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万見
- PDB-8amz: Spinach 19S proteasome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8amz
タイトルSpinach 19S proteasome
要素
  • (26S proteasome non-ATPase regulatory subunit ...) x 2
  • (26S proteasome regulatory subunit ...) x 2
  • (AAA domain-containing ...) x 5
  • (PCI domain-containing ...) x 6
  • MPN domain-containing protein
  • VWFA domain-containing protein
キーワードPLANT PROTEIN / PROTEASOME / UPS / PLANT / SPINACH
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / nuclear proteasome complex / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome regulatory particle, base subcomplex / metal-dependent deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity ...: / : / nuclear proteasome complex / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome regulatory particle, base subcomplex / metal-dependent deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / proteasome storage granule / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / protein deubiquitination / membrane => GO:0016020 / enzyme regulator activity / proteasome complex / metallopeptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #570 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #990 / 26S proteasome regulatory subunit P45-like / 26S Proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome regulatory subunit 8 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Ubiquitin interaction motif / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 ...26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #570 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #990 / 26S proteasome regulatory subunit P45-like / 26S Proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome regulatory subunit 8 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Ubiquitin interaction motif / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / Proteasome/cyclosome repeat / : / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / Ubiquitin-interacting motif. / Proteasome/cyclosome repeat / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / von Willebrand factor type A domain / : / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Leucine-rich Repeat Variant / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / MPN domain / MPN domain profile. / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PCI domain-containing protein / AAA domain-containing protein / MPN domain-containing protein / AAA domain-containing protein / VWFA domain-containing protein / AAA domain-containing protein / AAA domain-containing protein / PCI domain-containing protein ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PCI domain-containing protein / AAA domain-containing protein / MPN domain-containing protein / AAA domain-containing protein / VWFA domain-containing protein / AAA domain-containing protein / AAA domain-containing protein / PCI domain-containing protein / PCI domain-containing protein / PCI domain-containing protein / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 homolog / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 homolog / PCI domain-containing protein / PCI domain-containing protein / AAA domain-containing protein / MPN domain-containing protein / 26S proteasome regulatory subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kandolf, S. / Grishkovskaya, I. / Meinhart, A. / Haselbach, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Plant Communications / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the plant 26S proteasome
著者: Kandolf, S. / Grishkovskaya, I. / Belacic, K. / Foster, B. / Imre, R. / Bolhuis, D.L. / Mechtler, K. / Schleiffer, A. / Tagare, H. / Zhong, E.D. / Meinhart, A. / Brown, N.G. / Haselbach, D.
履歴
登録2022年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2022年8月24日ID: 7QVG
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 26S proteasome regulatory subunit 7
I: AAA domain-containing protein
J: AAA domain-containing protein
K: AAA domain-containing protein
L: AAA domain-containing protein
M: AAA domain-containing protein
V: 26S proteasome regulatory subunit RPN11
S: PCI domain-containing protein
T: PCI domain-containing protein
W: VWFA domain-containing protein
O: PCI domain-containing protein
U: MPN domain-containing protein
Q: PCI domain-containing protein
P: PCI domain-containing protein
Z: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 homolog
N: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 homolog
R: PCI domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)875,72219
ポリマ－874,78717
非ポリマー9342
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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26S proteasome regulatory subunit ... , 2種, 2分子 HV

#1: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit 7 / 26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT1 / 26S proteasome subunit 7 / Regulatory particle triple-A ...26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT1 / 26S proteasome subunit 7 / Regulatory particle triple-A ATPase subunit 1


分子量: 47786.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q41365
#7: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN11


分子量: 34506.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHF5

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AAA domain-containing ... , 5種, 5分子 IJKLM

#2: タンパク質 AAA domain-containing protein


分子量: 49635.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QMF8
#3: タンパク質 AAA domain-containing protein


分子量: 45810.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QG12
#4: タンパク質 AAA domain-containing protein


分子量: 47132.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QSR5
#5: タンパク質 AAA domain-containing protein


分子量: 44596.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RWB0
#6: タンパク質 AAA domain-containing protein


分子量: 47754.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QR38

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PCI domain-containing ... , 6種, 6分子 STOQPR

#8: タンパク質 PCI domain-containing protein


分子量: 55356.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R856
#9: タンパク質 PCI domain-containing protein


分子量: 30804.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RR58
#11: タンパク質 PCI domain-containing protein


分子量: 44242.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RRW6
#13: タンパク質 PCI domain-containing protein


分子量: 47236.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QD81
#14: タンパク質 PCI domain-containing protein


分子量: 50790.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QUR6
#17: タンパク質 PCI domain-containing protein


分子量: 44432.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QVX1

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タンパク質 , 2種, 2分子 WU

#10: タンパク質 VWFA domain-containing protein


分子量: 42562.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QPY6
#12: タンパク質 MPN domain-containing protein


分子量: 34457.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RYG8

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26S proteasome non-ATPase regulatory subunit ... , 2種, 2分子 ZN

#15: タンパク質 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 homolog


分子量: 98484.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RA51
#16: タンパク質 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 homolog


分子量: 109199.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RNX4

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非ポリマー , 2種, 2分子

#18: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#19: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Spinach 26S proteasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMbis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methanBis-Tris1
250 mMpotassium chlorideKCl1
35 mMmagnedium chlorideMgCl21
45 %glycerolglycerol1
520 mMadenosine triphosphateATP1
65 mMdithiothreitolDTT1
75 %polyvinylpolypyrrolidonePVP1
82 mMphenylmethylsulfonyl fluoridePMSF1
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)検出モードフィルム・検出器のモデル実像数
1180INTEGRATINGFEI FALCON III (4k x 4k)24769
2150INTEGRATINGFEI FALCON III (4k x 4k)8089

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC3CTF補正
7UCSF Chimera8.6.9モデルフィッティング
8Coot0.9.5モデルフィッティング
10PHENIX1.18.2モデル精密化
11cryoSPARC3初期オイラー角割当
12cryoSPARC3最終オイラー角割当
13cryoSPARC3分類
14cryoSPARC3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 951422
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 951422 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 109.9 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6MSB

6msb


Accession code: 6MSB / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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