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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bhn | ||||||
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タイトル | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE ISOFORM A FROM BOVINE RETINA | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / エンドサイトーシス / nervous system development / 細胞分化 / ATP binding / metal ion binding ...nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / エンドサイトーシス / nervous system development / 細胞分化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ladner, J.E. / Abdulaev, N.G. / Kakuev, D.L. / Karaschuk, G.N. / Tordova, M. / Eisenstein, E. / Fujiwara, J.H. / Ridge, K.D. / Gilliland, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: The three-dimensional structures of two isoforms of nucleoside diphosphate kinase from bovine retina. 著者: Ladner, J.E. / Abdulaev, N.G. / Kakuev, D.L. / Tordova, M. / Ridge, K.D. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bhn.cif.gz | 213.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bhn.ent.gz | 166.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bhn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bhn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bhn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17284.955 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: EYE / 器官: RETINA網膜 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52174, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | ChemComp-35G / #3: 化合物 | ChemComp-GDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contains equal volume of the reservoir solution | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年1月15日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 41872 / % possible obs: 79 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 60 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 165667 / Rmerge(I) obs: 0.122 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.54 Å / % possible obs: 60 % / Rmerge(I) obs: 0.384 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PARTIALLY REFINED STRUCTURE OF THE B ISOFORM 解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL /
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溶媒の処理 | Bsol: 231.6 Å2 / ksol: 0.672 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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