+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jbj | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4 | ||||||||||||
要素 | ATP-binding cassette sub-family D member 4 | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Human ABCD4 / Lysosomal cobalamin exporter / ATP-bound / lysosome-open conformation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective ABCD4 causes MAHCJ / Cobalamin (Cbl, vitamin B12) transport and metabolism / cobalamin metabolic process / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / peroxisome organization / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity ...Defective ABCD4 causes MAHCJ / Cobalamin (Cbl, vitamin B12) transport and metabolism / cobalamin metabolic process / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / peroxisome organization / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / transmembrane transport / peroxisome / membrane => GO:0016020 / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Xu, D. / Feng, Z. / Hou, W.T. / Jiang, Y.L. / Wang, L. / Sun, L.F. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of human lysosomal cobalamin exporter ABCD4. 著者: Da Xu / Zhang Feng / Wen-Tao Hou / Yong-Liang Jiang / Liang Wang / Linfeng Sun / Cong-Zhao Zhou / Yuxing Chen / | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jbj.cif.gz | 212.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6jbj.ent.gz | 168.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jbj_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6jbj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6jbj_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jbj_validation.cif.gz | 53.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/6jbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/6jbj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73123.719 Da / 分子数: 2 / 変異: E549Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ATP / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCD4, PXMP1L / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14678 #2: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human ABCD4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 276557 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | B value: 199 / プロトコル: AB INITIO MODEL |