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- EMDB-33176: Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, post-catalytic state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33176
タイトルStructure of nucleosome-AAG complex (A-53I, post-catalytic state)
マップデータ
試料
  • 複合体: complex
    • 複合体: nucleosomeヌクレオソーム
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
      • DNA: DNA (152-MER)
      • DNA: DNA (152-MER)
    • 複合体: DNA-3-methyladenine glycosylase
      • タンパク質・ペプチド: DNA-3-methyladenine glycosylase
キーワードNucleosome (ヌクレオソーム) / AAG / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / DNA repair (DNA修復) / Base excision repair (塩基除去修復) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / DNA alkylation repair / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / DNA alkylation repair / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / mitochondrial nucleoid / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / 塩基除去修復 / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / damaged DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Methylpurine-DNA glycosylase / Methylpurine-DNA glycosylase superfamily / Methylpurine-DNA glycosylase (MPG) / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain ...Methylpurine-DNA glycosylase / Methylpurine-DNA glycosylase superfamily / Methylpurine-DNA glycosylase (MPG) / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / DNA-3-methyladenine glycosylase / ヒストンH4 / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zheng L / Tsai B / Gao N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structural and mechanistic insights into the DNA glycosylase AAG-mediated base excision in nucleosome.
著者: Lvqin Zheng / Bin Tsai / Ning Gao /
要旨: The engagement of a DNA glycosylase with a damaged DNA base marks the initiation of base excision repair. Nucleosome-based packaging of eukaryotic genome obstructs DNA accessibility, and how DNA ...The engagement of a DNA glycosylase with a damaged DNA base marks the initiation of base excision repair. Nucleosome-based packaging of eukaryotic genome obstructs DNA accessibility, and how DNA glycosylases locate the substrate site on nucleosomes is currently unclear. Here, we report cryo-electron microscopy structures of nucleosomes bearing a deoxyinosine (DI) in various geometric positions and structures of them in complex with the DNA glycosylase AAG. The apo nucleosome structures show that the presence of a DI alone perturbs nucleosomal DNA globally, leading to a general weakening of the interface between DNA and the histone core and greater flexibility for the exit/entry of the nucleosomal DNA. AAG makes use of this nucleosomal plasticity and imposes further local deformation of the DNA through formation of the stable enzyme-substrate complex. Mechanistically, local distortion augmentation, translation/rotational register shift and partial opening of the nucleosome are employed by AAG to cope with substrate sites in fully exposed, occluded and completely buried positions, respectively. Our findings reveal the molecular basis for the DI-induced modification on the structural dynamics of the nucleosome and elucidate how the DNA glycosylase AAG accesses damaged sites on the nucleosome with different solution accessibility.
履歴
登録2022年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0315
最小 - 最大-0.14518814 - 0.2810966
平均 (標準偏差)0.0007862036 (±0.008323262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 210.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33176_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33176_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex

全体名称: complex
要素
  • 複合体: complex
    • 複合体: nucleosomeヌクレオソーム
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
      • DNA: DNA (152-MER)
      • DNA: DNA (152-MER)
    • 複合体: DNA-3-methyladenine glycosylase
      • タンパク質・ペプチド: DNA-3-methyladenine glycosylase

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超分子 #1: complex

超分子名称: complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: The AAG was docked into the density maps. But the nucleosomal DNA and the inserted residue Tyr162 are well defined in this map.
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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超分子 #2: nucleosome

超分子名称: nucleosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #3: DNA-3-methyladenine glycosylase

超分子名称: DNA-3-methyladenine glycosylase / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7

+
分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.421101 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: ヒストンH4

+
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.093436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESAKSAKS K

UniProtKB: Histone H2A type 1

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分子 #4: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.965265 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKSRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

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分子 #7: DNA-3-methyladenine glycosylase

分子名称: DNA-3-methyladenine glycosylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.915699 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVTPALQMKK PKQFCRRMGQ KKQRPARAGQ PHSSSDAAQA PAEQPHSSSD AAQAPCPRER CLGPPTTPGP YRSIYFSSPK GHLTRLGLE FFDQPAVPLA RAFLGQVLVR RLPNGTELRG RIVETEAYLG PEDEAAHSRG GRQTPRNRGM FMKPGTLYVY I IYGMYFCM ...文字列:
MVTPALQMKK PKQFCRRMGQ KKQRPARAGQ PHSSSDAAQA PAEQPHSSSD AAQAPCPRER CLGPPTTPGP YRSIYFSSPK GHLTRLGLE FFDQPAVPLA RAFLGQVLVR RLPNGTELRG RIVETEAYLG PEDEAAHSRG GRQTPRNRGM FMKPGTLYVY I IYGMYFCM NISSQGDGAC VLLRALEPLE GLETMRQLRS TLRKGTASRV LKDRELCSGP SKLCQALAIN KSFDQRDLAQ DE AVWLERG PLEPSEPAVV AAARVGVGHA GEWARKPLRF YVRGSPWVSV VDRVAEQDTQ A

UniProtKB: DNA-3-methyladenine glycosylase

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分子 #5: DNA (152-MER)

分子名称: DNA (152-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 47.051926 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(AAB)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(AAB)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)

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分子 #6: DNA (152-MER)

分子名称: DNA (152-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 46.655711 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT) (DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ohc

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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