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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17138 | |||||||||
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タイトル | 70S ribosome with a and P-site tRNAs in chloramphenicol-treated Mycoplasma pneumoniae cells, K3 data | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | In situ (In situ) / cryo-electron tomography / bacterial ribosome / Chloramphenicol (クロラムフェニコール) / antibiotic (抗生物質) / RIBOSOME (リボソーム) | |||||||||
生物種 | Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Xue L / Spahn C / Schacherl M / Mahamid J | |||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural evidence of context-dependent action of chloramphenicol in cells 著者: Xue L / Spahn C / Schacherl M / Mahamid J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17138.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17138-v30.xml emd-17138.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17138_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17138.png | 226.8 KB | ||
マスクデータ | emd_17138_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17138.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_17138_half_map_1.map.gz emd_17138_half_map_2.map.gz | 49.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17138 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17138 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.7005 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17138_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17138_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17138_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol
全体 | 名称: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol
超分子 | 名称: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Modified Hayflick medium: 14.7g/l Difco PPLO(Becton Dickinson), 20% (v/v) Gibco horse serum (New Zealand origin), 100 mM HEPES-Na; pH 7.4, 1% (w/w) glucose, 0.002% (w/w) phenol red, 1000 U/ml penicillin G. |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Back-side blotting for 2-3 seconds before plunging using a manual plunger without an environmental control chamber.. |
詳細 | Mycoplasma pneumoniae M129 cells were grown on gold Quantifoil grids at 37 Celsius in modified Hayflick medium. Treatment with chloramphenicol at a final concentration of 0.2 mg/ml was performed for approximately 15 minutes before plunge freezing. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 64000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 1 / 平均電子線量: 3.34 e/Å2 詳細: Gatan K3 camera in non-CDS counting mode, targeted dose rate on camera ~20 e/pixel/second, 10 frames per tilt image, constant exposure time for each tilt, pixel size 1.329A |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |