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万見
- EMDB-1391: Structured mRNAs regulate translation initiation by binding to th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1391
タイトルStructured mRNAs regulate translation initiation by binding to the platform of the ribosome.
マップデータCryo-EM map of the E.coli 70S pre-initiation complex elucidating the entrapment mechanism by the auto-regulatory S15-rpsOmRNA.
試料
  • 試料: 70S pre-initiation complex entrapped by S15-rpsOmRNA
  • 複合体: 70S
  • RNA: rpsO messanger RNA
  • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S15
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA base-pairing translational repressor activity / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Marzi S
引用ジャーナル: Cell / 年: 2007
タイトル: Structured mRNAs regulate translation initiation by binding to the platform of the ribosome.
著者: Stefano Marzi / Alexander G Myasnikov / Alexander Serganov / Chantal Ehresmann / Pascale Romby / Marat Yusupov / Bruno P Klaholz /
要旨: Gene expression can be regulated at the level of initiation of protein biosynthesis via structural elements present at the 5' untranslated region of mRNAs. These folded mRNA segments may bind to the ...Gene expression can be regulated at the level of initiation of protein biosynthesis via structural elements present at the 5' untranslated region of mRNAs. These folded mRNA segments may bind to the ribosome, thus blocking translation until the mRNA unfolds. Here, we report a series of cryo-electron microscopy snapshots of ribosomal complexes directly visualizing either the mRNA structure blocked by repressor protein S15 or the unfolded, active mRNA. In the stalled state, the folded mRNA prevents the start codon from reaching the peptidyl-tRNA (P) site inside the ribosome. Upon repressor release, the mRNA unfolds and moves into the mRNA channel allowing translation initiation. A comparative structure and sequence analysis suggests the existence of a universal stand-by site on the ribosome (the 30S platform) dedicated for binding regulatory 5' mRNA elements. Different types of mRNA structures may be accommodated during translation preinitiation and regulate gene expression by transiently stalling the ribosome.
履歴
登録2007年6月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年6月26日-
マップ公開2007年11月15日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2vaz
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2vaz
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1391.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the E.coli 70S pre-initiation complex elucidating the entrapment mechanism by the auto-regulatory S15-rpsOmRNA.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 120 pix.
= 360. Å		3 Å/pix.
x 120 pix.
= 360. Å		3 Å/pix.
x 120 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報333
CCP4マップ ヘッダ情報333
EM Navigator ムービー #12.42.42.4
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.33 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-9.050319999999999 - 20.798400000000001
平均 (標準偏差)0.140196 (±1.23037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 360 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.000360.000360.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-9.05020.7980.140

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S pre-initiation complex entrapped by S15-rpsOmRNA

全体名称: 70S pre-initiation complex entrapped by S15-rpsOmRNA
要素
  • 試料: 70S pre-initiation complex entrapped by S15-rpsOmRNA
  • 複合体: 70S
  • RNA: rpsO messanger RNA
  • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S15

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超分子 #1000: 70S pre-initiation complex entrapped by S15-rpsOmRNA

超分子名称: 70S pre-initiation complex entrapped by S15-rpsOmRNA
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: 70S E. coli ribosome complexed with S15-rpsOmRNA,stalling Translation Initiation at the pre-initiation step. The structure reveals the molecular details of the Entrapment mechanism.
集合状態: monomer / Number unique components: 3
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: 70S

超分子名称: 70S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S / 詳細: E. coli 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: rpsO messanger RNA

分子名称: rpsO messanger RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: S15mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GGGCGAAUUC GAGCUCGGUA CCCAACGUCG CGUAAAUUGU UUAACACUUU GCGUAACGUA CACUGGGAUC GCUGAAUUAG AGAUCGGCGU CCUUUCAUUC UAUAUACUAA GGAGGUUAAA AUGUCUCUAA GUACUGAAGC AACAGCUAAA AUCGUUUCUG AGUUUGGUCG ACCUGCAGGC AUGCA

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分子 #2: Ribosomal protein S15

分子名称: Ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: S15 / 詳細: rpsO gene / 集合状態: monomeric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET11c
配列GO: 翻訳 (生物学) / InterPro: Ribosomal protein S15, bacterial-type

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 60 mM KCl, 1mM DTT, 7.5 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining, cryo-EM with holey carbon grids
グリッド詳細: 300 mesh Cu/Rh
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home-made cryo-plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51484 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: lens astigmatism was corrected at 50,000 times magnification
日付2005年1月5日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 67 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1.8 / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: individual particles
最終 角度割当詳細: beta gamma
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 / 詳細: exact filtered back-projection / 使用した粒子像数: 31415

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

2aw7
PDB 未公開エントリ

,

2awb
PDB 未公開エントリ

)
ソフトウェア名称: O
詳細Protocol: manual. The domains were separately fitted by manual docking using program O
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2vaz:
Model of the S15-mRNA complex fitted into the cryo-EM map of the 70S entrapment complex.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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