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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0106 | |||||||||
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タイトル | OPEN CONFORMATION OF THE MEMBRANE ATTACK COMPLEX | |||||||||
マップデータ | Open conformation of the Membrane Attack Complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity ...cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / extracellular vesicle / 走化性 / positive regulation of immune response / G alpha (i) signalling events / blood microparticle / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / cell surface receptor signaling pathway / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / 自然免疫系 / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Menny A / Serna M / Boyd CM / Gardner S / Joseph AP / Topf M / Bubeck D | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: CryoEM reveals how the complement membrane attack complex ruptures lipid bilayers. 著者: Anaïs Menny / Marina Serna / Courtney M Boyd / Scott Gardner / Agnel Praveen Joseph / B Paul Morgan / Maya Topf / Nicholas J Brooks / Doryen Bubeck / 要旨: The membrane attack complex (MAC) is one of the immune system's first responders. Complement proteins assemble on target membranes to form pores that lyse pathogens and impact tissue homeostasis of ...The membrane attack complex (MAC) is one of the immune system's first responders. Complement proteins assemble on target membranes to form pores that lyse pathogens and impact tissue homeostasis of self-cells. How MAC disrupts the membrane barrier remains unclear. Here we use electron cryo-microscopy and flicker spectroscopy to show that MAC interacts with lipid bilayers in two distinct ways. Whereas C6 and C7 associate with the outer leaflet and reduce the energy for membrane bending, C8 and C9 traverse the bilayer increasing membrane rigidity. CryoEM reconstructions reveal plasticity of the MAC pore and demonstrate how C5b6 acts as a platform, directing assembly of a giant β-barrel whose structure is supported by a glycan scaffold. Our work provides a structural basis for understanding how β-pore forming proteins breach the membrane and reveals a mechanism for how MAC kills pathogens and regulates cell functions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0106.map.gz | 101.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0106-v30.xml emd-0106.xml | 26.9 KB 26.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0106.png | 54.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0106 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Open conformation of the Membrane Attack Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.384 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Membrane Attack Complex
+超分子 #1: Membrane Attack Complex
+超分子 #2: C5b
+超分子 #3: C6
+超分子 #4: C7
+超分子 #5: C8 alpha
+超分子 #6: C8 beta
+超分子 #7: C8 gamma
+超分子 #8: C9
+分子 #1: Complement C5,Complement C5
+分子 #2: Complement component C8 beta chain
+分子 #3: Complement component C7
+分子 #4: Complement component C8 gamma chain
+分子 #5: Complement component C8 alpha chain
+分子 #6: Complement component C6
+分子 #7: Complement component C9
+分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 13009 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 288366 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 詳細: Low pass filtered to 60 A |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 81968 |