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万見
- SASDBD6: Single stranded poly-deoxythymidine DNA (30mer, dT30) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBD6
試料Single stranded poly-deoxythymidine DNA (30mer, dT30)
  • Poly-deoxythymidine (30mer) (DNA), dT30
引用日付: 2016 Dec 29
タイトル: Visualizing single-stranded nucleic acids in solution
著者: Plumridge A / Meisburger S
登録者
  • Alex Plumridge (Cornell University, Ithaca, NY, United States)

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #592
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 1
カイ2乗値: 1.142761 / P-value: 0.008000
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モデル #593
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 2
カイ2乗値: 1.142761 / P-value: 0.008000
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モデル #594
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 3
カイ2乗値: 1.142761 / P-value: 0.008000
モデル #595
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 4
カイ2乗値: 1.142761 / P-value: 0.008000
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モデル #596
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 5
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モデル #597
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 6
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モデル #598
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 7
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モデル #599
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #600
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #601
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #602
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #603
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モデル #604
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #605
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #607
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モデル #608
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モデル #609
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モデル #610
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #611
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 19
カイ2乗値: 1.142761 / P-value: 0.008000
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モデル #612
タイプ: dummy / ソフトウェア: Custom - GAJOE (GAJOE1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Custom SAXS model building/fitting method - state 20
カイ2乗値: 1.142761 / P-value: 0.008000
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試料

試料名称: Single stranded poly-deoxythymidine DNA (30mer, dT30)
試料濃度: 0.45-1.80
バッファ名称: 1mM Na MOPS, 20mM NaCl / pH: 7
要素 #399名称: dT30 / タイプ: DNA / 記述: Poly-deoxythymidine (30mer) / 分子量: 9.064 / 分子数: 1
配列:
TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT

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実験情報

ビーム設備名称: Cornell High Energy Synchrotron Source (CHESS) G1
地域: Ithaca, NY / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.111 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.8 mm
検出器名称: Finger Lakes CCD / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: dT30 / 測定日: 2016年4月1日 / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.01 0.29
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 258 /
MinMax
Q0.013 0.27
P(R) point1 258
R0 107
結果
カーブのタイプ: extrapolated
GuinierGuinier errorP(R)
前方散乱 I050.22 0.38 -
慣性半径, Rg 2.96 nm0.03 3.101 nm

MinMax
D-10.7
Guinier point12 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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