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万見
- SASDGL2: Ring opening PaaZ from the phenylacetate degradation pathway (E. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGL2
試料Ring opening PaaZ from the phenylacetate degradation pathway (E. coli K12)
  • Bifunctional protein PaaZ (protein), PaaZ, Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxo-5,6-dehydrosuberyl-CoA semialdehyde dehydrogenase / oxepin-CoA hydrolase / hydrolase activity, acting on acid carbon-carbon bonds, in ketonic substances / ether hydrolase activity / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / phenylacetate catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / enoyl-CoA hydratase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation protein PaaN / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional protein PaaZ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
登録者
  • Lokesh Gakhar (University of Iowa, Iowa, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3569
タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.382
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試料

試料名称: Ring opening PaaZ from the phenylacetate degradation pathway (E. coli K12)
試料濃度: 1.50-4.50
バッファ名称: 25 mM HEPES, 50 mM NaCl / pH: 7.4
要素 #1796名称: PaaZ / タイプ: protein / 記述: Bifunctional protein PaaZ / 分子量: 73.002 / 分子数: 6 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P77455
配列: MQQLASFLSG TWQSGRGRSR LIHHAISGEA LWEVTSEGLD MAAARQFAIE KGAPALRAMT FIERAAMLKA VAKHLLSEKE RFYALSAQTG ATRADSWVDI EGGIGTLFTY ASLGSRELPD DTLWPEDELI PLSKEGGFAA RHLLTSKSGV AVHINAFNFP CWGMLEKLAP ...配列:
MQQLASFLSG TWQSGRGRSR LIHHAISGEA LWEVTSEGLD MAAARQFAIE KGAPALRAMT FIERAAMLKA VAKHLLSEKE RFYALSAQTG ATRADSWVDI EGGIGTLFTY ASLGSRELPD DTLWPEDELI PLSKEGGFAA RHLLTSKSGV AVHINAFNFP CWGMLEKLAP TWLGGMPAII KPATATAQLT QAMVKSIVDS GLVPEGAISL ICGSAGDLLD HLDSQDVVTF TGSAATGQML RVQPNIVAKS IPFTMEADSL NCCVLGEDVT PDQPEFALFI REVVREMTTK AGQKCTAIRR IIVPQALVNA VSDALVARLQ KVVVGDPAQE GVKMGALVNA EQRADVQEKV NILLAAGCEI RLGGQADLSA AGAFFPPTLL YCPQPDETPA VHATEAFGPV ATLMPAQNQR HALQLACAGG GSLAGTLVTA DPQIARQFIA DAARTHGRIQ ILNEESAKES TGHGSPLPQL VHGGPGRAGG GEELGGLRAV KHYMQRTAVQ GSPTMLAAIS KQWVRGAKVE EDRIHPFRKY FEELQPGDSL LTPRRTMTEA DIVNFACLSG DHFYAHMDKI AAAESIFGER VVHGYFVLSA AAGLFVDAGV GPVIANYGLE SLRFIEPVKP GDTIQVRLTC KRKTLKKQRS AEEKPTGVVE WAVEVFNQHQ TPVALYSILT LVARQHGDFV D

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.5 mm
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: Ring opening PaaZ from the phenylacetate degradation pathway (E. coli K12)
測定日: 2015年2月24日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 5 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0119 0.3189
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 207 /
MinMax
Q0.013683 0.138954
P(R) point1 207
R0 200.2
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量433.6 kDa400 kDa
体積-636 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I06450 6483.9 -
慣性半径, Rg 6.21 nm6.2 nm0.1

MinMax
D-20.02
Guinier point4 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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