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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5586 | |||||||||
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タイトル | An asymmetric unit map from Electron cryo-microscopy of Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 (HdH1) | |||||||||
マップデータ | Asymmetric unit map segmented from the reconstruction of isolated Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / molluscan hemocyanin / Allosteric (アロステリック効果) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Haliotis diversicolor (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Q / Dai X / Cong Y / Zhang J / Chen DH / Dougherty M / Wang J / Ludtke S / Schmid MF / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: Cryo-EM structure of a molluscan hemocyanin suggests its allosteric mechanism. 著者: Qinfen Zhang / Xinghong Dai / Yao Cong / Junjie Zhang / Dong-Hua Chen / Matthew T Dougherty / Jiangyong Wang / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Wah Chiu / 要旨: Hemocyanins are responsible for transporting O2 in the arthropod and molluscan hemolymph. Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 (HdH1) is an 8 MDa oligomer. Each subunit is made up of ...Hemocyanins are responsible for transporting O2 in the arthropod and molluscan hemolymph. Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 (HdH1) is an 8 MDa oligomer. Each subunit is made up of eight functional units (FUs). Each FU contains two Cu ions, which can reversibly bind an oxygen molecule. Here, we report a 4.5 A° cryo-EM structure of HdH1. The structure clearly shows ten asymmetric units arranged with D5 symmetry. Each asymmetric unit contains two structurally distinct but chemically identical subunits. The map is sufficiently resolved to trace the entire subunit Ca backbone and to visualize densities corresponding to some large side chains, Cu ion pairs, and interaction networks of adjacent subunits. A FU topology path intertwining between the two subunits of the asymmetric unit is unambiguously determined. Our observations suggest a structural mechanism for the stability of the entire hemocyanin didecamer and 20 ‘‘communication clusters’’ across asymmetric units responsible for its allosteric property upon oxygen binding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5586.map.gz | 758.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5586-v30.xml emd-5586.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5586_1.png | 293 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5586 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5586 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 804.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Asymmetric unit map segmented from the reconstruction of isolated Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : An asymmetry unit of Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin i...
全体 | 名称: An asymmetry unit of Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 (HdH1) |
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要素 |
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-超分子 #1000: An asymmetry unit of Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin i...
超分子 | 名称: An asymmetry unit of Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 (HdH1) タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one asymmetric unit contains two subunits / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa |
-分子 #1: hemocyanin isoform 1
分子 | 名称: hemocyanin isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HdH1 / コピー数: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Haliotis diversicolor (無脊椎動物) / 別称: mollusca / 組織: lymph |
分子量 | 実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 0.2M NaCl, 50mM Tris-HCl, 5mM CaCl2, 5mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: 400 mesh copper 1.2/1.3 quantifoil grid with continuous carbon support, glow discharged. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 2 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 60000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: in column omega エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
試料ステージ | 試料ホルダー: liquid N2 cooled / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
温度 | 最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 88 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 400,000 nominal magnification |
詳細 | MDS |
日付 | 2008年7月7日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 784 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each micrograph |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1 / 使用した粒子像数: 28641 |
詳細 | Processed with EMAN1 followed by segmentation of asymmetric unit. |