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- SASDBR4: Leishmania braziliensis Activator of Hsp90 ATPase-1 (LbAha1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBR4
試料Leishmania braziliensis Activator of Hsp90 ATPase-1 (LbAha1)
  • Activator of Hsp90 ATPase-1 (protein), LbAha1, Leishmania braziliensis
生物種Leishmania braziliensis (ブラジルリーシュマニア)
引用ジャーナル: PLoS One / : 2013
タイトル: Low resolution structural studies indicate that the activator of Hsp90 ATPase 1 (Aha1) of Leishmania braziliensis has an elongated shape which allows its interaction with both N- and M-domains of Hsp90.
著者: Thiago V Seraphim / Marina M Alves / Indjara M Silva / Francisco E R Gomes / Kelly P Silva / Silvane M F Murta / Leandro R S Barbosa / Júlio C Borges /
要旨: The Hsp90 molecular chaperone is essential for protein homeostasis and in the maturation of proteins involved with cell-cycle control. The low ATPase activity of Hsp90 is critical to drive its ...The Hsp90 molecular chaperone is essential for protein homeostasis and in the maturation of proteins involved with cell-cycle control. The low ATPase activity of Hsp90 is critical to drive its functional cycle, which is dependent on the Hsp90 cochaperones. The Activator of Hsp90 ATPase-1 (Aha1) is a protein formed by two domains, N- and C-terminal, that stimulates the Hsp90 ATPase activity by several folds. Although the relevance of Aha1 for Hsp90 functions has been proved, as well as its involvement in the desensitization to inhibitors of the Hsp90, the knowledge on its overall structure and behavior in solution is limited. In this work we present the functional and structural characterization of Leishmania braziliensis Aha1 (LbAha1). This protozoan is the causative agent of cutaneous and mucocutaneous leishmaniasis, a neglected disease. The recombinant LbAha1 behaves as an elongated monomer and is organized into two folded domains interconnected by a flexible linker. Functional experiments showed that LbAha1 interacts with L. braziliensis Hsp90 (LbHsp90) with micromolar dissociation constant in a stoichiometry of 2 LbAha1 to 1 LbHsp90 dimer and stimulates 10-fold the LbHsp90 ATPase activity showing positive cooperativity. Furthermore, the LbHsp90::LbAha1 complex is directed by enthalphy and opposed by entropy, probably due to the spatial freedom restrictions imposed by the proteins' interactions. Small-angle X-ray scattering data allowed the reconstruction of low resolution models and rigid body simulations of LbAha1, indicating its mode of action on LbHsp90. Western blot experiments allowed Aha1 identification (as well as Hsp90) in three Leishmania species at two temperatures, suggesting that Aha1 is a cognate protein. All these data shed light on the LbAha1 mechanism of action, showing that it has structural dimensions and flexibility that allow interacting with both N-terminal and middle domains of the LbHsp90.
登録者
  • Júlio Borges (Instituto de Química de São Carlos, São Carlos - SP - Brasil)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #525
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 3.869089 / P-value: 0.207500
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #526
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.565001 / P-value: 0.028000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Leishmania braziliensis Activator of Hsp90 ATPase-1 (LbAha1)
試料濃度: 1.10-3.20
バッファ名称: sodium phosphate / pH: 7 / 組成: 50 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1 mM β-mercaptoethanol
要素 #339名称: LbAha1 / タイプ: protein / 記述: Activator of Hsp90 ATPase-1 / 分子量: 38.254 / 分子数: 1 / 由来: Leishmania braziliensis
配列: MAKVGEGDPR WIVSERTDGA NVNSWHWEER DLSQHTHDKL KSVFAEHAIP VPADMATSVE YLKIEEVSEI SGDVTVAQRK GKMMCYFELK MSLRWVGKMS GADQVIRGKM EVAEVDHDGF KDEYDIAVTC QENDSAAQLL ESVVQVAGRS TVRQGIATFF DALFAEYHIG ...配列:
MAKVGEGDPR WIVSERTDGA NVNSWHWEER DLSQHTHDKL KSVFAEHAIP VPADMATSVE YLKIEEVSEI SGDVTVAQRK GKMMCYFELK MSLRWVGKMS GADQVIRGKM EVAEVDHDGF KDEYDIAVTC QENDSAAQLL ESVVQVAGRS TVRQGIATFF DALFAEYHIG KQLKSGAALP PPPPPLSASA STTLATNAAA GKKSVTPSKS SSGSGDENTS FSWKMRWGAP VAELYAAMTD PSRVSVYTRS PASMDVKAGG LFSFLGGVIS GYYVDVQPST LIRQQWRLSS WPVGVHSSVV LQLVKEEPGV TTLEFTQSGI PAGQLQSVQE GWKANFFEAI KVVFGYSLEY I

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実験情報

ビーム設備名称: Brazilian Synchrotron Light Laboratory SAXS2 Beamline
地域: Campinas / : Brazil / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: Activator of Hsp90 ATPase-1 (LbAha1) / 測定日: 2013年6月1日 / 照射時間: 300 sec. / フレーム数: 3 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1769 3.517
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 244 /
MinMax
Q0.01769 0.3517
P(R) point1 244
R0 145
結果
Experimental MW: 47 kDa / カーブのタイプ: merged
コメント: Ab initio model of Leishmania braziliensis Activator of Hsp90 ATPase-1 (LbAha1) and Ensemble Optimization Method analysis on LbAha1 conformational dynamics. Results showed that LbAha1 ...コメント: Ab initio model of Leishmania braziliensis Activator of Hsp90 ATPase-1 (LbAha1) and Ensemble Optimization Method analysis on LbAha1 conformational dynamics. Results showed that LbAha1 is remarkably flexible.
P(R)Guinier
前方散乱 I00.03091 0.03
慣性半径, Rg 3.88 nm3.56 nm

MinMax
D-14.5
Guinier point3 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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