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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dma | ||||||
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タイトル | DOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH NICOTINAMIDE AND AMP | ||||||
要素 | EXOTOXIN APseudomonas exotoxin | ||||||
キーワード | ADP-RIBOSYLATION (ADPリボース化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: The crystal structure of Pseudomonas aeruginosa exotoxin domain III with nicotinamide and AMP: conformational differences with the intact exotoxin. 著者: Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: Functional Analysis of Domains II, Ib, and III of Pseudomonas Exotoxin 著者: Siegall, C.B. / Chaudhary, V.K. / Fitzgerald, D.J. / Pastan, I. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986 タイトル: Structure of Exotoxin a of Pseudomonas Aeruginosa a 3.0-Angstrom Resolution 著者: Allured, V.S. / Collier, R.J. / Carroll, S.F. / Mckay, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dma.cif.gz | 88.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dma.ent.gz | 68 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dma.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/1dma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/1dma | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 536 / 2: CIS PROLINE - PRO B 536 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23334.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: PPED5-399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11439 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-AMP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used as seeds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→8 Å / Num. obs: 16513 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.068 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.264 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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