRDYSKIC KLAEKSVLAS SGFQADVRAL QKHLDARHLI YQHQHNKQM SCPAMAQLLS NTLYYKRFFP YYAFNVLGGL DNEGKGCVFT YDAVGSYEKV GYSSQGSGAK LIMPFLDNQL K SPSPLLIP AQDAVTPLSE SEAIDLVRTA FASATERDIY TGDKLEILVL NKEGLRREYM ELRLD

+
分子 #14: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.09877 KDa
配列文字列: MDPKNTSPLL VDDIQRTQYP YVTGTSVIGI KYKDGILIAA DMGGSYGSTL RYKSVERLKG IGKHSLLGAS GEISDFQELL RYLDDLILY DNMWDDGNSF GPKEVHNYLT RVMYNRRNKF NPLWNSLVLG GVKNGQKYLG TVNMIGVHYQ DNHVATGFGN H LAVPILRD ...文字列:
MDPKNTSPLL VDDIQRTQYP YVTGTSVIGI KYKDGILIAA DMGGSYGSTL RYKSVERLKG IGKHSLLGAS GEISDFQELL RYLDDLILY DNMWDDGNSF GPKEVHNYLT RVMYNRRNKF NPLWNSLVLG GVKNGQKYLG TVNMIGVHYQ DNHVATGFGN H LAVPILRD EWKEDLSFED GVRLLEKCMR VLLYRDRSAV NKLQIAKITE EGGVTISPPY SLKTYWEFAA FKNPTAGAEG SW

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMBis-TrisBis-tris methanebis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methan
50.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMMgCl2magnedium chloride
5.0 %glycerolグリセリンglycerolグリセリン
20.0 mMATPアデノシン三リン酸adenosine triphosphateアデノシン三リン酸
5.0 mMDTTdithiothreitolジチオトレイトール
5.0 %PVPpolyvinylpolypyrrolidone
2.0 mMPMSFフッ化フェニルメチルスルホニルphenylmethylsulfonyl fluorideフッ化フェニルメチルスルホニル
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#0 - 検出モード: INTEGRATING / #0 - 実像数: 24769 / #0 - 平均電子線量: 80.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#1 - 検出モード: INTEGRATING / #1 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #1 - 実像数: 8089 / #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 951422
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 951422
Image recording ID1

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6msb

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 109.9
得られたモデル

PDB-7qve:
Spinach 20S proteasome

PDB-8amz:
Spinach 19S proteasome

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る