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万見
- SASDBA6: Compound 1:BRD4 (2:1) (Bromodomain-containing protein 4, BRD4) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBA6
試料Compound 1:BRD4 (2:1)
  • Bromodomain-containing protein 4BRD4 (protein), BRD4, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / 染色体 / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2016 Oct 24
タイトル: Potent and selective bivalent inhibitors of BET bromodomains
著者: Waring M / Chen H / Rabow A / Walker G / Bobby R / Boiko S / Bradbury R / Callis R / Clark E / Dale I / Daniels D / Dulak A / Flavell L / Holdgate G / Jowitt T / Kikhney A / McAlister M / ...著者: Waring M / Chen H / Rabow A / Walker G / Bobby R / Boiko S / Bradbury R / Callis R / Clark E / Dale I / Daniels D / Dulak A / Flavell L / Holdgate G / Jowitt T / Kikhney A / McAlister M / Méndez J / Ogg D / Patel J / Petteruti P / Robb G / Robers M / Saif S / Stratton N / Svergun D / Wang W / Whittaker D / Wilson D
登録者
  • Al Kikhney (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #590
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF (r2835) / ダミー原子の半径: 5.10 A / カイ2乗値: 2.140369
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #770
タイプ: mix / ソフトウェア: RANCH / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 2.211169
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Compound 1:BRD4 (2:1) / 試料濃度: 1.00-10.00
バッファ名称: 20mM Hepes, 100mM NaCl, 1mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride
pH: 7.4
要素 #394名称: BRD4 / タイプ: protein / 記述: Bromodomain-containing protein 4BRD4 / 分子量: 55.836 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O60885
配列: MAHHHHHHSS GVDLGTENLY FQSMMSAESG PGTRLRNLPV MGDGLETSQM STTQAQAQPQ PANAASMNPP PPETSNPNKP KRQTNQLQYL LRVVLKTLWK HQFAWPFQQP VDAVKLNLPD YYKIIKTPMD MGTIKKRLEN NYYWNAQECI QDFNTMFTNC YIYNKPGDDI ...配列:
MAHHHHHHSS GVDLGTENLY FQSMMSAESG PGTRLRNLPV MGDGLETSQM STTQAQAQPQ PANAASMNPP PPETSNPNKP KRQTNQLQYL LRVVLKTLWK HQFAWPFQQP VDAVKLNLPD YYKIIKTPMD MGTIKKRLEN NYYWNAQECI QDFNTMFTNC YIYNKPGDDI VLMAEALEKL FLQKINELPT EETEIMIVQA KGRGRGRKET GTAKPGVSTV PNTTQASTPP QTQTPQPNPP PVQATPHPFP AVTPDLIVQT PVMTVVPPQP LQTPPPVPPQ PQPPPAPAPQ PVQSHPPIIA ATPQPVKTKK GVKRKADTTT PTTIDPIHEP PSLPPEPKTT KLGQRRESSR PVKPPKKDVP DSQQHPAPEK SSKVSEQLKC CSGILKEMFA KKHAAYAWPF YKPVDVEALG LHDYCDIIKH PMDMSTIKSK LEAREYRDAQ EFGADVRLMF SNCYKYNPPD HEVVAMARKL QDVFEMRFAK MPDEPEEPVV AVSSPAVPPP T

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.0992 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.87 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Compound 1:BRD4 (2:1) / 測定日: 2014年9月12日 / 照射時間: 0.2 sec. / フレーム数: 50 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0363 4.9693
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 243 /
MinMax
Q0.1263 1.272
P(R) point20 262
R0 24.5
結果
カーブのタイプ: extrapolated
コメント: A pool of 10000 models comprising two rigid bromodomains (residues 42-168, PDB ID: 2oss and 349-458, PDB ID: 2yem) connected by a flexible linker, N-terminal tag and flexible N- and C- ...コメント: A pool of 10000 models comprising two rigid bromodomains (residues 42-168, PDB ID: 2oss and 349-458, PDB ID: 2yem) connected by a flexible linker, N-terminal tag and flexible N- and C-termini were generated by the program RANCH (EOM). The scattering from each model from the pool was calculated with the program CRYSOL. For the 100 models best fitting the experimental scattering the histograms of the distances between the centres of the two bromodomains were computed; the average distance was 15±1 nm, the average Rg was 7.4±0.5 nm.
実験値Standard
分子量38 kDa38 kDa

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I045.61 43.84 -
慣性半径, Rg 7 nm6.269 nm1.04

MinMax
D-24.5
Guinier point21 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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