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万見
- SASDG44: Adenovirus Ad3 fibre knob in complex with the EC2-EC3 fragment of... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG44
試料Adenovirus Ad3 fibre knob in complex with the EC2-EC3 fragment of desmoglein 2
  • Human adenovirus serotype 3 fibre knob (protein), HAd3K, Human adenovirus serotype 3
  • Human desmoglein 2 extracellular domain 2 and 3 (protein), EC2-EC3, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins ...Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / regulation of heart rate by cardiac conduction / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / maternal process involved in female pregnancy / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / cell-cell adhesion / viral capsid / cell-cell junction / cell junction / cell adhesion / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / host cell nucleus / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Desmosomal cadherin / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site ...Desmosomal cadherin / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fiber protein / Desmoglein-2
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus serotype 3
Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Wim Burmeister (IBS, Institut de Biologie Structurale, Grenoble, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3651
タイプ: atomic / 対称性: 3-fold
コメント: 3:1 complex built from asymmetric unit structure. HAd3K has 3-fold symmetry, EC2-EC3 has not.
カイ2乗値: 0.795
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #3652
タイプ: atomic / 対称性: 3-fold
コメント: 3:2 complex built from asymmetric unit structure. HAd3K has 3-fold symmetry, EC2-EC3 has not.
カイ2乗値: 0.514
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #3653
タイプ: atomic / 対称性: 3-fold
コメント: 3:1 complex built from asymmetric unit structure. HAd3K has 3-fold symmetry, EC2-EC3 has not.
カイ2乗値: 0.40 / P-value: 0.000001
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #3654
タイプ: atomic / 対称性: 3-fold
コメント: 3:1 complex built from asymmetric unit structure. HAd3K has 3-fold symmetry, EC2-EC3 has not.
カイ2乗値: 0.40 / P-value: 0.000001
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Adenovirus Ad3 fibre knob in complex with the EC2-EC3 fragment of desmoglein 2
試料濃度: 2.4 mg/ml / Entity id: 1854 / 1855
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 3 mM CaCl2 / pH: 8
要素 #1854名称: HAd3K / タイプ: protein / 記述: Human adenovirus serotype 3 fibre knob / 分子量: 23.072 / 分子数: 3 / 由来: Human adenovirus serotype 3 / 参照: UniProt: P04501
配列: HHHHHHSQDP ANSIALKNNT LWTGPKPEAN CIIEYGKQNP DSKLTLILVK NGGIVNGYVT LMGASDYVNT LFKNKNVSIN VELYFDATGH ILPDSSSLKT DLELKYKQTA DFSARGFMPS TTAYPFVLPN AGTHNENYIF GQCYYKASDG ALFPLEVTVM LNKRLPDSRT ...配列:
HHHHHHSQDP ANSIALKNNT LWTGPKPEAN CIIEYGKQNP DSKLTLILVK NGGIVNGYVT LMGASDYVNT LFKNKNVSIN VELYFDATGH ILPDSSSLKT DLELKYKQTA DFSARGFMPS TTAYPFVLPN AGTHNENYIF GQCYYKASDG ALFPLEVTVM LNKRLPDSRT SYVMTFLWSL NAGLAPETTQ ATLITSPFTF SYIREDD
要素 #1855名称: EC2-EC3 / タイプ: protein / 記述: Human desmoglein 2 extracellular domain 2 and 3 / 分子量: 27.339 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q14126
配列: QGAMEVLDIN DNEPVFTQDV FVGSVEELSA AHTLVMKINA TDADEPNTLN SKISYRIVSL EPAYPPVFYL NKDTGEIYTT SVTLDREEHS SYTLTVEARD GNGEVTDKPV KQAQVQIRIL DVNDNIPVVE NKVLEGMVEE NQVNVEVTRI KVFDADEIGS DNWLANFTFA ...配列:
QGAMEVLDIN DNEPVFTQDV FVGSVEELSA AHTLVMKINA TDADEPNTLN SKISYRIVSL EPAYPPVFYL NKDTGEIYTT SVTLDREEHS SYTLTVEARD GNGEVTDKPV KQAQVQIRIL DVNDNIPVVE NKVLEGMVEE NQVNVEVTRI KVFDADEIGS DNWLANFTFA SGNEGGYFHI ETDAQTNEGI VTLIKEVDYE EMKNLDFSVI VANKAAFHKS IRSKYKPTPI PIKVKVKNVK EGI

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.864 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Adenovirus Ad3 fibre knob in complex with the EC2-EC3 fragment of desmoglein 2
測定日: 2017年1月26日 / 保管温度: 293 °C / セル温度: 293 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 2000 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0141 0.2005
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 321 /
MinMax
Q0.0202871 0.200536
P(R) point1 321
R0 111.7
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: Three different stoichiometries are possible for the Had3K: human desmoglein 2 EC2-EC3 complex : 3:1, 3:2 and 3:3. The SAXS experiment is used in order to determine the possible stoichiometries in solution.
実験値Porod
分子量119 kDa114 kDa
体積-188 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0258.3 255.03 0.61
慣性半径, Rg 3.5 nm3.42 nm0.1

MinMax
D-11.17
Guinier point12 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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