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- PDB-3j6b: Structure of the yeast mitochondrial large ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j6b
タイトルStructure of the yeast mitochondrial large ribosomal subunit
要素
  • (54S ribosomal protein ...) x 37
  • 21S ribosomal RNAリボソームRNA
  • E-site tRNA
  • Mitochondrial homologous recombination protein 1
  • mitochondrial ribosomal protein YNL122C
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitochondrial ribosome / large subunit (サブユニット) / protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitochondrial DNA replication / DNA strand exchange activity / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / 転写後修飾 / cell redox homeostasis / large ribosomal subunit rRNA binding / double-stranded RNA binding ...positive regulation of mitochondrial DNA replication / DNA strand exchange activity / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / 転写後修飾 / cell redox homeostasis / large ribosomal subunit rRNA binding / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / cellular response to oxidative stress / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / DNA recombination / ミトコンドリア内膜 / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
54S ribosomal protein L8, C-terminal / Ribosomal L27 protein, C-terminal / Ribosomal L27 protein C-terminal domain / 54S ribosomal protein L8 C-terminal domain / : / Mitochondrial ribosomal protein subunit L20 / Ribosomal protein L31p, N-terminal / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 ...54S ribosomal protein L8, C-terminal / Ribosomal L27 protein, C-terminal / Ribosomal L27 protein C-terminal domain / 54S ribosomal protein L8 C-terminal domain / : / Mitochondrial ribosomal protein subunit L20 / Ribosomal protein L31p, N-terminal / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 / 54S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRPL25 domain / 54S ribosomal protein L3, double-stranded RNA binding domain / Transcriptional regulation of mitochondrial recombination / Mitochondrial ribosomal protein mL59 / 54S ribosomal protein L28, mitochondrial / Ribosomal protein L31, mitochondrial / 54S ribosomal protein L36, yeast / Mitochondrial ribosomal protein L31 / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / ACP-like superfamily / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein mL60 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL58 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein mL60 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL58 / Large ribosomal subunit protein mL59 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein uL6m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein uL5m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein mL57 / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein bL31m / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL67 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL13m
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Amunts, A. / Brown, A. / Bai, X.C. / Llacer, J.L. / Hussain, T. / Emsley, P. / Long, F. / Murshudov, G. / Scheres, S.H.W. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structure of the yeast mitochondrial large ribosomal subunit.
著者: Alexey Amunts / Alan Brown / Xiao-Chen Bai / Jose L Llácer / Tanweer Hussain / Paul Emsley / Fei Long / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan /
要旨: Mitochondria have specialized ribosomes that have diverged from their bacterial and cytoplasmic counterparts. We have solved the structure of the yeast mitoribosomal large subunit using single- ...Mitochondria have specialized ribosomes that have diverged from their bacterial and cytoplasmic counterparts. We have solved the structure of the yeast mitoribosomal large subunit using single-particle cryo-electron microscopy. The resolution of 3.2 angstroms enabled a nearly complete atomic model to be built de novo and refined, including 39 proteins, 13 of which are unique to mitochondria, as well as expansion segments of mitoribosomal RNA. The structure reveals a new exit tunnel path and architecture, unique elements of the E site, and a putative membrane docking site.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Other
置き換え2014年12月10日ID: 1VW3, 1VW4
改定 1.22014年12月10日Group: Other
改定 1.32014年12月17日Group: Other
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2566
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2566
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 21S ribosomal RNA
B: 54S ribosomal protein RML2, mitochondrial
C: 54S ribosomal protein L9, mitochondrial
D: 54S ribosomal protein YmL6, mitochondrial
E: 54S ribosomal protein L7, mitochondrial
F: 54S ribosomal protein L6, mitochondrial
G: 54S ribosomal protein L50, mitochondrial
H: 54S ribosomal protein L23, mitochondrial
I: 54S ribosomal protein L38, mitochondrial
J: 54S ribosomal protein L10, mitochondrial
K: 54S ribosomal protein L16, mitochondrial
L: 54S ribosomal protein L8, mitochondrial
M: 54S ribosomal protein IMG1, mitochondrial
N: 54S ribosomal protein L49, mitochondrial
O: 54S ribosomal protein L22, mitochondrial
P: 54S ribosomal protein L41, mitochondrial
Q: 54S ribosomal protein L40, mitochondrial
R: 54S ribosomal protein L2, mitochondrial
S: 54S ribosomal protein L24, mitochondrial
T: 54S ribosomal protein L4, mitochondrial
U: 54S ribosomal protein L33, mitochondrial
V: 54S ribosomal protein L36, mitochondrial
W: 54S ribosomal protein L32, mitochondrial
X: 54S ribosomal protein L39, mitochondrial
Y: 54S ribosomal protein L34, mitochondrial
Z: mitochondrial ribosomal protein YNL122C
0: 54S ribosomal protein RTC6, mitochondrial
1: 54S ribosomal protein L35, mitochondrial
2: 54S ribosomal protein L28, mitochondrial
3: 54S ribosomal protein L27, mitochondrial
4: 54S ribosomal protein L51, mitochondrial
5: 54S ribosomal protein L3, mitochondrial
6: 54S ribosomal protein L17, mitochondrial
7: 54S ribosomal protein IMG2, mitochondrial
8: 54S ribosomal protein L13, mitochondrial
9: 54S ribosomal protein L15, mitochondrial
a: 54S ribosomal protein L20, mitochondrial
b: 54S ribosomal protein L25, mitochondrial
c: 54S ribosomal protein L31, mitochondrial
d: Mitochondrial homologous recombination protein 1
e: E-site tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,040,158154
ポリマ－2,037,33141
非ポリマー2,827113
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 Ae

#1: RNA鎖 21S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1057805.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#41: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 6451.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
54S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXY012345...

#2: タンパク質 54S ribosomal protein RML2, mitochondrial / リボソーム / L2


分子量: 43870.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32611
#3: タンパク質 54S ribosomal protein L9, mitochondrial / リボソーム / YmL9


分子量: 29843.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P31334
#4: タンパク質 54S ribosomal protein YmL6, mitochondrial / リボソーム


分子量: 32014.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P51998
#5: タンパク質 54S ribosomal protein L7, mitochondrial / リボソーム / YmL5 / YmL7


分子量: 33152.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36519
#6: タンパク質 54S ribosomal protein L6, mitochondrial / リボソーム / YmL16


分子量: 23926.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32904
#7: タンパク質 54S ribosomal protein L50, mitochondrial / リボソーム


分子量: 16313.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53724
#8: タンパク質 54S ribosomal protein L23, mitochondrial / リボソーム / YmL23


分子量: 18499.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12487
#9: タンパク質 54S ribosomal protein L38, mitochondrial / リボソーム / YmL38 / 54S ribosomal protein L34 / mitochondrial / YmL34


分子量: 14929.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35996
#10: タンパク質 54S ribosomal protein L10, mitochondrial / リボソーム / YmL10/YmL18


分子量: 36414.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36520
#11: タンパク質 54S ribosomal protein L16, mitochondrial / リボソーム / YmL47


分子量: 26569.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38064
#12: タンパク質 54S ribosomal protein L8, mitochondrial / リボソーム / YmL8


分子量: 26989.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22353
#13: タンパク質 54S ribosomal protein IMG1, mitochondrial / リボソーム / Integrity of mitochondrial genome protein 1 / PetCR46


分子量: 19428.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25626
#14: タンパク質 54S ribosomal protein L49, mitochondrial / リボソーム / YmL49


分子量: 18420.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40858
#15: タンパク質 54S ribosomal protein L22, mitochondrial / リボソーム


分子量: 34957.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53881
#16: タンパク質 54S ribosomal protein L41, mitochondrial / リボソーム / YmL41


分子量: 30616.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32387
#17: タンパク質 54S ribosomal protein L40, mitochondrial / リボソーム / YmL40


分子量: 33808.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36534
#18: タンパク質 54S ribosomal protein L2, mitochondrial / リボソーム / YMR6 / YmL2


分子量: 43310.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12687
#19: タンパク質 54S ribosomal protein L24, mitochondrial / リボソーム / YmL14/YmL24


分子量: 30109.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36525
#20: タンパク質 54S ribosomal protein L4, mitochondrial / リボソーム / YmL4


分子量: 37019.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36517
#21: タンパク質 54S ribosomal protein L33, mitochondrial / リボソーム / YmL33


分子量: 9549.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20084
#22: タンパク質 54S ribosomal protein L36, mitochondrial / リボソーム / YmL36


分子量: 20125.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36531
#23: タンパク質 54S ribosomal protein L32, mitochondrial / リボソーム / YmL32


分子量: 21483.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25348
#24: タンパク質 54S ribosomal protein L39, mitochondrial / リボソーム / YmL39


分子量: 7992.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36533
#25: タンパク質 54S ribosomal protein L34, mitochondrial / リボソーム / L34mt


分子量: 12054.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04598
#27: タンパク質 54S ribosomal protein RTC6, mitochondrial / リボソーム / Restriction of telomere capping protein 6 / Translation associated element 4


分子量: 10718.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O14464
#28: タンパク質 54S ribosomal protein L35, mitochondrial / リボソーム / YmL35


分子量: 42886.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06678
#29: タンパク質 54S ribosomal protein L28, mitochondrial / リボソーム / YmL28


分子量: 17373.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36527
#30: タンパク質 54S ribosomal protein L27, mitochondrial / リボソーム / YmL27


分子量: 16521.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36526
#31: タンパク質 54S ribosomal protein L51, mitochondrial / リボソーム


分子量: 16153.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06090
#32: タンパク質 54S ribosomal protein L3, mitochondrial / リボソーム / YmL3


分子量: 44058.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36516
#33: タンパク質 54S ribosomal protein L17, mitochondrial / リボソーム / YmL17/YmL30


分子量: 32261.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36528
#34: タンパク質 54S ribosomal protein IMG2, mitochondrial / リボソーム / Integrity of mitochondrial genome protein 2


分子量: 16406.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25642
#35: タンパク質 54S ribosomal protein L13, mitochondrial / リボソーム / YmL13


分子量: 30317.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02204
#36: タンパク質 54S ribosomal protein L15, mitochondrial / リボソーム / YmL15


分子量: 28148.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36523
#37: タンパク質 54S ribosomal protein L20, mitochondrial / リボソーム / YmL20


分子量: 22431.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22354
#38: タンパク質 54S ribosomal protein L25, mitochondrial / リボソーム / YmL25


分子量: 18626.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23369
#39: タンパク質 54S ribosomal protein L31, mitochondrial / リボソーム / YmL31


分子量: 15555.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14063

-
タンパク質 , 2種, 2分子 Zd

#26: タンパク質 mitochondrial ribosomal protein YNL122C


分子量: 13276.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53921
#40: タンパク質 Mitochondrial homologous recombination protein 1 / Cross-linked transcription component 1


分子量: 26937.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06630

-
非ポリマー , 3種, 113分子

#42: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#43: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#44: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit / タイプ: RIBOSOME
分子量値: 1.9 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM potassium chloride, 20 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM potassium chloride, 20 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: glow-discharged holey carbon grids (Quantifoil R2/2) with home-made continuous carbon film
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II)
手法: Blot 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年5月25日
詳細: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: 85 K / 最高温度: 90 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1030
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0067 2014/01/21 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47124 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.34 Å
詳細: A newly developed statistical movie processing approach was used to compensate for beam-induced movement.
Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.2→262.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / SU B: 16.551 / SU ML: 0.26 / Average fsc overall: 0.8808 / Average fsc work: 0.8808 / ESU R: 0.372 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2485 955316 -
all0.249 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.596 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.458 Å2-0.762 Å20.079 Å2
2---0.616 Å20.216 Å2
3---0.158 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.015121015
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0279796
ELECTRON MICROSCOPYr_ext_dist_refined_d0.5790.07156648
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg0.9991.574174274
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.0953187243
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg18.5356.3387656
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg33.522.7842295
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg19.492159868
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg15.80815460
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.2380.20619375
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.0291779
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.0226185
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1830.222881
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1950.285963
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2150.248552
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0740.244744
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1840.21959
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0690.236
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.0970.24
ELECTRON MICROSCOPYr_paralell_plane_angle_deg4.0021.21856
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.44710.19326772
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.44710.19326771
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it4.27815.28233332
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other4.27815.28233333
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.289.54694243
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other2.289.54694244
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it3.91614.295140942
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other3.91614.295140943
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it9.48198.474380176
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other9.48198.474380177
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: 0 / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 % / WRfactor Rwork: 0

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc work
3.2-3.2830.459707830.459707830.707
3.283-3.3730.396688720.396688720.76
3.373-3.4710.363669840.363669840.796
3.471-3.5780.334649170.334649170.831
3.578-3.6950.312631780.312631780.86
3.695-3.8250.29608550.29608550.884
3.825-3.9690.271589470.271589470.903
3.969-4.1310.257565730.257565730.912
4.131-4.3150.245543010.245543010.923
4.315-4.5250.235519580.235519580.933
4.525-4.770.223492410.223492410.94
4.77-5.0590.216466460.216466460.943
5.059-5.4080.207439210.207439210.948
5.408-5.8410.207408540.207408540.948
5.841-6.3990.215375430.215375430.944
6.399-7.1530.212339130.212339130.946
7.153-8.2590.207299090.207299090.949
8.259-10.1130.197253110.197253110.953
10.113-14.2910.179195370.179195370.961
14.291-262.640.186107410.186107410.978

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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