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万見
- EMDB-3068: Mammalian ribosome bound to the native Sec61 protein-conducting c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3068
タイトルMammalian ribosome bound to the native Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state ('conventional' alignment)
マップデータSubtomogram average of non-solubilized ribosome-Sec61 complexes in the 'non-inserting' state. Subtomogram alignment was carried out using 'conventional' alignment.
試料
  • 試料: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
  • 複合体: Membrane-bound 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: ER protein translocon
キーワードRibosome (リボソーム) / Sec61 (Sec61) / Translocon (トランスロコン) / Endoplasmic Reticulum (小胞体) / Cryoelectron Tomography / Subtomogram Analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / phospholipid binding / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. ...Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Pfeffer S / Burbaum L / Unverdorben P / Pech M / Chen Y / Zimmermann R / Beckmann R / Foerster F
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of the native Sec61 protein-conducting channel.
著者: Stefan Pfeffer / Laura Burbaum / Pia Unverdorben / Markus Pech / Yuxiang Chen / Richard Zimmermann / Roland Beckmann / Friedrich Förster /
要旨: In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, ...In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, which has been structurally studied in isolated, detergent-solubilized states. Here we structurally and functionally characterize native, non-solubilized ribosome-Sec61 complexes on rough ER vesicles using cryo-electron tomography and ribosome profiling. Surprisingly, the 9-Å resolution subtomogram average reveals Sec61 in a laterally open conformation, even though the channel is not in the process of inserting membrane proteins into the lipid bilayer. In contrast to recent mechanistic models for polypeptide translocation and insertion, our results indicate that the laterally open conformation of Sec61 is the only conformation present in the ribosome-bound translocon complex, independent of its functional state. Consistent with earlier functional studies, our structure suggests that the ribosome alone, even without a nascent chain, is sufficient for lateral opening of Sec61 in a lipid environment.
履歴
登録2015年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年7月15日-
マップ公開2015年9月30日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-5a6u
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  • 原子モデル: PDB-5a6u
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  • 原子モデルPDB-5a6u
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3068.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of non-solubilized ribosome-Sec61 complexes in the 'non-inserting' state. Subtomogram alignment was carried out using 'conventional' alignment.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-16.746192929999999 - 20.314157489999999
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 576.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.622.622.62
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z576.400576.400576.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-16.74620.3140.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on cani...

全体名称: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
要素
  • 試料: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
  • 複合体: Membrane-bound 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: ER protein translocon

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超分子 #1000: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on cani...

超分子名称: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Membrane-bound 80S ribosome

超分子名称: Membrane-bound 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog / 組織: Pancreas

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分子 #1: ER protein translocon

分子名称: ER protein translocon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog / 組織: Pancreas / Organelle: Endoplasmic Reticulum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20mM Hepes, 50mM KCl; 2mM MgCl2
グリッド詳細: Lacey carbon molybdenum grid
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -20 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 20 °
日付2014年6月18日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 30 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each tilt image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: PyTom, tom_toolbox, av3_toolbox
使用したサブトモグラム数: 17600
詳細Tomogram reconstruction and template matching against a single particle cryo-EM reconstruction of the 80S ribosome were accomplished using PyTom. Subtomograms extracted from cross correlation peaks in the tomogram were classified using constrained principal component analysis focusing on the large ribosomal subunit and the ER membrane. For the retained coordinates, 1 x binned subtomograms were reconstructed individually from the weighted back-projections using the full tilt range, iteratively aligned and classified focusing on the translocon. For the retained coordinates, unbinned subtomograms were reconstructed individually from the weighted back-projections using only a reduced tilt range (-20 deg to +20 deg) and iteratively aligned using a 'conventional' subtomogram alignment procedure.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j7q


Chain - #0 - Chain ID: 1 / Chain - #1 - Chain ID: 2 / Chain - #2 - Chain ID: 3
ソフトウェア名称: MDFF
詳細The Sec61a N-terminal domain along with Sec61b was first fitted as a rigid body prior to flexible fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: pseudo-energy
得られたモデル

PDB-5a6u:
Native mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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