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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1895 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron Microscopy Structure of the 30S Subunit in Complex with the YjeQ Biogenesis Factor | |||||||||
マップデータ | YjeQ in complex with the 30S ribosomal subunit | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome assembly / 30S subunit / YjeQ protein / RsgA protein / GTPase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity ...ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Jomaa A / Stewart G / Mears JA / Kireeva I / Brown ED / Ortega J | |||||||||
引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2011 タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 30S subunit in complex with the YjeQ biogenesis factor. 著者: Ahmad Jomaa / Geordie Stewart / Jason A Mears / Inga Kireeva / Eric D Brown / Joaquin Ortega / 要旨: YjeQ is a protein broadly conserved in bacteria containing an N-terminal oligonucleotide/oligosaccharide fold (OB-fold) domain, a central GTPase domain, and a C-terminal zinc-finger domain. YjeQ ...YjeQ is a protein broadly conserved in bacteria containing an N-terminal oligonucleotide/oligosaccharide fold (OB-fold) domain, a central GTPase domain, and a C-terminal zinc-finger domain. YjeQ binds tightly and stoichiometrically to the 30S subunit, which stimulates its GTPase activity by 160-fold. Despite growing evidence for the involvement of the YjeQ protein in bacterial 30S subunit assembly, the specific function and mechanism of this protein remain unclear. Here, we report the costructure of YjeQ with the 30S subunit obtained by cryo-electron microscopy. The costructure revealed that YjeQ interacts simultaneously with helix 44, the head and the platform of the 30S subunit. This binding location of YjeQ in the 30S subunit suggests a chaperone role in processing of the 3' end of the rRNA as well as in mediating the correct orientation of the main domains of the 30S subunit. In addition, the YjeQ binding site partially overlaps with the interaction site of initiation factors 2 and 3, and upon binding, YjeQ covers three inter-subunit bridges that are important for the association of the 30S and 50S subunits. Hence, our structure suggests that YjeQ may assist in ribosome maturation by preventing premature formation of the translation initiation complex and association with the 50S subunit. Together, these results support a role for YjeQ in the late stages of 30S maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1895.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1895-v30.xml emd-1895.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | YjeQ+30S.tif | 136.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1895 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1895 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1895_validation.pdf.gz | 230.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1895_full_validation.pdf.gz | 229.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1895_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1895 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1895 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | YjeQ in complex with the 30S ribosomal subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ p...
全体 | 名称: Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ protein |
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要素 |
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-超分子 #1000: Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ p...
超分子 | 名称: Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ protein タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 30S was mixed with YjeQ in 1-to-5 molar ratio / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 900 KDa |
-超分子 #1: 30S ribosomal subunit
超分子 | 名称: 30S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 30S subunit / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 900 KDa |
-分子 #1: RsgA, YjeQ
分子 | 名称: RsgA, YjeQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Assembly factor / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW25113 / 細胞: Cytoplasm |
分子量 | 実験値: 39 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST17-YjeQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 60 mM NH4Cl, 3 mM 2-mercaptoethanol. |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot III / 手法: Blot for 7 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
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温度 | 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Corrected at 200000 times magnification |
日付 | 2010年5月12日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 2.54 µm / 実像数: 150 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.65 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.This holder operates in the temperature range from -175 C to ambient 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | Particles were picked with Boxer. |
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CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 16228 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 2avy |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid Body. Each domain of YjeQ was fitted separately |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor |
得られたモデル | PDB-4a2i: |