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- EMDB-24290: State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Spb4 lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24290
タイトルState E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Spb4 locally refined map
マップデータState E1 Spb4 locally refined map
試料
  • 複合体: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 22種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


Noc1p-Noc2p complex / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / rRNA primary transcript binding ...Noc1p-Noc2p complex / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ATPase activator activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein-RNA complex assembly / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / DNA replication initiation / regulation of translational fidelity / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA / assembly of large subunit precursor of preribosome / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / リボソーム生合成 / ATPase binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ヘリカーゼ / 翻訳 (生物学) / 細胞分裂 / mRNA binding / GTPase activity / chromatin binding / 核小体 / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / WD repeat WDR12/Ytm1 / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain ...Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / WD repeat WDR12/Ytm1 / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / CCAAT-binding factor / CBF/Mak21 family / Domain of unknown function DUF4217 / Domain of unknown function (DUF4217) / DUF4217 / NLE / NLE (NUC135) domain / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / GTP binding domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Helicase conserved C-terminal domain / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome biogenesis protein YTM1 / ATP-dependent rRNA helicase SPB4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 ...Ribosome biogenesis protein YTM1 / ATP-dependent rRNA helicase SPB4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase / Nucleolar complex protein 2 / Ribosome biogenesis protein RLP7 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Nucleolar GTP-binding protein 1 / Nucleolar complex-associated protein 3 / Ribosome biogenesis protein RLP24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Cruz VE / Sekulski K / Peddada N / Erzberger JP
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135617-01 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
Robert A. Welch FoundationI-1897 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Sequence-specific remodeling of a topologically complex RNP substrate by Spb4.
著者: Victor Emmanuel Cruz / Kamil Sekulski / Nagesh Peddada / Carolin Sailer / Sahana Balasubramanian / Christine S Weirich / Florian Stengel / Jan P Erzberger /
要旨: DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular ...DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular roles, most notably in driving large-scale RNA remodeling steps during the assembly of ribonucleoproteins (RNPs). We describe cryo-EM structures of 60S ribosomal biogenesis intermediates that reveal how context-specific RNA unwinding by the DEAD-box ATPase Spb4 results in extensive, sequence-specific remodeling of rRNA secondary structure. Multiple cis and trans interactions stabilize Spb4 in a post-catalytic, high-energy intermediate that drives the organization of the three-way junction at the base of rRNA domain IV. This mechanism explains how limited strand separation by DEAD-box ATPases is leveraged to provide non-equilibrium directionality and ensure efficient and accurate RNP assembly.
履歴
登録2021年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24290.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State E1 Spb4 locally refined map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.055873696 - 0.10866229
平均 (標準偏差)0.00014364783 (±0.0023986532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 453.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: State E1 Spb4 locally refined half map 2

ファイルemd_24290_half_map_1.map
注釈State E1 Spb4 locally refined half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: State E1 Spb4 locally refined half map 1

ファイルemd_24290_half_map_2.map
注釈State E1 Spb4 locally refined half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.

全体名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
要素
  • 複合体: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
    • RNA: 25S rRNA
    • RNA: 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: Nucleolar complex protein 2
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L8-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Nucleolar complex-associated protein 3
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L17-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L19-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Nucleolar GTP-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L31-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein ERB1リボソーム生合成
    • タンパク質・ペプチド: Pescadillo homolog
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein YTM1リボソーム生合成
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein RLP7リボソーム生合成
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein RLP24リボソーム生合成
    • タンパク質・ペプチド: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent rRNA helicase SPB4
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.

超分子名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
分子量理論値: 3.3 MDa

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分子 #1: 25S rRNA

分子名称: 25S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 207.253609 KDa
配列文字列: AUGCCUGAAU AGGGUGAAGC CAGAGGAAAC UCUGGUGGAG GCUCGCGAAU UUGGGUAUAG UAGCAAAUAU UCAAAUGAGA ACUUUGAAG ACUGAAGUGG GGAAAGGUUC CACGUCAACA GCAGUUGGAC GUGGGUUAGU CGAUCCUAAG AGAUGGUUUC A AAGGCCUG ...文字列:
AUGCCUGAAU AGGGUGAAGC CAGAGGAAAC UCUGGUGGAG GCUCGCGAAU UUGGGUAUAG UAGCAAAUAU UCAAAUGAGA ACUUUGAAG ACUGAAGUGG GGAAAGGUUC CACGUCAACA GCAGUUGGAC GUGGGUUAGU CGAUCCUAAG AGAUGGUUUC A AAGGCCUG AUUCAGGCCA CCAUCGAAAG GGAAUCCGGU UAAGAUUCCG GAACCUGGAU AUGGAUUCUU CACGGUAACG UA ACUGAAU GUGGAGACGU CGGCGCGAGC CCUGGGAGGA GUUAUCUUUU CUUCUUAACA GCUUAUCACC CCGGAAUUGG UUU AUCCGG AGAUGGGGUC UUAUGGCUGG AAGAGGCCAG CACCUUUGCU GGCUCCGGUG CGCUUGUGAC GGCCCGUGAA AAUC CACAG GAAGGAAUAG UUUUCAUGCC AGGUCGUACU GUCUCCAAGG UGAACAGCCU CUAGUUGAUA GAAUCCGUAA CUUCG GGAU AAGGAUUGGC UCUAAGGGUC GGGUAGUGAG GGCCUUGGUC ACGGCCUUGG CUUGCUACAA UUAACGAUCA ACUUAG AAC UGGUACGGAC AAUAUCUAGC GAGGCUGUCU GAUCAGGCAU UGCGUAAGCA GUAGAGUAGC CGUUACGAUC UGCUGAG A

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分子 #2: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 23.067643 KDa
配列文字列:
GAACGCGCGA UACUCUUUGA ACGCACAUUG CGCCCCUUGG UAUUCCAGGG GGCAUCUUUG AAAGCGUAUU GC

+
分子 #3: Nucleolar complex protein 2

分子名称: Nucleolar complex protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 81.719289 KDa
配列文字列: MGKVSKSTKK FQSKHLKHTL DQRRKEKIQK KRIQGRRGNK TDQEKADAAG TREQQQLKKS AKEEVFKDMS VETFFEKGIE IPKENKKLK KKTTKEQSDE DSSSSEEEED MGQSMAKLAE KDPEFYKYLE ENDKDLLDFA GTNPLDGIDS QDEGEDAERN S NIEEKSEQ ...文字列:
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+
分子 #4: 60S ribosomal protein L3

分子名称: 60S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 43.850793 KDa
配列文字列: MSHRKYEAPR HGHLGFLPRK RAASIRARVK AFPKDDRSKP VALTSFLGYK AGMTTIVRDL DRPGSKFHKR EVVEAVTVVD TPPVVVVGV VGYVETPRGL RSLTTVWAEH LSDEVKRRFY KNWYKSKKKA FTKYSAKYAQ DGAGIERELA RIKKYASVVR V LVHTQIRK ...文字列:
MSHRKYEAPR HGHLGFLPRK RAASIRARVK AFPKDDRSKP VALTSFLGYK AGMTTIVRDL DRPGSKFHKR EVVEAVTVVD TPPVVVVGV VGYVETPRGL RSLTTVWAEH LSDEVKRRFY KNWYKSKKKA FTKYSAKYAQ DGAGIERELA RIKKYASVVR V LVHTQIRK TPLAQKKAHL AEIQLNGGSI SEKVDWAREH FEKTVAVDSV FEQNEMIDAI AVTKGHGFEG VTHRWGTKKL PR KTHRGLR KVACIGAWHP AHVMWSVARA GQRGYHSRTS INHKIYRVGK GDDEANGATS FDRTKKTITP MGGFVHYGEI KND FIMVKG CIPGNRKRIV TLRKSLYTNT SRKALEEVSL KWIDTASKFG KGRFQTPAEK HAFMGTLKKD L

+
分子 #5: 60S ribosomal protein L8-A

分子名称: 60S ribosomal protein L8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 28.17582 KDa
配列文字列: MAPGKKVAPA PFGAKSTKSN KTRNPLTHST PKNFGIGQAV QPKRNLSRYV KWPEYVRVQR QKKILSIRLK VPPTIAQFQY TLDRNTAAE TFKLFNKYRP ETAAEKKERL TKEAAAVAEG KSKQDASPKP YAVKYGLNHV VALIENKKAK LVLIANDVDP I ELVVFLPA ...文字列:
MAPGKKVAPA PFGAKSTKSN KTRNPLTHST PKNFGIGQAV QPKRNLSRYV KWPEYVRVQR QKKILSIRLK VPPTIAQFQY TLDRNTAAE TFKLFNKYRP ETAAEKKERL TKEAAAVAEG KSKQDASPKP YAVKYGLNHV VALIENKKAK LVLIANDVDP I ELVVFLPA LCKKMGVPYA IVKGKARLGT LVNQKTSAVA ALTEVRAEDE AALAKLVSTI DANFADKYDE VKKHWGGGIL GN KAQAKMD KRAKNSDSA

+
分子 #6: Nucleolar complex-associated protein 3

分子名称: Nucleolar complex-associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 75.689008 KDa
配列文字列: MAKRNRSQFR IQERTAKKRK HEDSLLEGNV FQNAPEDMDE NTIYSAKGSS WDEEEQDYEM VPRKNRSDTS NLVEGLPIKV NGKVERKLH KAQEKPKDDD EEDEDSNDSS EDDEGPNEEQ EAEAKEDEPD TEEKILQLKE DIADLVTKVM EEPEENTAAL G RLCKMVES ...文字列:
MAKRNRSQFR IQERTAKKRK HEDSLLEGNV FQNAPEDMDE NTIYSAKGSS WDEEEQDYEM VPRKNRSDTS NLVEGLPIKV NGKVERKLH KAQEKPKDDD EEDEDSNDSS EDDEGPNEEQ EAEAKEDEPD TEEKILQLKE DIADLVTKVM EEPEENTAAL G RLCKMVES KNPNTCKFSM LALVPVFKSI IPGYRIRPLT ETEKKEKVSK EVSKLRNFEQ ALVYNYKNYV GRLQSLSKTP SN AAPIQVS LGILATQAAK ELISTASHFN FRTDIFTLLL RRICKPRIST DPTSIQIIQT FETLLNEDEE GSISFEILRI FNK ILKTRN FNIEESVLNM LLSLDVLHDY DPNTKLKGNV SAPKLKKKDR VHLSKKQRKA RKEMQQIEEE MRNAEQAVSA EERE RNQSE ILKIVFTIYL NILKNNAKTL IGSVLEGLTK FGNMANFDLL GDFLEVMKEL ISDTEFDNLS SAEVRKALLC IVSAF SLIS NTQYMKVNVD LSKFVDGLYA LLPYICLDAD IELSYRSLRL ADPLNNEIIK PSVNVSTKAE LLLKALDHVF FRSKSG TKE RATAFTKRLY MCISHTPEKT SIAILKFIDK LMNRYPEISG LYSSEDRIGN GHFIMEADNP SRSNPEAATL WDNALLE KH YCPVVTKGLR SLSSRSKECS K

+
分子 #7: 60S ribosomal protein L17-A

分子名称: 60S ribosomal protein L17-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 20.589518 KDa
配列文字列:
MARYGATSTN PAKSASARGS YLRVSFKNTR ETAQAINGWE LTKAQKYLEQ VLDHQRAIPF RRFNSSIGRT AQGKEFGVTK ARWPAKSVK FVQGLLQNAA ANAEAKGLDA TKLYVSHIQV NQAPKQRRRT YRAHGRINKY ESSPSHIELV VTEKEEAVAK A AEKKVVRL TSRQRGRIAA QKRIAA

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L19-A

分子名称: 60S ribosomal protein L19-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 21.762316 KDa
配列文字列: MANLRTQKRL AASVVGVGKR KVWLDPNETS EIAQANSRNA IRKLVKNGTI VKKAVTVHSK SRTRAHAQSK REGRHSGYGK RKGTREARL PSQVVWIRRL RVLRRLLAKY RDAGKIDKHL YHVLYKESKG NAFKHKRALV EHIIQAKADA QREKALNEEA E ARRLKNRA ...文字列:
MANLRTQKRL AASVVGVGKR KVWLDPNETS EIAQANSRNA IRKLVKNGTI VKKAVTVHSK SRTRAHAQSK REGRHSGYGK RKGTREARL PSQVVWIRRL RVLRRLLAKY RDAGKIDKHL YHVLYKESKG NAFKHKRALV EHIIQAKADA QREKALNEEA E ARRLKNRA ARDRRAQRVA EKRDALLKED A

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L22-A

分子名称: 60S ribosomal protein L22-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 13.711359 KDa
配列文字列:
MAPNTSRKQK IAKTFTVDVS SPTENGVFDP ASYAKYLIDH IKVEGAVGNL GNAVTVTEDG TVVTVVSTAK FSGKYLKYLT KKYLKKNQL RDWIRFVSTK TNEYRLAFYQ VTPEEDEEED EE

+
分子 #10: 60S ribosomal protein L25

分子名称: 60S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 15.787612 KDa
配列文字列:
MAPSAKATAA KKAVVKGTNG KKALKVRTSA TFRLPKTLKL ARAPKYASKA VPHYNRLDSY KVIEQPITSE TAMKKVEDGN ILVFQVSMK ANKYQIKKAV KELYEVDVLK VNTLVRPNGT KKAYVRLTAD YDALDIANRI GYI

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L27-A

分子名称: 60S ribosomal protein L27-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 15.56836 KDa
配列文字列:
MAKFLKAGKV AVVVRGRYAG KKVVIVKPHD EGSKSHPFGH ALVAGIERYP LKVTKKHGAK KVAKRTKIKP FIKVVNYNHL LPTRYTLDV EAFKSVVSTE TFEQPSQREE AKKVVKKAFE ERHQAGKNQW FFSKLRF

+
分子 #12: Nucleolar GTP-binding protein 1

分子名称: Nucleolar GTP-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 74.531227 KDa
配列文字列: MQLSWKDIPT VAPANDLLDI VLNRTQRKTP TVIRPGFKIT RIRAFYMRKV KYTGEGFVEK FEDILKGFPN INDVHPFHRD LMDTLYEKN HYKISLAAIS RAKSLVEQVA RDYVRLLKFG QSLFQCKQLK RAALGRMATI VKKLRDPLAY LEQVRQHIGR L PSIDPNTR ...文字列:
MQLSWKDIPT VAPANDLLDI VLNRTQRKTP TVIRPGFKIT RIRAFYMRKV KYTGEGFVEK FEDILKGFPN INDVHPFHRD LMDTLYEKN HYKISLAAIS RAKSLVEQVA RDYVRLLKFG QSLFQCKQLK RAALGRMATI VKKLRDPLAY LEQVRQHIGR L PSIDPNTR TLLICGYPNV GKSSFLRCIT KSDVDVQPYA FTTKSLYVGH FDYKYLRFQA IDTPGILDRP TEEMNNIEMQ SI YAIAHLR SCVLYFMDLS EQCGFTIEAQ VKLFHSIKPL FANKSVMVVI NKTDIIRPED LDEERAQLLE SVKEVPGVEI MTS SCQLEE NVMEVRNKAC EKLLASRIEN KLKSQSRINN VLNKIHVAQP QARDDVKRTP FIPESVKNLK KYDPEDPNRR KLAR DIEAE NGGAGVFNVN LKDKYLLEDD EWKNDIMPEI LDGKNVYDFL DPEIAAKLQA LEEEEEKLEN EGFYNSDDEE EIYDG FEAS EVDDIKEKAA WIRNRQKTMI AEARNRKSLK NKAIMPRSKL TKSFGKMEEH MSTLGHDMSA LQDKQNRAAR KNRYVE RGS DVVFGDQDAL TASTENGVKL RQTDRLLDGV ADGSMRSKAD RMAKMERRER NRHAKQGESD RHNAVSLSKH LFSGKRG VG KTDFR

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L30

分子名称: 60S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 11.430364 KDa
配列文字列:
MAPVKSQESI NQKLALVIKS GKYTLGYKST VKSLRQGKSK LIIIAANTPV LRKSELEYYA MLSKTKVYYF QGGNNELGTA VGKLFRVGV VSILEAGDSD ILTTLA

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L31-A

分子名称: 60S ribosomal protein L31-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 12.980158 KDa
配列文字列:
MAGLKDVVTR EYTINLHKRL HGVSFKKRAP RAVKEIKKFA KLHMGTDDVR LAPELNQAIW KRGVKGVEYR LRLRISRKRN EEEDAKNPL FSYVEPVLVA SAKGLQTVVV EEDA

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L34-A

分子名称: 60S ribosomal protein L34-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 13.673196 KDa
配列文字列:
MAQRVTFRRR NPYNTRSNKI KVVKTPGGIL RAQHVKKLAT RPKCGDCGSA LQGISTLRPR QYATVSKTHK TVSRAYGGSR CANCVKERI IRAFLIEEQK IVKKVVKEQT EAAKKSEKKA KK

+
分子 #16: 60S ribosomal protein L37-A

分子名称: 60S ribosomal protein L37-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 9.877395 KDa
配列文字列:
MGKGTPSFGK RHNKSHTLCN RCGRRSFHVQ KKTCSSCGYP AAKTRSYNWG AKAKRRHTTG TGRMRYLKHV SRRFKNGFQT GSASKASA

+
分子 #17: 60S ribosomal protein L38

分子名称: 60S ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 8.845561 KDa
配列文字列:
MAREITDIKQ FLELTRRADV KTATVKINKK LNKAGKPFRQ TKFKVRGSSS LYTLVINDAG KAKKLIQSLP PTLKVNRL

+
分子 #18: Ribosome biogenesis protein ERB1

分子名称: Ribosome biogenesis protein ERB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 48.685059 KDa
配列文字列: DHVMHLRAPK LPLDLYLAPR VRKNKLNIDP NSLIPELPSP KDLRPFPIRC STIYAGHKGK VRTLSIDPSG LWLATGSDDG TVRVWEILT GREVYRTTLI DPKDNPDYHI ECIEWNPDAN NGILAVAVGE NIHLIVPPIF GYDIENNGKT KIEDGFGYDT F GTVKKSNL ...文字列:
DHVMHLRAPK LPLDLYLAPR VRKNKLNIDP NSLIPELPSP KDLRPFPIRC STIYAGHKGK VRTLSIDPSG LWLATGSDDG TVRVWEILT GREVYRTTLI DPKDNPDYHI ECIEWNPDAN NGILAVAVGE NIHLIVPPIF GYDIENNGKT KIEDGFGYDT F GTVKKSNL EVNAIEWNPD ANNGILAKNA VKKQVAQWNK PSQKQLEKDI CITISCKKTV KKLSWHRKGD YFVTVQPDSG NT SVLIHQV SKHLTQSPFK KSKGIIMDAK FHPFKPQLFV CSQRYVRIYD LSQQILVKKL LPGARWLSKI DIHPRGDNLI ASS FDKRVL WHDLDLASTP YKTLRYHEKA VRSVNFHKKL PLFSSAADDG TIHVFHATVY DDMMKNPMIV PLKKLTGHKV INSL GVLDA IWHPREAWLF SAGADNTARL WTTI

+
分子 #19: Pescadillo homolog

分子名称: Pescadillo homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 12.445749 KDa
配列文字列:
MRIKKKNTRG NARNFITRSQ AVRKLQVSLA DFRRLCIFKG IYPREPRNKK KANKGSTAPT TFYYAKDIQY EEKKLKMIMM SNKQKKLYK KMKYSNAKKE EQAEN

+
分子 #20: Ribosome biogenesis protein YTM1

分子名称: Ribosome biogenesis protein YTM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 51.440664 KDa
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MTEDKSQVKI RFFTREKDEL LHVQDTPMYA PISLKRYGLS EIVNHLLGSE KPVPFDFLIE GELLRTSLHD YLTKKGLSSE ASLNVEYTR AILPPSYLNS FSNEDWVSSL DVGDGSKHII SGSYDGIVRT WDLSGNVQKQ YSGHSGPIRA VKYISNTRLV S AGNDRTLR LWKTKNDDLK LTSQQQAQED DDDEVNIEDG KTLAILEGHK APVVSIDVSD NSRILSASYD NSIGFWSTIY KE MTVVDPL EDINNPNNKI STAARKRRKL TMKDGTIRRR APLSLLESHT APVEQVIFDS TDNTVGYSVS QDHTIKTWDL VTA RCIDTR TTSYSLLSIA QLSTLNLLAC GSSARHITLH DPRVGASSKV TQQQLIGHKN FVSSLDTCPE NEYILCSGSH DGTV KVWDV RSTSPMYTIT REDKSVQKGV NDKVFAVKWA EKVGIISAGQ DKKIQINKAD NIFKN

+
分子 #21: Ribosome biogenesis protein RLP7

分子名称: Ribosome biogenesis protein RLP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 36.621074 KDa
配列文字列: MSSTQDSKAQ TLNSNPEILL RKRRNADRTR IERQELAKKK REEQIKKKRS NKNKFVRAES IVAKTLATSR EKERIKRVSI LEDKKAKNE TQHIASGKDF ILKITEKANG AEENSVDLEE TEEEEDDGLI REKTTYDGKP ALLFIVRVRG PLAVNIPNKA F KILSLLRL ...文字列:
MSSTQDSKAQ TLNSNPEILL RKRRNADRTR IERQELAKKK REEQIKKKRS NKNKFVRAES IVAKTLATSR EKERIKRVSI LEDKKAKNE TQHIASGKDF ILKITEKANG AEENSVDLEE TEEEEDDGLI REKTTYDGKP ALLFIVRVRG PLAVNIPNKA F KILSLLRL VETNTGVFVK LTKNVYPLLK VIAPYVVIGK PSLSSIRSLI QKRGRIIYKG ENEAEPHEIV LNDNNIVEEQ LG DHGIICV EDIIHEIATM GESFSVCNFF LQPFKLNREV SGFGSLNRLR KIKQREAESR TRQFSNAATA PVIEVDIDSL LAK LN

+
分子 #22: Ribosome biogenesis protein RLP24

分子名称: Ribosome biogenesis protein RLP24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 24.02765 KDa
配列文字列: MRIYQCHFCS SPCYPGHGIM FVRNDAKEFR FCRSKCHKAF KQRRNPRKLK WTKAFRKAAG KELAVDSTLT FAQRRNVPVR YNRELVATT LKAMARIEEI RQKRERAFYK NRMRGNKEKD FLRDKKLVES NPELLRIREV EIARKLAKEQ ERAESVSEQE E SEEEEEDM ...文字列:
MRIYQCHFCS SPCYPGHGIM FVRNDAKEFR FCRSKCHKAF KQRRNPRKLK WTKAFRKAAG KELAVDSTLT FAQRRNVPVR YNRELVATT LKAMARIEEI RQKRERAFYK NRMRGNKEKD FLRDKKLVES NPELLRIREV EIARKLAKEQ ERAESVSEQE E SEEEEEDM EIDSDEEEEE QLEKQKILLK NRRRNTKKIA F

+
分子 #23: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase

分子名称: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 96.656172 KDa
配列文字列: MGKTQKKNSK GRLDRYYYLA KEKGYRARSS FKIIQINEKY GHFLEKSKVV IDLCAAPGSW CQVASKLCPV NSLIIGVDIV PMKPMPNVI TFQSDITTED CRSKLRGYMK TWKADTVLHD GAPNVGLGWV QDAFTQSQLT LQALKLAVEN LVVNGTFVTK I FRSKDYNK ...文字列:
MGKTQKKNSK GRLDRYYYLA KEKGYRARSS FKIIQINEKY GHFLEKSKVV IDLCAAPGSW CQVASKLCPV NSLIIGVDIV PMKPMPNVI TFQSDITTED CRSKLRGYMK TWKADTVLHD GAPNVGLGWV QDAFTQSQLT LQALKLAVEN LVVNGTFVTK I FRSKDYNK LIWVFQQLFE KVEATKPPAS RNVSAEIFVV CKGFKAPKRL DPRLLDPKEV FEELPDGQQN MESKIYNPEK KV RKRQGYE EGDNLLYHET SILDFVRTED PISMLGEMNK FTIDENDHEW KILKKLKQTT DEFRSCIEDL KVLGKKDFKM ILR WRKIAR EILGIEVKDD AKTEIEVVPL TEEEQIEKDL QGLQEKQRLN VKRERRRKNE MKQKELQRMQ MNMITPTDIG IEAA SLGKE SLFNLKTAEK TGILNDLAKG KKRMIFTDDE LAKDNDIYID ENIMIKDKDS AADADDLESE LNAMYSDYKT RRSER DAKF RAKQARGGDN EEEWTGFNEG SLEKKEEEGK DYIEDNDDEG VEGDSDDDEA ITNLISKLKG QEGDHKLSSK ARMIFN DPI FNNVEPDLPV NTVNDGIMSS ESVGDISKLN KKRKHEEMHQ KQDEADSSDE SSSDDSDFEI VANDNASEEF DSDYDSE EE KNQTKKEKHS RDIDIATVEA MTLAHQLALG QKNKHDLVDE GFNRYTFRDT ENLPDWFLED EKEHSKINKP ITKEAAMA I KEKIKAMNAR PIKKVAEAKA RKRMRAVARL EKIKKKAGLI NDDSDKTEKD KAEEISRLMR KVTKKPKTKP KVTLVVASG RNKGLAGRPK GVKGKYKMVD GVMKNEQRAL RRIAKKHHKK K

+
分子 #24: ATP-dependent rRNA helicase SPB4

分子名称: ATP-dependent rRNA helicase SPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 69.492172 KDa
配列文字列: MSKSLEWDNL GFSLLPWIRT GLDVMGFETM TPVQASTIPM LAGNKDVVVD SVTGSGKTAA FVIPVLEKVV KEEANTSKFK KAHFHSLII APTRELSRQI ESVVLSFLEH YPSDLFPIKC QLLVGTNEAT VRDDVSNFLR NRPQILIGTP GRVLDFLQMP A VKTSACSM ...文字列:
MSKSLEWDNL GFSLLPWIRT GLDVMGFETM TPVQASTIPM LAGNKDVVVD SVTGSGKTAA FVIPVLEKVV KEEANTSKFK KAHFHSLII APTRELSRQI ESVVLSFLEH YPSDLFPIKC QLLVGTNEAT VRDDVSNFLR NRPQILIGTP GRVLDFLQMP A VKTSACSM VVMDEADRLL DMSFIKDTEK ILRLLPKQRR TGLFSATMRS AGSDIFKTGL RNPVRITVNS KNQAPSSLKL NY CVVNPAE KLQLLVSILN NYKFKKCIVY FPTCVSVSYF YSFIQYLGKR NILVNEVEIF SLHGKLQTSA RTKTLTAFTD SLS NSVLFT TDVAARGIDI PDVDLVIQLD PPTNTDMFMH RCGRTGRANR VGKAITFLNE GREEDFIPFM QVKNVELEEL DLEV KGITA NFYEDFRNWI LEDRDRFDKG VKAYVAFIKY YSNHSATSIF RLQSLDYVGI AKLYGLFRLP RMPEITKYLA TEKQE GIFP GNWLVDPPVN MDEYKYKDKK REKERQETLK NISLINDKKK LKSELKKKNL AWSDKTLTKE RKLERKEKMS LKRKAI EEE LKAEELDENA EEERIKEDWK EIVLQNKRKK VSSKAIQGNF DDL

+
分子 #25: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMCH2[CH2NHC(CH2OH)3]2Bis-Tris-Propane
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMC9H15O6PHClTCEP
0.01 % (w/v)NP-40
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.30000000000000004 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4523 / 平均露光時間: 0.05 sec. / 平均電子線量: 1.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 825096
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3891

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 58000 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 211000
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7r72:
State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Spb4 local model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る