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万見
- EMDB-7797: Cryo-EM reconstruction of membrane-enveloped filamentous virus SF... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7797
タイトルCryo-EM reconstruction of membrane-enveloped filamentous virus SFV1 (Sulfolobus filamentous virus 1)
マップデータmembrane-enveloped filamentous virus SFV1
試料
  • ウイルス: Sulfolobus filamentous virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
    • DNA: DNA (336-MER)
生物種Sulfolobus filamentous virus 1 (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang F / Osinski T / Liu Y / Krupovic M / Prangishvili D / Egelman EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural conservation in a membrane-enveloped filamentous virus infecting a hyperthermophilic acidophile.
著者: Ying Liu / Tomasz Osinski / Fengbin Wang / Mart Krupovic / Stefan Schouten / Peter Kasson / David Prangishvili / Edward H Egelman /
要旨: Different forms of viruses that infect archaea inhabiting extreme environments continue to be discovered at a surprising rate, suggesting that the current sampling of these viruses is sparse. We ...Different forms of viruses that infect archaea inhabiting extreme environments continue to be discovered at a surprising rate, suggesting that the current sampling of these viruses is sparse. We describe here Sulfolobus filamentous virus 1 (SFV1), a membrane-enveloped virus infecting Sulfolobus shibatae. The virus encodes two major coat proteins which display no apparent sequence similarity with each other or with any other proteins in databases. We have used cryo-electron microscopy at 3.7 Å resolution to show that these two proteins form a nearly symmetrical heterodimer, which wraps around A-form DNA, similar to what has been shown for SIRV2 and AFV1, two other archaeal filamentous viruses. The thin (∼ 20 Å) membrane of SFV1 is mainly archaeol, a lipid species that accounts for only 1% of the host lipids. Our results show how relatively conserved structural features can be maintained across evolution by both proteins and lipids that have diverged considerably.
履歴
登録2018年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年8月29日-
更新2020年1月8日-
現状2020年1月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6d5f
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6d5f
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7797.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7797.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈membrane-enveloped filamentous virus SFV1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.07 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.17543216 - 0.28431508
平均 (標準偏差)-0.0006909138 (±0.018003624)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 418.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z418.560418.560418.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-69-50-137
NX/NY/NZ136114193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1750.284-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sulfolobus filamentous virus 1

全体名称: Sulfolobus filamentous virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Sulfolobus filamentous virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
    • DNA: DNA (336-MER)

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超分子 #1: Sulfolobus filamentous virus 1

超分子名称: Sulfolobus filamentous virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2304198 / 生物種: Sulfolobus filamentous virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Fimbrial protein

分子名称: Fimbrial protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus filamentous virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 22.020135 KDa
配列文字列: MARKRTSKND PLRMYLNYVR KLQTMGDAYD ESAKYRIANF ENGFKSLHMV ENEFKQYLAN VIDEAIKSGA SPQDLPYVNE IKLALMKIF TSWLKYSNEK LGANEIAINV AGTATMTLTE NLYGTRVSCE EAVSLINSIF AVWVGVEPFE AEEREGACLV T PRSPLPPV ...文字列:
MARKRTSKND PLRMYLNYVR KLQTMGDAYD ESAKYRIANF ENGFKSLHMV ENEFKQYLAN VIDEAIKSGA SPQDLPYVNE IKLALMKIF TSWLKYSNEK LGANEIAINV AGTATMTLTE NLYGTRVSCE EAVSLINSIF AVWVGVEPFE AEEREGACLV T PRSPLPPV PISSPTGFSA PIQEVLQAKS PEEIIGVKGG A

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分子 #2: Fimbrial protein

分子名称: Fimbrial protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus filamentous virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 15.792202 KDa
配列文字列:
MPSRRTGITT EDAITKYSVK AKTEQTAYKN ATKDMVVQAQ NIMNFYSVVN QALIPWLNAH GVGGNLRILY RQLANEYVKV LNTKQSGEV IKRLKIALRH KYWLRGLDEA MLDEFMDYID SLKSTTTNYI IFNMQSSK

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分子 #3: DNA (336-MER)

分子名称: DNA (336-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Sulfolobus filamentous virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 103.678133 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ...文字列:
(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6 / 詳細: 20 mM Tris-acetate, 250 mM sodium chloride, pH 6.0
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
詳細: Images were stored containing 24 fractions, where each fraction corresponded to a dose of ~2 electrons per Angstrom^2.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.76412 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 21.02572 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION, SPIDER) / 使用した粒子像数: 87803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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