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万見
- EMDB-26612: Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26612
タイトルComplex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2
    • タンパク質・ペプチド: Nucleosome assembly protein 1-like 1
  • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion
キーワードUbiquitylation (ユビキチン) / CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


histone chaperone activity / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of BMP signaling pathway / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of neurogenesis / ヒドロキシル化 / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / Peptide chain elongation ...histone chaperone activity / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of BMP signaling pathway / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of neurogenesis / ヒドロキシル化 / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / Peptide chain elongation / protein K63-linked ubiquitination / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / グリコーゲン合成 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Pexophagy / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of PTEN localization / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / cytosolic ribosome / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Regulation of NF-kappa B signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Degradation of DVL / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Hh mutants are degraded by ERAD / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ribosomal L40e family ...Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin family / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L2 signature. / Ubiquitin homologues / Ribosomal protein L2, domain 3 / ユビキチン様タンパク質 / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2 / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ubiquitin domain profile. / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Ubiquitin-like domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleosome assembly protein 1-like 1 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yip MCJ / Sedor SF / Shao S
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM137415 米国
David and Lucile Packard Foundation2019-69660 米国
The Vallee Foundation
American Heart Association287375208 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)F31HL157976 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Mechanism of client selection by the protein quality-control factor UBE2O.
著者: Matthew C J Yip / Samantha F Sedor / Sichen Shao /
要旨: The E2/E3 enzyme UBE2O ubiquitylates diverse clients to mediate important processes, including targeting unassembled 'orphan' proteins for quality control and clearing ribosomes during erythropoiesis. ...The E2/E3 enzyme UBE2O ubiquitylates diverse clients to mediate important processes, including targeting unassembled 'orphan' proteins for quality control and clearing ribosomes during erythropoiesis. How quality-control factors, such as UBE2O, select clients on the basis of heterogeneous features is largely unknown. Here, we show that UBE2O client selection is regulated by ubiquitin binding and a cofactor, NAP1L1. Attaching a single ubiquitin onto a client enhances UBE2O binding and multi-mono-ubiquitylation. UBE2O also repurposes the histone chaperone NAP1L1 as an adapter to recruit a subset of clients. Cryo-EM structures of human UBE2O in complex with NAP1L1 reveal a malleable client recruitment interface that is autoinhibited by the intrinsically reactive UBC domain. Adding a ubiquitylated client identifies a distinct ubiquitin-binding SH3-like domain required for client selection. Our findings reveal how multivalency and a feed-forward mechanism drive the selection of protein quality-control clients.
履歴
登録2022年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26612.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.153266 - 2.953773
平均 (標準偏差)-0.0016925418 (±0.04302167)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 280.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: deepEMhancer sharpened map

ファイルemd_26612_additional_1.map
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_26612_additional_2.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_26612_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_26612_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2

全体名称: Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2
要素
  • 複合体: Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2
    • タンパク質・ペプチド: Nucleosome assembly protein 1-like 1
  • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

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超分子 #1: Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2

超分子名称: Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-...

分子名称: Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 190.728406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGAWSHPQFE KGSWSHPQFE KGPAGSENLY FQGSGIRMQI FVKTLTGKTI TLEVEPSDTI ENVKAKIQDK EGIPPDQQR LIFAGKQLED GRTLSDYNIQ KESTLHLVLR LRGVGSMGRV IRGQRKGAGS VFRAHVKHRK GAARLRAVDF A ERHGYIKG ...文字列:
MASWSHPQFE KGAWSHPQFE KGSWSHPQFE KGPAGSENLY FQGSGIRMQI FVKTLTGKTI TLEVEPSDTI ENVKAKIQDK EGIPPDQQR LIFAGKQLED GRTLSDYNIQ KESTLHLVLR LRGVGSMGRV IRGQRKGAGS VFRAHVKHRK GAARLRAVDF A ERHGYIKG IVKDIIHDPG RGAPLAKVVF RDPYRFKKRT ELFIAAEGIH TGQFVYCGKK AQLNVGNVLP VGTMPEGTIV CC LEEKPGD RGKLARASGN YATVISHNPE TKKTRVKLPS GSKKVISSAN RAVVGVVAGG GRIDKPILKA GRAYHKYKAK RNC WPRVRG VAMNPVEHPF GGGNHQHIGK PSTIRRDAPA GRKVGLIAAR RTGRLRGTKT VQEKENGGSG LEVLFQGPGG SGGG SGLEV LFQGPGGSGY PYDVPDYAGY PYDVPDYAGS YPYDVPDYAG SAIRDRTMAD PAAPTPAAPA PAQAPAPAPE AVPAP AAAP VPAPAPASDS ASGPSSDSGP EAGSQRLLFS HDLVSGRYRG SVHFGLVRLI HGEDSDSEGE EEGRGSSGCS EAGGAG HEE GRASPLRRGY VRVQWYPEGV KQHVKETKLK LEDRSVVPRD VVRHMRSTDS QCGTVIDVNI DCAVKLIGTN CIIYPVN SK DLQHIWPFMY GDYIAYDCWL GKVYDLKNQI ILKLSNGARC SMNTEDGAKL YDVCPHVSDS GLFFDDSYGF YPGQVLIG P AKIFSSVQWL SGVKPVLSTK SKFRVVVEEV QVVELKVTWI TKSFCPGGTD SVSPPPSVIT QENLGRVKRL GCFDHAQRQ LGERCLYVFP AKVEPAKIAW ECPEKNCAQG EGSMAKKVKR LLKKQVVRIM SCSPDTQCSR DHSMEDPDKK GESKTKSEAE SASPEETPD GSASPVEMQD EGAEEPHEAG EQLPPFLLKE GRDDRLHSAE QDADDEAADD TDDTSSVTSS ASSTTSSQSG S GTSRKKSI PLSIKNLKRK HKRKKNKITR DFKPGDRVAV EVVTTMTSAD VMWQDGSVEC NIRSNDLFPV HHLDNNEFCP GD FVVDKRV QSCPDPAVYG VVQSGDHIGR TCMVKWFKLR PSGDDVELIG EEEDVSVYDI ADHPDFRFRT TDIVIRIGNT EDG APHKED EPSVGQVARV DVSSKVEVVW ADNSKTIILP QHLYNIESEI EESDYDSVEG STSGASSDEW EDDSDSWETD NGLV EDEHP KIEEPPIPPL EQPVAPEDKG VVISEEAATA AVQGAVAMAA PMAGLMEKAG KDGPPKSFRE LKEAIKILES LKNMT VEQL LTGSPTSPTV EPEKPTREKK FLDDIKKLQE NLKKTLDNVA IVEEEKMEAV PDVERKEDKP EGQSPVKAEW PSETPV LCQ QCGGKPGVTF TSAKGEVFSV LEFAPSNHSF KKIEFQPPEA KKFFSTVRKE MALLATSLPE GIMVKTFEDR MDLFSAL IK GPTRTPYEDG LYLFDIQLPN IYPAVPPHFC YLSQCSGRLN PNLYDNGKVK VSLLGTWIGK GTERWTSKSS LLQVLISI Q GLILVNEPYY NEAGFDSDRG LQEGYENSRC YNEMALIRVV QSMTQLVRRP PEVFEQEIRQ HFSTGGWRLV NRIESWLET HALLEKAQAL PNGVPKASSS PEPPAVAELS DSGQQEPEDG GPAPGEASQG SDSEGGAQGL ASASRDHTDQ TSETAPDASV PPSVKPKKR RKSYRSFLPE KSGYPDIGFP LFPLSKGFIK SIRGVLTQFR AALLEAGMPE CTEDK

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein, Large ribosomal subunit protein uL2, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme

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分子 #2: Nucleosome assembly protein 1-like 1

分子名称: Nucleosome assembly protein 1-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.363898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKAGSADID NKEQSELDQD LDDVEEVEEE ETGEETKLKA RQLTVQMMQN PQILAALQER LDGLVETPT GYIESLPRVV KRRVNALKNL QVKCAQIEAK FYEEVHDLER KYAVLYQPLF DKRFEIINAI YEPTEEECEW K PDEEDEIS ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKAGSADID NKEQSELDQD LDDVEEVEEE ETGEETKLKA RQLTVQMMQN PQILAALQER LDGLVETPT GYIESLPRVV KRRVNALKNL QVKCAQIEAK FYEEVHDLER KYAVLYQPLF DKRFEIINAI YEPTEEECEW K PDEEDEIS EELKEKAKIE DEKKDEEKED PKGIPEFWLT VFKNVDLLSD MVQEHDEPIL KHLKDIKVKF SDAGQPMSFV LE FHFEPNE YFTNEVLTKT YRMRSEPDDS DPFSFDGPEI MGCTGCQIDW KKGKNVTLKT IKKKQKHKGR GTVRTVTKTV SND SFFNFF APPEVPESGD LDDDAEAILA ADFEIGHFLR ERIIPRSVLY FTGEAIEDDD DDYDEEGEEA DEEGEEEGDE ENDP DYDPK KDQNPAECKQ Q

UniProtKB: Nucleosome assembly protein 1-like 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 201743
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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