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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5006 | |||||||||
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タイトル | Structure of immature Dengue virus at low pH | |||||||||
マップデータ | immature Dengue virus particle at pH 6 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Dengue virus / maturation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane ...viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dengue virus (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu I / Zhang W / Holdaway HA / Li L / Kostyuchenko VA / Chipman PR / Kuhn RJ / Rossmann MG / Chen J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2008 タイトル: Structure of the immature dengue virus at low pH primes proteolytic maturation. 著者: I-Mei Yu / Wei Zhang / Heather A Holdaway / Long Li / Victor A Kostyuchenko / Paul R Chipman / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann / Jue Chen / 要旨: Intracellular cleavage of immature flaviviruses is a critical step in assembly that generates the membrane fusion potential of the E glycoprotein. With cryo-electron microscopy we show that the ...Intracellular cleavage of immature flaviviruses is a critical step in assembly that generates the membrane fusion potential of the E glycoprotein. With cryo-electron microscopy we show that the immature dengue particles undergo a reversible conformational change at low pH that renders them accessible to furin cleavage. At a pH of 6.0, the E proteins are arranged in a herringbone pattern with the pr peptides docked onto the fusion loops, a configuration similar to that of the mature virion. After cleavage, the dissociation of pr is pH-dependent, suggesting that in the acidic environment of the trans-Golgi network pr is retained on the virion to prevent membrane fusion. These results suggest a mechanism by which flaviviruses are processed and stabilized in the host cell secretory pathway. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5006.map.gz | 27 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5006-v30.xml emd-5006.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5006_1.jpg | 172.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5006 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5006 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5006_validation.pdf.gz | 332.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5006_full_validation.pdf.gz | 332.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5006_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5006 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5006 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5006.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 61.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | immature Dengue virus particle at pH 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : immature Dengue virus
全体 | 名称: immature Dengue virus |
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要素 |
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-超分子 #1000: immature Dengue virus
超分子 | 名称: immature Dengue virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Dengue virus
超分子 | 名称: Dengue virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Dengue / NCBI-ID: 12637 / 生物種: Dengue virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Dengue |
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宿主 | 別称: VERTEBRATES |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 詳細: The virus was mixed in NTE buffer (10 mM Tris, 120 mM NaCl, and 1 mM EDTA at pH 8) with 50 mM MES, 120 mM NaCl at pH 5.6 to yield a final pH of 6 |
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グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER 手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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温度 | 平均: 98 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 14 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 12 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51040 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EM3DR / 使用した粒子像数: 231 |
最終 角度割当 | 詳細: theta:69-90 degrees phi:(-31)-31 degrees |