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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1799 | |||||||||
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タイトル | tRNA translocation on the 70S ribosome: the post-translocational translocation intermediate TI(POST) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of the ribosomal 70S-tRNA-EFG-GDP-FA complex in the TI(POST) state | |||||||||
試料 |
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キーワード | translation (翻訳 (生物学)) / ribosome (リボソーム) / elongation cycle / tRNA translocation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation elongation factor activity / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Ratje AH / Loerke J / Mikolajka A / Bruenner M / Hildebrand PW / Starosta AL / Doenhoefer A / Connell SR / Fucini P / Mielke T ...Ratje AH / Loerke J / Mikolajka A / Bruenner M / Hildebrand PW / Starosta AL / Doenhoefer A / Connell SR / Fucini P / Mielke T / Whitford PC / Onuchic J / Yu Y / Sanbonmatsu KY / Hartmann RK / Penczek PA / Wilson DN / Spahn CMT | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2010 タイトル: Head swivel on the ribosome facilitates translocation by means of intra-subunit tRNA hybrid sites. 著者: Andreas H Ratje / Justus Loerke / Aleksandra Mikolajka / Matthias Brünner / Peter W Hildebrand / Agata L Starosta / Alexandra Dönhöfer / Sean R Connell / Paola Fucini / Thorsten Mielke / ...著者: Andreas H Ratje / Justus Loerke / Aleksandra Mikolajka / Matthias Brünner / Peter W Hildebrand / Agata L Starosta / Alexandra Dönhöfer / Sean R Connell / Paola Fucini / Thorsten Mielke / Paul C Whitford / José N Onuchic / Yanan Yu / Karissa Y Sanbonmatsu / Roland K Hartmann / Pawel A Penczek / Daniel N Wilson / Christian M T Spahn / 要旨: The elongation cycle of protein synthesis involves the delivery of aminoacyl-transfer RNAs to the aminoacyl-tRNA-binding site (A site) of the ribosome, followed by peptide-bond formation and ...The elongation cycle of protein synthesis involves the delivery of aminoacyl-transfer RNAs to the aminoacyl-tRNA-binding site (A site) of the ribosome, followed by peptide-bond formation and translocation of the tRNAs through the ribosome to reopen the A site. The translocation reaction is catalysed by elongation factor G (EF-G) in a GTP-dependent manner. Despite the availability of structures of various EF-G-ribosome complexes, the precise mechanism by which tRNAs move through the ribosome still remains unclear. Here we use multiparticle cryoelectron microscopy analysis to resolve two previously unseen subpopulations within Thermus thermophilus EF-G-ribosome complexes at subnanometre resolution, one of them with a partly translocated tRNA. Comparison of these substates reveals that translocation of tRNA on the 30S subunit parallels the swivelling of the 30S head and is coupled to unratcheting of the 30S body. Because the tRNA maintains contact with the peptidyl-tRNA-binding site (P site) on the 30S head and simultaneously establishes interaction with the exit site (E site) on the 30S platform, a novel intra-subunit 'pe/E' hybrid state is formed. This state is stabilized by domain IV of EF-G, which interacts with the swivelled 30S-head conformation. These findings provide direct structural and mechanistic insight into the 'missing link' in terms of tRNA intermediates involved in the universally conserved translocation process. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1799.map.gz | 88 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1799-v30.xml emd-1799.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1799.gif 1799.tif | 97.2 KB 768.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1799 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of the ribosomal 70S-tRNA-EFG-GDP-FA complex in the TI(POST) state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 70S-EFG-GDP-FA complex
全体 | 名称: 70S-EFG-GDP-FA complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: 70S-EFG-GDP-FA complex
超分子 | 名称: 70S-EFG-GDP-FA complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Thermus thermophilus 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot (FEI) |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 65520 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Cartridge / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
温度 | 平均: 77 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
詳細 | Low-Dose |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.7 µm / 実像数: 1010 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Defocus groups |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 2wri |
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ソフトウェア | 名称: Gromacs |
詳細 | Protocol: MDFIT |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-4v5n: |